244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1566 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1566  cobalamin 5'-phosphate synthase  100 
 
 		 255 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212563  normal  0.0205938 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2016  cobalamin synthase  41.53 
 
 		 259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.424584  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2361  cobalamin synthase  40.56 
 
 		 260 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0668  cobalamin-5'-phosphate synthase  51.22 
 
 		 261 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.364702  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2697  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.86 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.268909  normal  0.477844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1172  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.36 
 
 		 250 aa  128  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.292457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0577  cobalamin-5'-phosphate synthase  45.87 
 
 		 250 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000147618  unclonable  0.0000000241437 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2082  cobalamin synthase  41.06 
 
 		 260 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439271  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5783  cobalamin synthase  41.53 
 
 		 250 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1604  cobalamin synthase  40.98 
 
 		 262 aa  122  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122296  normal  0.217032 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1841  cobalamin synthase  43.36 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.142134  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2452  cobalamin synthase  43.36 
 
 		 250 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.639448  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2457  cobalamin synthase  43.48 
 
 		 258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2500  cobalamin synthase  43.5 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398304  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2368  cobalamin synthase  44.35 
 
 		 259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0149  cobalamin synthase  43.5 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3498  cobalamin synthase  38.13 
 
 		 258 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0999  cobalamin synthase  39.53 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0871  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.92 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.185627 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4485  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  34.11 
 
 		 267 aa  112  8.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0546206 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1973  cobalamin 5'-phosphate synthase  54.88 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.541001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0715  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.15 
 
 		 255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0910  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.53 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.361262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3306  cobalamin-5'-phosphate synthase  47.32 
 
 		 273 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000293858  normal  0.059508 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0763  cobalamin 5'-phosphate synthase  40 
 
 		 260 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0866  cobalamin synthase  41.9 
 
 		 260 aa  108  6e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2319  cobalamin synthase  41.5 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0858  cobalamin synthase  41.5 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2155  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.7 
 
 		 258 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0877  cobalamin synthase  37.4 
 
 		 261 aa  105  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2209  cobalamin synthase  39.08 
 
 		 249 aa  105  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0846  cobalamin 5'-phosphate synthase  44.14 
 
 		 275 aa  104  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.862603 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0631  cobalamin-5'-phosphate synthase  34.85 
 
 		 302 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.359173  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2837  cobalamin synthase  39.61 
 
 		 247 aa  103  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0121943  normal  0.903925 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2274  cobalamin synthase  39.61 
 
 		 247 aa  102  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00105955  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2115  cobalamin synthase  39.61 
 
 		 247 aa  102  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000350471  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0966  cobalamin synthase  39.61 
 
 		 247 aa  102  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000884194  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1132  cobalamin synthase  39.61 
 
 		 247 aa  102  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00743672  hitchhiker  0.000086759 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1027  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  36 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0842  cobalamin synthase  41.46 
 
 		 257 aa  102  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01901  cobalamin synthase  39.22 
 
 		 247 aa  101  9e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0133526  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01890  hypothetical protein  39.22 
 
 		 247 aa  101  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0142909  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1340  cobalamin 5'-phosphate synthase  47.96 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97096 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0099  cobalamin-5'-phosphate synthase  38.8 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1664  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.22 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0171207  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2325  cobalamin 5'-phosphate synthase  37.88 
 
 		 258 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.274821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4381  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  44.31 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0787  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  42.75 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00056745  normal  0.0562894 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5376  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  37.45 
 
 		 261 aa  99  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02127  cobalamin synthase  37.33 
 
 		 224 aa  99  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0659  cobalamin synthase  41.02 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3774  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.29 
 
 		 290 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4260  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.98 
 
 		 265 aa  98.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.907003  normal  0.109818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5686  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  42.86 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218836  normal  0.146297 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0860  cobalamin synthase  36.02 
 
 		 261 aa  96.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3090  cobalamin 5'-phosphate synthase  31.97 
 
 		 253 aa  96.3  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000765428  hitchhiker  0.00160126 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2385  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.71 
 
 		 256 aa  96.3  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.923196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003692  cobalamin synthase  36.52 
 
 		 224 aa  95.9  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3283  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  38.96 
 
 		 258 aa  95.5  7e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284158  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1036  cobalamin synthase  36.76 
 
 		 262 aa  95.1  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0844  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.84 
 
 		 264 aa  95.1  9e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257901 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4083  cobalamin 5'-phosphate synthase  34.92 
 
 		 257 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3379  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.02 
 
 		 259 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0838  cobalamin synthase  41.02 
 
 		 252 aa  94.4  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.405313  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1118  cobalamin synthase  35.5 
 
 		 262 aa  94  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1636  cobalamin synthase  38.43 
 
 		 247 aa  93.6  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.012457 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0089  cobalamin 5'-phosphate synthase  28.17 
 
 		 261 aa  92.8  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2659  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.22 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1024  cobalamin-5-phosphate synthase CobS  35.36 
 
 		 278 aa  92.4  7e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0678  cobalamin-5'-phosphate synthase  40.68 
 
 		 270 aa  92  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0518916  normal  0.202661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2743  cobalamin 5'-phosphate synthase  41.22 
 
 		 252 aa  92  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0979893 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0740  cobalamin-5'-phosphate synthase  36.36 
 
 		 282 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.4929 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2662  cobalamin synthase  38.72 
 
 		 256 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2784  cobalamin synthase  37.45 
 
 		 259 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.596854 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1313  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.84 
 
 		 252 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1467  cobalamin 5'-phosphate synthase  35.12 
 
 		 246 aa  90.5  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3403  cobalamin synthase  35.27 
 
 		 256 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1894  cobalamin 5'-phosphate synthase  42.53 
 
 		 262 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.577089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2609  cobalamin 5'-phosphate synthase  38.98 
 
 		 248 aa  89.7  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.801369 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1090  cobalamin 5'-phosphate synthase  51.11 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3733  cobalamin 5'-phosphate synthase  46.77 
 
 		 257 aa  89  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.65083 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4584  cobalamin 5'-phosphate synthase  39.2 
 
 		 268 aa  88.6  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.574207  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0703  cobalamin (5'-phosphate) synthase, putative  37.88 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000467859 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2396  cobalamin synthase  40.16 
 
 		 258 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980528  normal  0.106018 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0689  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2176  cobalamin 5'-phosphate synthase  36.08 
 
 		 251 aa  87.4  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.880106 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1192  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.438623  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1012  cobalamin synthase  38.08 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0306  cobalamin synthase  26.59 
 
 		 250 aa  87  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0978  cobalamin synthase  38.08 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1635  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.186551  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1038  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.946761  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0843  cobalamin synthase  37.12 
 
 		 262 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3179  cobalamin synthase  37.12 
 
 		 262 aa  87  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3277  cobalamin synthase  37.12 
 
 		 262 aa  87  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.08655  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2204  cobalamin synthase  37.5 
 
 		 256 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.151172 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2323  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.358925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2963  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1000  cobalamin synthase  38.08 
 
 		 262 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1032  cobalamin synthase  41.37 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0768877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>