More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1562 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1562  transcriptional regulator NrdR  100 
 
 		 154 aa  310  4.999999999999999e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000599658  normal  0.0421133 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0394  transcriptional regulator NrdR  92.86 
 
 		 155 aa  294  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.379881  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2047  transcriptional regulator NrdR  92.86 
 
 		 155 aa  294  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.798764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0843  transcriptional regulator NrdR  95.3 
 
 		 155 aa  294  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.918743 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2257  transcriptional regulator NrdR  91.95 
 
 		 155 aa  283  5e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.382244 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2136  transcriptional regulator NrdR  89.26 
 
 		 155 aa  277  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826839  normal  0.972579 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3422  transcriptional regulator NrdR  86.58 
 
 		 156 aa  270  6e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.195421  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2909  ATP-cone domain-containing protein  70.07 
 
 		 162 aa  224  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000766609  hitchhiker  0.00220576 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4277  ATP-cone domain-containing protein  66.67 
 
 		 182 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497117  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1536  ribonucleotide reductase regulator NrdR-like protein  69.18 
 
 		 161 aa  211  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000992096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1826  transcriptional regulator NrdR  68.03 
 
 		 152 aa  207  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0898017  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3046  transcriptional regulator NrdR  63.89 
 
 		 157 aa  205  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.212603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2109  ATP-cone domain protein  63.95 
 
 		 176 aa  204  5e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3103  transcriptional regulator NrdR  62.99 
 
 		 186 aa  202  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00872195  normal  0.010624 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2242  transcriptional regulator NrdR  59.74 
 
 		 159 aa  201  3e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.279557  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3364  transcriptional regulator NrdR  64.63 
 
 		 185 aa  200  5e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.864476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3169  transcriptional regulator NrdR  64.63 
 
 		 185 aa  200  6e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.129734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3493  transcriptional regulator NrdR  64.63 
 
 		 185 aa  200  7e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.466621  normal  0.949601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2122  transcriptional regulator NrdR  63.33 
 
 		 151 aa  199  8e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5296  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 		 193 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1612  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 		 158 aa  197  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2635  transcriptional regulator NrdR  61.39 
 
 		 160 aa  196  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.436717  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2672  transcriptional regulator NrdR  60.76 
 
 		 160 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0812854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3957  ATP-cone domain-containing protein  60.26 
 
 		 177 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0864731 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2660  transcriptional regulator NrdR  61.9 
 
 		 161 aa  194  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.258967  normal  0.771858 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1178  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.082767  normal  0.171861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1267  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0102239  normal  0.204854 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0817  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 157 aa  193  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.218804  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1135  transcriptional regulator NrdR  62.16 
 
 		 154 aa  192  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516313  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1815  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 160 aa  192  1e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0630  transcriptional regulator NrdR  62.59 
 
 		 160 aa  192  1e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.189278  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1726  transcriptional regulator NrdR  63.27 
 
 		 160 aa  192  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.222643  normal  0.114234 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3005  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 160 aa  191  4e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0766  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 158 aa  188  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0759  transcriptional regulator NrdR  61.22 
 
 		 158 aa  188  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1132  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 154 aa  186  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.26106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2529  transcriptional regulator NrdR  58.44 
 
 		 158 aa  186  9e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0537327  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4648  transcriptional regulator NrdR  59.86 
 
 		 161 aa  186  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3535  transcriptional regulator NrdR  58.82 
 
 		 178 aa  184  3e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0789  transcriptional regulator NrdR  57.14 
 
 		 155 aa  182  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0165247  normal  0.0364138 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0352  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 149 aa  164  4e-40  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.57197  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0125  transcriptional regulator NrdR  48.3 
 
 		 153 aa  160  6e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.69395  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0185  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 153 aa  157  6e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1003  transcriptional regulator NrdR  50.68 
 
 		 156 aa  155  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000818068  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0789  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 		 154 aa  153  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861935  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1156  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 153 aa  152  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2681  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 155 aa  150  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0280  transcriptional regulator NrdR  46.62 
 
 		 148 aa  146  8e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1697  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 150 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0728  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.443303 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2875  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 		 149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.591342  normal  0.528779 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1549  ATP-cone domain protein  51.02 
 
 		 163 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000415369  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1608  ATP-cone domain protein  50 
 
 		 148 aa  145  3e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000998314  hitchhiker  0.000000000000175991 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4247  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 149 aa  145  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.372453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2939  transcriptional regulator NrdR  43.54 
 
 		 147 aa  145  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.634156 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07390  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 147 aa  144  4.0000000000000006e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000000247789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1916  transcriptional regulator NrdR  48.98 
 
 		 148 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1687  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 150 aa  144  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2142  transcriptional regulator NrdR  47.33 
 
 		 152 aa  143  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.497739  hitchhiker  0.00230243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0604  transcriptional regulator NrdR  44.67 
 
 		 154 aa  143  7.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0721  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.109615  normal  0.121751 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0677  transcriptional regulator NrdR  46.26 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.726709  normal  0.692453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1910  transcriptional regulator NrdR  46.71 
 
 		 181 aa  141  3e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.658817  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2471  transcriptional regulator NrdR  46.67 
 
 		 152 aa  141  3e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.01116 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2448  transcriptional regulator NrdR  50.68 
 
 		 164 aa  141  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4956  transcriptional regulator NrdR  47.02 
 
 		 151 aa  140  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1849  transcriptional regulator NrdR  46.71 
 
 		 177 aa  141  4e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2725  transcriptional regulator NrdR  45.45 
 
 		 153 aa  140  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561851  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0692  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 158 aa  140  5e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.663246  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2732  transcriptional regulator NrdR  49.66 
 
 		 162 aa  140  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2993  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 		 149 aa  140  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.701897  normal  0.27543 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0157  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 150 aa  140  6e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2184  transcriptional regulator NrdR  48.65 
 
 		 150 aa  140  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132804  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0949  hypothetical protein  47.3 
 
 		 150 aa  139  9e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000456921  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2928  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 147 aa  139  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2045  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0709551  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2927  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09190  ATP-cone domain protein  47.4 
 
 		 151 aa  138  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000241232  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2908  transcriptional regulator NrdR  45.58 
 
 		 149 aa  138  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0801227  normal  0.0399759 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1401  transcriptional regulator NrdR  47.62 
 
 		 154 aa  138  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.124878  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2743  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1550  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 170 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1225  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.123121 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2835  transcriptional regulator NrdR  46.94 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0802183  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3025  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 150 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304834  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1659  transcriptional regulator NrdR  47.97 
 
 		 149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.114327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0296  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 163 aa  138  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0472  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 163 aa  138  3e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.687081  hitchhiker  0.000432977 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2659  transcriptional regulator NrdR  45.27 
 
 		 149 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0802189  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0793  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 153 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2074  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0835  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2669  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3248  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1748  transcriptional regulator NrdR  47.3 
 
 		 150 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0805744  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0005  transcriptional regulator NrdR  50 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1941  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3233  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464565  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1510  transcriptional regulator NrdR  43.79 
 
 		 153 aa  137  4.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000423148  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3195  transcriptional regulator NrdR  49.32 
 
 		 159 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>