More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2162 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2162  xylulokinase  100 
 
 
485 aa  968    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3710  xylulokinase  55.49 
 
 
484 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.917033  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3833  xylulokinase  56.85 
 
 
489 aa  527  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.967873  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3412  xylulokinase  55.69 
 
 
484 aa  524  1e-147  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.636398  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2819  xylulokinase  55.37 
 
 
484 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.416999  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0548  xylulokinase  56.22 
 
 
483 aa  520  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.560227  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0550  xylulokinase  56.02 
 
 
483 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3412  xylulokinase  55.26 
 
 
485 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2616  xylulokinase  58 
 
 
478 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2791  xylulokinase  56.04 
 
 
484 aa  507  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.504033  normal  0.565277 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2839  xylulokinase  55.81 
 
 
478 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2464  xylulokinase  56.67 
 
 
484 aa  487  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.542449 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1177  xylulose kinase  56.22 
 
 
478 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1997  xylose kinase  57.17 
 
 
480 aa  486  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0574625  normal  0.349837 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0497  xylulokinase  52.45 
 
 
494 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71509  normal  0.01013 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3239  xylulokinase  52.67 
 
 
493 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0028  xylulokinase  53.32 
 
 
483 aa  459  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.237536  normal  0.287388 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0729  xylulokinase  52.47 
 
 
493 aa  458  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1976  xylulokinase  52.16 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.775645  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2586  xylulokinase  52.16 
 
 
493 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.220049  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2128  putative D-arabinitol kinase protein  53.29 
 
 
491 aa  448  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.449223  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2713  xylulose kinase  53.93 
 
 
485 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2477  xylulokinase  52.66 
 
 
490 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2610  xylulokinase  51.75 
 
 
493 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.246925  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0887  xylulokinase  53.07 
 
 
493 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748793  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2505  xylulokinase  51.96 
 
 
493 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0356237  normal  0.488907 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0343  xylulokinase  52.66 
 
 
490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1046  xylulokinase  53.07 
 
 
493 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5917  xylulokinase  51.96 
 
 
493 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2634  xylulokinase  51.96 
 
 
493 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0090  xylulokinase  52.66 
 
 
490 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0452597  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0884  xylulokinase  53.07 
 
 
493 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.103144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0642  xylulokinase  52.66 
 
 
490 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.333334  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0711  xylulokinase  51.64 
 
 
493 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133304  normal  0.321935 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3807  xylulokinase  51.88 
 
 
481 aa  442  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.702656  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0702  xylulokinase  52.06 
 
 
493 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4103  xylulokinase  49.28 
 
 
484 aa  437  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4162  xylulose kinase  48.87 
 
 
484 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618416  normal  0.0143871 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6659  xylulokinase  51.36 
 
 
486 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1117  xylulokinase  51.43 
 
 
491 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1732  xylulose kinase  45.9 
 
 
494 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1198  xylulokinase  51.66 
 
 
488 aa  433  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.64875  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0055  xylulokinase  49.07 
 
 
484 aa  431  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0224  xylulokinase  49.07 
 
 
483 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4156  xylulokinase  49.79 
 
 
485 aa  428  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4438  xylulokinase  49.29 
 
 
485 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1173  xylulokinase  53.15 
 
 
486 aa  423  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000934305  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0132  xylulokinase  49.28 
 
 
496 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.162788 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0077  xylulokinase  50.21 
 
 
486 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1868  xylulokinase  47.52 
 
 
482 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.933233  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1079  xylulokinase  52.62 
 
 
475 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0237  xylulokinase  53.28 
 
 
486 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0348  xylulokinase  52.62 
 
 
475 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1238  xylulokinase  52.62 
 
 
475 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0408596  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5066  xylulokinase  53.39 
 
 
488 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442874  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1656  xylulokinase  53.28 
 
 
486 aa  421  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.889036  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5794  xylulokinase  53.39 
 
 
488 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0071  xylulokinase  52.62 
 
 
475 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1745  xylulokinase  53.06 
 
 
486 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3071  xylulokinase  53.61 
 
 
488 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4385  xylulokinase  53.28 
 
 
488 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0097  xylulokinase  48.77 
 
 
483 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0232  xylulokinase  47.22 
 
 
487 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0157  xylulokinase  48.65 
 
 
484 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6709  xylulokinase (xylulose kinase)  47.81 
 
 
481 aa  415  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.566746  normal  0.0890509 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0059  xylulokinase  50 
 
 
486 aa  415  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0150  xylulokinase  47.64 
 
 
484 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0756  xylulokinase  52.07 
 
 
479 aa  409  1e-113  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4060  xylulokinase  47.64 
 
 
484 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4940  xylulokinase  47.84 
 
 
484 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0856501 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1088  xylulokinase  46.22 
 
 
495 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000712825 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03416  xylulokinase  47.64 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0146  xylulokinase  47.64 
 
 
484 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3767  xylulokinase  47.64 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03367  hypothetical protein  47.64 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3938  xylulokinase  46.82 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.856967 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3887  xylulokinase  46.91 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4043  xylulokinase  47.02 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.145832  normal  0.120116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3874  xylulokinase  46.93 
 
 
484 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0588  xylulokinase (xylulose kinase)  44.63 
 
 
486 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3983  xylulokinase  47.02 
 
 
484 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.308981  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3164  xylulokinase  47.39 
 
 
526 aa  406  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189364  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3725  xylulokinase  45.75 
 
 
492 aa  404  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4544  xylulokinase  48.79 
 
 
508 aa  390  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6333  xylulokinase  48.82 
 
 
492 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6033  xylulokinase  47.28 
 
 
492 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.629819  normal  0.638126 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6505  xylulokinase  47.7 
 
 
492 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6739  xylulokinase  47.7 
 
 
492 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0801458  normal  0.563999 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6328  xylulokinase  47.28 
 
 
492 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4208  xylulokinase  46.56 
 
 
492 aa  362  6e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0365818  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0502  xylulokinase  41.96 
 
 
496 aa  347  3e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0394254  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0177  xylulokinase  41.25 
 
 
492 aa  335  9e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0411  xylulokinase  40.33 
 
 
496 aa  333  4e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0920  xylulokinase  36.9 
 
 
518 aa  332  1e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19510  xylulokinase  38.29 
 
 
501 aa  327  3e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0154  xylulokinase  36.79 
 
 
500 aa  323  6e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2025  xylulokinase  42.77 
 
 
509 aa  322  9.999999999999999e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0402  xylulokinase  42.62 
 
 
498 aa  320  3e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00337825  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2446  xylulokinase  40 
 
 
515 aa  320  3.9999999999999996e-86  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0831  xylulokinase  35.51 
 
 
492 aa  318  2e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>