53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1474 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1474  hypothetical protein  100 
 
 
77 aa  153  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3055  hypothetical protein  85.07 
 
 
88 aa  116  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.317801 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3222  hypothetical protein  73.08 
 
 
79 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00664907  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3096  hypothetical protein  73.97 
 
 
79 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0689  hypothetical protein  69.74 
 
 
77 aa  111  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2834  hypothetical protein  75.71 
 
 
77 aa  110  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.395748  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0146  hypothetical protein  66.23 
 
 
80 aa  110  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1184  hypothetical protein  66.23 
 
 
79 aa  110  8.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3551  hypothetical protein  66.23 
 
 
79 aa  110  8.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.708415  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0499  hypothetical protein  67.53 
 
 
84 aa  110  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.239068  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3837  hypothetical protein  72.86 
 
 
74 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2314  hypothetical protein  71.43 
 
 
78 aa  107  6e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00431798  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0861  hypothetical protein  67.12 
 
 
75 aa  105  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.159356 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0739  hypothetical protein  65.79 
 
 
76 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3891  hypothetical protein  60 
 
 
79 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3531  hypothetical protein  69.01 
 
 
78 aa  99  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.354982 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3204  hypothetical protein  65.75 
 
 
84 aa  97.8  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.925116  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3990  hypothetical protein  68.57 
 
 
94 aa  97.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0104761  normal  0.0885826 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2090  hypothetical protein  70 
 
 
78 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.997597 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1003  hypothetical protein  61.97 
 
 
81 aa  95.1  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2277  hypothetical protein  61.43 
 
 
74 aa  95.1  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.490522  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0605  hypothetical protein  62.5 
 
 
73 aa  95.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.693547  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2604  hypothetical protein  62.82 
 
 
78 aa  94.4  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7751  hypothetical protein  61.43 
 
 
74 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.110822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3701  hypothetical protein  58.46 
 
 
73 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0957  putative transposase  52.86 
 
 
77 aa  79.3  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3522  hypothetical protein  55.88 
 
 
129 aa  79  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.133589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1509  hypothetical protein  68.42 
 
 
67 aa  78.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0255702  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7450  hypothetical protein  59.32 
 
 
64 aa  78.6  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.582357  normal  0.785807 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0308  hypothetical protein  54.17 
 
 
74 aa  74.7  0.0000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3374  hypothetical protein  47.22 
 
 
75 aa  73.6  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.23749  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2476  hypothetical protein  50 
 
 
73 aa  67.8  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0826573  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0428  hypothetical protein  50 
 
 
81 aa  62  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1844  hypothetical protein  43.59 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.769483  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3696  conjugal transfer protein  47.06 
 
 
74 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4204  hypothetical protein  50.77 
 
 
89 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.164434  normal  0.501922 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1351  hypothetical protein  50 
 
 
81 aa  57.8  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000795901  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1456  hypothetical protein  49.28 
 
 
95 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0707022  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1292  hypothetical protein  50 
 
 
81 aa  57  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3496  hypothetical protein  48.48 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1905  hypothetical protein  43.84 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153837  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2654  hypothetical protein  48.48 
 
 
81 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.440731  normal  0.75621 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2574  hypothetical protein  48.48 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35620  hypothetical protein  46.97 
 
 
81 aa  54.3  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1326  hypothetical protein  45.21 
 
 
78 aa  54.7  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000180053  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2360  hypothetical protein  46.97 
 
 
80 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.811428 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0736  hypothetical protein  46.97 
 
 
81 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2014  hypothetical protein  49.23 
 
 
84 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2901  hypothetical protein  44.59 
 
 
80 aa  52  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.224891  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2689  hypothetical protein  44.62 
 
 
91 aa  50.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0316496  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1560  hypothetical protein  46.55 
 
 
86 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.629361  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2036  hypothetical protein  36.49 
 
 
73 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410106  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3861  hypothetical protein  40.26 
 
 
91 aa  42.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.385312  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>