More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2010 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2340  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  83.75 
 
 
436 aa  728    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1047  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  83.55 
 
 
463 aa  763    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.82123  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1015  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  80.69 
 
 
458 aa  754    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158544  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0649  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  79.74 
 
 
467 aa  733    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.576073 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2618  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  85.81 
 
 
456 aa  801    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0160517 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2010  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  100 
 
 
463 aa  946    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1015  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  83.98 
 
 
455 aa  760    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.2 
 
 
441 aa  597  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.08 
 
 
440 aa  578  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.4 
 
 
440 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0718  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.37 
 
 
455 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.06 
 
 
445 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.69 
 
 
440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.38 
 
 
440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.24 
 
 
443 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.68 
 
 
441 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.46 
 
 
443 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.28 
 
 
470 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.9 
 
 
449 aa  566  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0642  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.74 
 
 
452 aa  561  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0487944  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  63.51 
 
 
443 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.31 
 
 
467 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  63.41 
 
 
453 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.01 
 
 
443 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0846  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.19 
 
 
471 aa  561  1.0000000000000001e-159  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.3794  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.29 
 
 
447 aa  560  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.45 
 
 
448 aa  559  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2620  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.16 
 
 
441 aa  556  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364941  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.99 
 
 
441 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2633  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.76 
 
 
441 aa  555  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359809  decreased coverage  0.0000423005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.56 
 
 
441 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.56 
 
 
441 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0566  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.7 
 
 
437 aa  551  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.3 
 
 
448 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0803729 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.56 
 
 
441 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.56 
 
 
441 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2840  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.53 
 
 
441 aa  554  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.56 
 
 
441 aa  551  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.53 
 
 
448 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.63 
 
 
441 aa  551  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.63 
 
 
441 aa  553  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.7 
 
 
437 aa  549  1e-155  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109581  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.33 
 
 
470 aa  550  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.96 
 
 
453 aa  550  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.84 
 
 
448 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0531  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.79 
 
 
438 aa  549  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.92 
 
 
473 aa  545  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.86 
 
 
454 aa  547  1e-154  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3226  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.84 
 
 
441 aa  545  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262488  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.52 
 
 
455 aa  545  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.42 
 
 
437 aa  542  1e-153  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  58.73 
 
 
479 aa  543  1e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.42 
 
 
442 aa  540  9.999999999999999e-153  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.91 
 
 
467 aa  540  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  62.53 
 
 
443 aa  540  9.999999999999999e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5119  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.01 
 
 
437 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.492181  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  62.27 
 
 
446 aa  539  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.21 
 
 
452 aa  536  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60.64 
 
 
460 aa  536  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  60 
 
 
456 aa  536  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.42 
 
 
437 aa  532  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.87 
 
 
453 aa  533  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.11 
 
 
463 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.33 
 
 
463 aa  531  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.87 
 
 
453 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.11 
 
 
463 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.87 
 
 
453 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  60.22 
 
 
448 aa  531  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.67 
 
 
463 aa  530  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0891  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.88 
 
 
457 aa  525  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.142518 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.67 
 
 
463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.37 
 
 
443 aa  525  1e-148  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.79 
 
 
468 aa  525  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.67 
 
 
463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.67 
 
 
463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.67 
 
 
463 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.67 
 
 
463 aa  523  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.87 
 
 
453 aa  521  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.87 
 
 
453 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.09 
 
 
453 aa  521  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2295  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.63 
 
 
449 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.09 
 
 
453 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.09 
 
 
453 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.09 
 
 
453 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  58.44 
 
 
461 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  59.63 
 
 
441 aa  519  1e-146  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.72 
 
 
461 aa  521  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56.76 
 
 
443 aa  520  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.73 
 
 
485 aa  511  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.08 
 
 
531 aa  505  9.999999999999999e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.21 
 
 
480 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  56 
 
 
524 aa  506  9.999999999999999e-143  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  57.44 
 
 
493 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>