More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2811 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2633  NAD-dependent epimerase/dehydratase  80.3 
 
 
406 aa  691    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2569  UDP-sulfoquinovose synthase  88.15 
 
 
404 aa  762    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.410099  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.65 
 
 
404 aa  760    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.278486  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2128  UDP-sulfoquinovose synthase  81.23 
 
 
406 aa  694    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.15 
 
 
404 aa  763    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.894975 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.33 
 
 
406 aa  686    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.409017  normal  0.142539 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.82 
 
 
406 aa  686    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.108515  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2811  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
406 aa  838    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.733864 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1509  UDP-sulfoquinovose synthase  65.12 
 
 
406 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32933  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6269  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.08 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0836078 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2598  UDP-sulfoquinovose synthase  63.47 
 
 
401 aa  538  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.816239  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2097  UDP-sulfoquinovose synthase  64.68 
 
 
386 aa  528  1e-149  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00511  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  64.39 
 
 
398 aa  528  1e-149  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1264  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  63.71 
 
 
397 aa  526  1e-148  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21351  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  63.71 
 
 
397 aa  527  1e-148  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0578  UDP-sulfoquinovose synthase  63.68 
 
 
402 aa  524  1e-148  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.177862  normal  0.0605947 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18551  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  61.21 
 
 
397 aa  525  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.33868  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5143  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.18 
 
 
398 aa  524  1e-147  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.915594  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18741  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  61.52 
 
 
397 aa  519  1e-146  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.110238  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17921  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  61.77 
 
 
397 aa  518  1e-146  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.236777  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18551  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  61.27 
 
 
397 aa  518  1e-146  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0049  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  62.69 
 
 
398 aa  516  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0052  UDP-sulfoquinovose synthase  63.45 
 
 
398 aa  515  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1757  sulfolipid (UDP-sulfoquinovose) biosynthesis protein  61.27 
 
 
397 aa  517  1.0000000000000001e-145  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_21201  UDP-sulfoquinovose synthase, plastid precursor  58.46 
 
 
456 aa  498  1e-139  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0444  UDP-sulfoquinovose synthase  62.86 
 
 
391 aa  497  1e-139  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.52178  normal  0.455696 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4564  UDP-sulfoquinovose synthase  63.82 
 
 
361 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4652  UDP-sulfoquinovose synthase  63.82 
 
 
361 aa  464  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4947  UDP-sulfoquinovose synthase  64.1 
 
 
361 aa  461  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.109303 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1240  UDP-sulfoquinovose synthase  48.59 
 
 
399 aa  346  3e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.715585  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33880  UDP-sulfoquinovose synthase  44.7 
 
 
384 aa  327  2.0000000000000001e-88  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.454951 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0639  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.76 
 
 
384 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.246431 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0623  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.76 
 
 
384 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1333  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.76 
 
 
382 aa  323  4e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0045  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.52 
 
 
399 aa  320  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.55488  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.27 
 
 
383 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.297404 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.9 
 
 
384 aa  317  2e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.693676 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0293  UDP-sulfoquinovose synthase  44.9 
 
 
384 aa  316  5e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.27 
 
 
404 aa  316  6e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26880  UDP-sulfoquinovose synthase  44.99 
 
 
382 aa  315  7e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.646966  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0273  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.27 
 
 
383 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.016409 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3746  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.99 
 
 
384 aa  310  2e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.70469  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0398  UDP-sulfoquinovose synthase  42.43 
 
 
418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_46754  predicted protein  42.01 
 
 
390 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0462  UDP-sulfoquinovose synthase  40.26 
 
 
417 aa  268  1e-70  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.604505  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1939  UDP-sulfoquinovose synthase  40 
 
 
418 aa  265  1e-69  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1303  UDP-sulfoquinovose synthase  38.38 
 
 
395 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0192123  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.85 
 
 
382 aa  257  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0241  UDP-sulfoquinovose synthase  38.2 
 
 
384 aa  236  4e-61  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.603555 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.83 
 
 
389 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0521974 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0393  UDP-sulfoquinovose synthase  33.51 
 
 
388 aa  219  8.999999999999998e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.955663  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.16 
 
 
392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1227  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
390 aa  199  9e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
382 aa  192  6e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1116  UDP-sulfoquinovose synthase  34.2 
 
 
392 aa  191  2e-47  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0993953  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  26.91 
 
 
327 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.86 
 
 
298 aa  76.6  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2329  UDP-galactose 4-epimerase  27.22 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00335064  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0478  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  23.61 
 
 
320 aa  73.2  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  unclonable  0.00000000000851226  decreased coverage  0.0000000042699 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1809  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
302 aa  72.4  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2802  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.51 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  26.27 
 
 
326 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.93 
 
 
343 aa  70.1  0.00000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.471078  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  25.42 
 
 
338 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.07 
 
 
314 aa  68.2  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.55 
 
 
301 aa  67.4  0.0000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0360193  hitchhiker  0.000175953 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.58 
 
 
343 aa  67.4  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0230856  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.32 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.42 
 
 
299 aa  67  0.0000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  25.76 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0031  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.36 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.891219  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0764  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.04 
 
 
332 aa  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  28.02 
 
 
323 aa  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal 
 
 
-
 
NC_009372  OSTLU_28436  predicted protein  24.37 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.981299  normal  0.211421 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  26.59 
 
 
328 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
310 aa  65.1  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
285 aa  65.1  0.000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
367 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.94 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00817913  normal  0.680282 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  26.3 
 
 
337 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.3 
 
 
322 aa  64.3  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  25.78 
 
 
331 aa  64.7  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0347  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.92 
 
 
369 aa  64.3  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.34177  normal  0.395764 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3613  UDP-glucose 4-epimerase  26.29 
 
 
340 aa  64.3  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.965696  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1804  UDP-glucose 4-epimerase  30.41 
 
 
337 aa  64.3  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.8 
 
 
318 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.73 
 
 
309 aa  63.9  0.000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1766  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.76 
 
 
336 aa  63.9  0.000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.150051  normal  0.64899 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.46 
 
 
309 aa  63.9  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02926  nucleotide sugar epimerase  26.06 
 
 
321 aa  63.5  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18870  UDP-galactose 4-epimerase  27.45 
 
 
337 aa  63.5  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2810  UDP-galactose 4-epimerase  30.73 
 
 
337 aa  63.5  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0626054  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.62 
 
 
311 aa  63.2  0.000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.84 
 
 
313 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.376158  normal  0.0242286 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 
317 aa  63.2  0.000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0782  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.62 
 
 
316 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182086  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  25.48 
 
 
329 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2064  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase (UDP-glucose 4-epimerase)  25.55 
 
 
327 aa  62.4  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
312 aa  62.4  0.00000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>