254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2164 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2164  GatB/Yqey domain-containing protein  100 
 
 
154 aa  297  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1247  hypothetical protein  61.84 
 
 
152 aa  184  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427539  normal  0.989851 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1875  hypothetical protein  66.45 
 
 
152 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.279692  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0662  GatB/Yqey domain-containing protein  70.42 
 
 
142 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.14407  normal  0.0780089 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0525  GatB/Yqey domain-containing protein  66.45 
 
 
152 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.167662  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2386  hypothetical protein  63.16 
 
 
153 aa  176  8e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0841233  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0625  GatB/YqeY  55.33 
 
 
152 aa  153  7e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.297541 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0614  GatB/YqeY  55.33 
 
 
152 aa  153  7e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.562126  normal  0.173232 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2131  GatB/Yqey domain-containing protein  52.63 
 
 
154 aa  152  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.321866 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0590  GatB/YqeY  54.67 
 
 
152 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.21296  normal  0.0534573 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2705  hypothetical protein  54.67 
 
 
150 aa  149  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2315  GatB/Yqey domain-containing protein  55.33 
 
 
154 aa  148  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.271761  normal  0.0433719 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3109  hypothetical protein  50.66 
 
 
151 aa  147  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2964  hypothetical protein  54.67 
 
 
151 aa  147  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0326251 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2228  GatB/Yqey domain-containing protein  49.33 
 
 
149 aa  144  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.134009  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2293  hypothetical protein  57.24 
 
 
157 aa  142  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6790  hypothetical protein  48 
 
 
151 aa  140  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0685695  normal  0.071478 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4140  hypothetical protein  48.3 
 
 
151 aa  140  9e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0571  GatB/YqeY  50 
 
 
153 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100621  normal  0.254704 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0962  hypothetical protein  48 
 
 
152 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0158506 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2870  hypothetical protein  51.7 
 
 
151 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0457502  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3985  hypothetical protein  48.3 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3033  hypothetical protein  46.71 
 
 
151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136858  normal  0.0601983 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1242  GatB/Yqey domain-containing protein  52 
 
 
153 aa  127  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1472  GatB/YqeY  50.34 
 
 
151 aa  127  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2082  hypothetical protein  44.22 
 
 
149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1684  GatB/Yqey domain-containing protein  51.33 
 
 
150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2386  hypothetical protein  46.05 
 
 
148 aa  123  7e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.69757 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3541  GatB/YqeY domain-containing protein  45.64 
 
 
150 aa  124  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0584283  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1482  hypothetical protein  51.33 
 
 
150 aa  121  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4527  GatB/YqeY  52 
 
 
152 aa  120  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.527564  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2445  hypothetical protein  52.38 
 
 
151 aa  120  5e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.335329  normal  0.270323 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2995  GatB/Yqey domain-containing protein  44.08 
 
 
148 aa  120  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16429  normal  0.53747 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3296  GatB/YqeY  46.67 
 
 
150 aa  120  9e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.644254 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1438  hypothetical protein  50.67 
 
 
150 aa  119  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3209  GatB/YqeY  50.67 
 
 
152 aa  118  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0392  hypothetical protein  42.67 
 
 
146 aa  117  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0434  GatB/Yqey domain-containing protein  49.65 
 
 
150 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.598913  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3092  YqeY family protein  42 
 
 
146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2091  GatB/Yqey domain-containing protein  44.3 
 
 
148 aa  114  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.317563  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3697  GatB/Yqey domain protein  42.11 
 
 
147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3792  GatB/Yqey domain protein  42.11 
 
 
147 aa  114  5e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0982  hypothetical protein  46.26 
 
 
150 aa  114  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.138187  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1805  hypothetical protein  44.74 
 
 
148 aa  114  6e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3018  hypothetical protein  46 
 
 
151 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.201617  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0046  hypothetical protein  42.76 
 
 
147 aa  113  7.999999999999999e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137941  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2608  hypothetical protein  43.62 
 
 
149 aa  113  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.688199  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1782  GatB/YqeY domain-containing protein  43.33 
 
 
149 aa  113  8.999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1236  hypothetical protein  41.45 
 
 
150 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1808  hypothetical protein  42 
 
 
150 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171328  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2324  hypothetical protein  40.79 
 
 
148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000175951  hitchhiker  0.0063416 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0395  GatB/Yqey domain protein  42.67 
 
 
149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.675742  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2362  GatB/YqeY domain-containing protein  41.45 
 
 
148 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2859  GatB/Yqey domain-containing protein  40.91 
 
 
153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.995117  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1623  GatB/YqeY  47.37 
 
 
152 aa  111  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000911899 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1190  GatB/Yqey domain-containing protein  42.11 
 
 
147 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000373209  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3167  GatB/YqeY domain protein  42.11 
 
 
147 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000266717  normal  0.23935 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2884  hypothetical protein  50 
 
 
152 aa  111  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2994  GatB/Yqey domain-containing protein  41.45 
 
 
147 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0302156  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1146  GatB/Yqey domain-containing protein  42.11 
 
 
147 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000561495  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1223  GatB/YqeY domain-containing protein  42.11 
 
 
147 aa  111  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000223047  normal  0.540542 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2832  hypothetical protein  42.76 
 
 
147 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000101727  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001622  hypothetical protein  42.76 
 
 
147 aa  110  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000215544  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2822  hypothetical protein  40.91 
 
 
148 aa  110  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6776  hypothetical protein  40.91 
 
 
148 aa  110  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.495884  normal  0.0146102 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00850  hypothetical protein  42.11 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0337  GatB/Yqey family protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0835  GatB/Yqey domain-containing protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0619  GatB/Yqey family protein  44.16 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2886  hypothetical protein  39.58 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2386  GatB/Yqey domain-containing protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2518  GatB/Yqey domain-containing protein  40.67 
 
 
152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.480425 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2527  GatB/Yqey domain-containing protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.751518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0371  GatB/Yqey family protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1518  GatB/Yqey family protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1785  hypothetical protein  41.61 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000520895 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1711  GatB/Yqey family protein  44.81 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0684  hypothetical protein  42.11 
 
 
513 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0825  hypothetical protein  42.76 
 
 
147 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000825752  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2029  hypothetical protein  42.95 
 
 
152 aa  108  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3285  hypothetical protein  42.95 
 
 
148 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4336  GatB/YqeY domain-containing protein  45.19 
 
 
149 aa  107  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0230  hypothetical protein  44.52 
 
 
149 aa  107  5e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000139051  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1973  hypothetical protein  43.42 
 
 
148 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0436471  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2339  GatB/Yqey domain protein  43.42 
 
 
148 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.993479  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04100  GatB/Yqey  40.79 
 
 
148 aa  106  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0210  hypothetical protein  44.52 
 
 
149 aa  106  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119647  hitchhiker  0.00185458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0960  GatB/YqeY domain-containing protein  39.47 
 
 
147 aa  106  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000046102  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2422  hypothetical protein  42.95 
 
 
152 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0998  GatB/Yqey domain-containing protein  40.13 
 
 
147 aa  106  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00801426  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2217  hypothetical protein  42.28 
 
 
149 aa  105  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1287  hypothetical protein  44.08 
 
 
147 aa  105  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2695  hypothetical protein  41.45 
 
 
147 aa  105  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000269133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1040  hypothetical protein  39.72 
 
 
147 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000624068  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1155  GatB/YqeY domain-containing protein  40.13 
 
 
147 aa  105  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000287831  normal  0.0330324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1074  GatB/YqeY domain-containing protein  40.13 
 
 
147 aa  104  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0455696  normal  0.725316 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0359  GatB/Yqey domain-containing protein  38.82 
 
 
149 aa  104  5e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000661899  hitchhiker  0.000426433 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1088  GatB/YqeY domain-containing protein  40.67 
 
 
178 aa  104  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2059  hypothetical protein  42.11 
 
 
148 aa  103  6e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0718  hypothetical protein  44.22 
 
 
149 aa  103  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00318634  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>