More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2661 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2661  beta-lactamase  100 
 
 
377 aa  749    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220174  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2152  beta-lactamase  48.92 
 
 
409 aa  350  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1252  beta-lactamase  50.4 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0579433 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1105  beta-lactamase  47.72 
 
 
389 aa  315  9e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6825  beta-lactamase  49.61 
 
 
382 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3564  beta-lactamase  48.1 
 
 
397 aa  297  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35880  Beta-lactamase-like protein  47.81 
 
 
396 aa  295  9e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184718  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3750  beta-lactamase  47.83 
 
 
397 aa  294  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.697979  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4045  beta-lactamase  45.97 
 
 
393 aa  292  7e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0708  beta-lactamase  47.54 
 
 
396 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0410275  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1860  putative esterase  48.32 
 
 
399 aa  288  8e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3476  beta-lactamase  45.68 
 
 
404 aa  288  8e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0329  beta-lactamase  48.32 
 
 
399 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.021088  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1775  putative esterase  48.32 
 
 
399 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.396449  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0970  putative esterase  48.04 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.216646  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1365  putative esterase  48.04 
 
 
404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.99407  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0233  putative esterase  48.04 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0408  putative esterase  48.04 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1108  beta-lactamase  48.22 
 
 
396 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1979  beta-lactamase  47.01 
 
 
398 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.663801  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2589  beta-lactamase  47.01 
 
 
398 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.224311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2275  beta-lactamase  44.2 
 
 
383 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0956783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34700  putative beta lactamase  46.17 
 
 
391 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00182422  normal  0.248771 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0087  putative esterase  48.8 
 
 
398 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.490998  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0340  esterase, putative  48.8 
 
 
398 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0881  putative esterase  48.8 
 
 
398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.245483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1043  beta-lactamase  48.8 
 
 
398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2474  putative esterase  48.8 
 
 
398 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.506613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0884  putative esterase  48.8 
 
 
398 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.23469  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0639  putative esterase  48.8 
 
 
398 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.74574  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2613  beta-lactamase  46.2 
 
 
398 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5920  Beta-lactamase  48.76 
 
 
398 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1817  beta-lactamase  46.2 
 
 
397 aa  270  4e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.97636  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2676  Beta-lactamase  44.96 
 
 
393 aa  269  5e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.688851  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2637  beta-lactamase  45.95 
 
 
398 aa  268  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0402  beta-lactamase  44.66 
 
 
392 aa  267  2.9999999999999995e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394756  normal  0.302831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2923  beta-lactamase  45.23 
 
 
394 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3034  beta-lactamase  47.67 
 
 
413 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396527  normal  0.941046 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2956  esterase  44.13 
 
 
384 aa  242  7.999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0198492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2741  Beta-lactamase  43.82 
 
 
396 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4084  esterase (beta-lactamase family)  36.21 
 
 
410 aa  210  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0637  beta-lactamase  26.91 
 
 
424 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000302256  normal  0.230717 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3606  beta-lactamase  27.6 
 
 
419 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000041879  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3517  beta-lactamase  25.68 
 
 
447 aa  144  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5348  beta-lactamase  33.88 
 
 
414 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.635001  normal  0.0848814 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0297  beta-lactamase  31.83 
 
 
417 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.834567  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6088  beta-lactamase  31.71 
 
 
406 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.496561  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0349  beta-lactamase  33.51 
 
 
407 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6935  beta-lactamase  32.7 
 
 
399 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2371  beta-lactamase  28.53 
 
 
370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2976  putative beta-lactamase class C and other penicillin binding proteins  31.62 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2815  putative beta-lactamase  29.35 
 
 
424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.211765  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4601  beta-lactamase  30.33 
 
 
427 aa  126  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850083  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1690  beta-lactamase  28.06 
 
 
426 aa  126  6e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3702  beta-lactamase  29.13 
 
 
430 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5491  beta-lactamase  30.24 
 
 
407 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.442272  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1745  beta-lactamase  30.23 
 
 
454 aa  123  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5281  beta-lactamase  30.23 
 
 
408 aa  123  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0166031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1798  beta-lactamase  28.05 
 
 
426 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491739  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5786  beta-lactamase family protein  31.16 
 
 
420 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0584533 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2209  beta-lactamase  29.26 
 
 
420 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.683727  normal  0.729907 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2402  beta-lactamase  32.47 
 
 
401 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0812  beta-lactamase  27.78 
 
 
408 aa  122  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623448  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0538  beta-lactamase  24.09 
 
 
433 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3006  beta-lactamase  28.5 
 
 
423 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  30.35 
 
 
405 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2704  beta-lactamase  27.55 
 
 
424 aa  121  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.431746  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  29.46 
 
 
405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2361  beta-lactamase  32.22 
 
 
401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.597204  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2408  beta-lactamase  32.22 
 
 
401 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.234051  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0831  beta-lactamase  26.36 
 
 
445 aa  120  4.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.23283  normal  0.655791 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1560  beta-lactamase  29.43 
 
 
412 aa  119  7e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2189  beta-lactamase  30.62 
 
 
402 aa  119  7e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.13371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3197  beta-lactamase  29.12 
 
 
417 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.27684  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2298  beta-lactamase  27.52 
 
 
440 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.322057  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2288  beta-lactamase  30.98 
 
 
424 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2694  beta-lactamase  30.95 
 
 
453 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.955083 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4649  Beta-lactamase  29.35 
 
 
418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3066  beta-lactamase  28.32 
 
 
438 aa  116  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11398  hypothetical protein  30.24 
 
 
401 aa  116  6e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0870  beta-lactamase  29.66 
 
 
410 aa  115  7.999999999999999e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.487192  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  31.28 
 
 
405 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1762  beta-lactamase  27.08 
 
 
431 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178293  normal  0.700473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3256  beta-lactamase  28.04 
 
 
420 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.748817  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2440  beta-lactamase  27.2 
 
 
422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4820  beta-lactamase  29.38 
 
 
420 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.85681  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3743  beta-lactamase  29.38 
 
 
420 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2750  beta-lactamase  30.3 
 
 
437 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.106005  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3853  Beta-lactamase  29.32 
 
 
415 aa  113  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3069  beta-lactamase  26.93 
 
 
400 aa  111  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.489639  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2708  Beta-lactamase  31.27 
 
 
436 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.259785  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1896  beta-lactamase  26.84 
 
 
425 aa  108  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227365  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5391  putative beta-lactamase  28.96 
 
 
414 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4066  beta-lactamase  29.29 
 
 
385 aa  107  4e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.43014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3485  beta-lactamase  29.16 
 
 
440 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.807296  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6918  putative penicillin binding protein  28.61 
 
 
422 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.457647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0011  beta-lactamase  26.55 
 
 
427 aa  102  7e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000120746  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3704  beta-lactamase  27.06 
 
 
407 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.136974  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2338  beta-lactamase  29.33 
 
 
406 aa  102  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0461598  normal  0.302776 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2658  beta-lactamase  28.53 
 
 
401 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>