18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2434 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2434  hypothetical protein  100 
 
 
138 aa  269  8.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137351  normal  0.514488 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2333  hypothetical protein  51.15 
 
 
144 aa  121  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00580597  hitchhiker  0.00510153 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01170  hypothetical protein  44.27 
 
 
149 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.283554  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0170  hypothetical protein  44.27 
 
 
149 aa  104  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0537  hypothetical protein  43.48 
 
 
160 aa  100  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4079  hypothetical protein  36.96 
 
 
163 aa  80.9  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000241871 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3472  hypothetical protein  41.27 
 
 
132 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3117  hypothetical protein  42.06 
 
 
132 aa  71.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100633  normal  0.0374199 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3179  hypothetical protein  49.12 
 
 
81 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1191  Rhs element Vgr protein  40.74 
 
 
703 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05869  hypothetical protein  28.57 
 
 
161 aa  46.2  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000447  hypothetical protein  26.52 
 
 
132 aa  44.3  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00123037  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4429  Rhs element Vgr protein  34.29 
 
 
724 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0241  Rhs element Vgr protein  44.44 
 
 
907 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2736  hypothetical protein  43.18 
 
 
177 aa  41.6  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0742641  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  37.25 
 
 
741 aa  40.4  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  37.25 
 
 
741 aa  40.4  0.007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2455  Rhs element Vgr protein  37.68 
 
 
783 aa  40.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0279877  normal  0.549341 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>