136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1348 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_12040  uncharacterized protein involved in propionate catabolism  71.2 
 
 		 505 aa  698    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0754559  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2318  2-methylcitrate dehydratase  72.82 
 
 		 499 aa  715    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.189904  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2656  2-methylcitrate dehydratase  65.73 
 
 		 528 aa  667    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.298915  normal  0.184722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3512  2-methylcitrate dehydratase  78.46 
 
 		 521 aa  790    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.108489 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0567  2-methylcitrate dehydratase  71.03 
 
 		 505 aa  706    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1525  2-methylcitrate dehydratase  69.5 
 
 		 506 aa  692    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000828973 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1525  2-methylcitrate dehydratase  69.26 
 
 		 506 aa  682    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.320923  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1348  2-methylcitrate dehydratase  100 
 
 		 507 aa  1038    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.281218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2646  2-methylcitrate dehydratase  78.47 
 
 		 510 aa  792    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14140  uncharacterized protein involved in propionate catabolism  67.66 
 
 		 508 aa  681    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0620  2-methylcitrate dehydratase  70.55 
 
 		 499 aa  701    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11153  hypothetical protein  66.21 
 
 		 526 aa  670    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2478  2-methylcitrate dehydratase  67.19 
 
 		 505 aa  647    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.097833  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0042  2-methylcitrate dehydratase  65.31 
 
 		 502 aa  651    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3495  2-methylcitrate dehydratase  73.61 
 
 		 502 aa  738    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.375848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0107  2-methylcitrate dehydratase  62.23 
 
 		 505 aa  619  1e-176  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0149416  normal  0.044685 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1656  2-methylcitrate dehydratase  61.11 
 
 		 499 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.261841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2512  MmgE/PrpD  59.41 
 
 		 507 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.338768  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0820  2-methylcitrate dehydratase  32.22 
 
 		 457 aa  191  4e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1723  hypothetical protein  32.89 
 
 		 489 aa  178  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0116764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0625  2-methylcitrate dehydratase  31.73 
 
 		 453 aa  176  7e-43  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1275  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 491 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2237  MmgE/PrpD family protein  32.07 
 
 		 487 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3042  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 491 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2918  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 491 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1953  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 492 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.351953  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0970  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 492 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.530833  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1257  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 492 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2231  MmgE/PrpD family protein  32.18 
 
 		 492 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1703  Fis family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 453 aa  167  4e-40  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0229045 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0780  2-methylcitrate dehydratase  31.8 
 
 		 453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4133  2-methylcitrate dehydratase  32.18 
 
 		 485 aa  156  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0278  2-methylcitrate dehydratase  30.3 
 
 		 428 aa  137  3.0000000000000003e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.914364  normal  0.0835983 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0395  2-methylcitrate dehydratase  27.69 
 
 		 435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.429073  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2001  2-methylcitrate dehydratase  28.47 
 
 		 449 aa  133  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2564  2-methylcitrate dehydratase  28.77 
 
 		 457 aa  113  7.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258937  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1939  2-methylcitrate dehydratase  28.68 
 
 		 494 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.73412  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1302  2-methylcitrate dehydratase  28.61 
 
 		 500 aa  103  5e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2451  2-methylcitrate dehydratase  26.56 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0986896  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1725  2-methylcitrate dehydratase  27.46 
 
 		 478 aa  102  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2338  2-methylcitrate dehydratase  27.84 
 
 		 494 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000387778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1768  2-methylcitrate dehydratase  27.17 
 
 		 494 aa  101  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0512259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3432  2-methylcitrate dehydratase  27.84 
 
 		 494 aa  101  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.01192  normal  0.429713 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6460  MmgE/PrpD family protein  24.34 
 
 		 471 aa  100  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00728409  normal  0.371072 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0871  2-methylcitrate dehydratase  26.95 
 
 		 483 aa  100  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000221374  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2189  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2126  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99.4  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2112  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2207  2-methylcitrate dehydratase  28.65 
 
 		 483 aa  99.4  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.50931  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2349  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99.4  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2368  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3009  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99.8  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.51966 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2377  2-methylcitrate dehydratase  26.92 
 
 		 478 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.470978  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2316  2-methylcitrate dehydratase  26.94 
 
 		 478 aa  99  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1507  2-methylcitrate dehydratase  27.08 
 
 		 482 aa  98.6  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.371923  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2157  2-methylcitrate dehydratase  26.14 
 
 		 478 aa  99.4  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0799  2-methylcitrate dehydratase  27.91 
 
 		 481 aa  98.2  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1779  2-methylcitrate dehydratase  28.53 
 
 		 494 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.293801  hitchhiker  0.00426686 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4353  2-methylcitrate dehydratase  26.33 
 
 		 483 aa  97.1  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1032  2-methylcitrate dehydratase  26.72 
 
 		 474 aa  96.3  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1162  2-methylcitrate dehydratase  25.91 
 
 		 474 aa  95.1  3e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.696099  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2902  2-methylcitrate dehydratase  25.64 
 
 		 483 aa  94.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2419  2-methylcitrate dehydratase  27.33 
 
 		 494 aa  94  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00018845  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1486  2-methylcitrate dehydratase  26.06 
 
 		 482 aa  93.6  7e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2157  2-methylcitrate dehydratase  25.85 
 
 		 483 aa  93.6  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6862  2-methylcitrate dehydratase  25.58 
 
 		 483 aa  93.6  8e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.195603  normal  0.185199 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1497  2-methylcitrate dehydratase  26.25 
 
 		 482 aa  93.2  9e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1123  2-methylcitrate dehydratase  27.7 
 
 		 481 aa  93.2  9e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06639  2-methylcitrate dehydratase (Eurofung)  25.27 
 
 		 635 aa  92.8  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.738113  normal  0.139435 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1117  2-methylcitrate dehydratase  27.54 
 
 		 500 aa  92.8  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.489682 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3822  2-methylcitrate dehydratase  26.58 
 
 		 483 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.238522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0923  2-methylcitrate dehydratase  26.48 
 
 		 495 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.855648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2402  2-methylcitrate dehydratase  27.95 
 
 		 470 aa  91.7  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.290074  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3306  2-methylcitrate dehydratase  26.1 
 
 		 483 aa  91.7  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.494444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4727  2-methylcitrate dehydratase  26.98 
 
 		 494 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.234183  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0464  2-methylcitrate dehydratase  26.72 
 
 		 483 aa  91.3  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0004098  hitchhiker  0.00000887617 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1662  2-methylcitrate dehydratase  26.97 
 
 		 492 aa  91.3  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.414028  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2002  2-methylcitrate dehydratase  27.25 
 
 		 488 aa  90.9  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.213723 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0655  2-methylcitrate dehydratase  25.53 
 
 		 483 aa  90.9  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.781921  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4438  2-methylcitrate dehydratase  26.11 
 
 		 483 aa  90.9  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.394122  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3929  2-methylcitrate dehydratase  26.11 
 
 		 483 aa  90.9  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3599  2-methylcitrate dehydratase  26.11 
 
 		 483 aa  90.9  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.464722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0410  2-methylcitrate dehydratase  26.33 
 
 		 483 aa  90.5  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000282165 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0422  2-methylcitrate dehydratase  26.33 
 
 		 483 aa  90.5  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.649578  normal  0.0549377 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54000  2-methylcitrate dehydratase  26.04 
 
 		 494 aa  90.5  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2477  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 483 aa  90.5  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1754  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 483 aa  90.1  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.723906  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0799  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 483 aa  90.1  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1616  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 502 aa  90.1  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0651  2-methylcitrate dehydratase  27.32 
 
 		 485 aa  90.1  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.144324 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1824  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 483 aa  90.1  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2339  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 483 aa  90.1  8e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0494  2-methylcitrate dehydratase  26 
 
 		 483 aa  90.1  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0402  2-methylcitrate dehydratase  26.88 
 
 		 483 aa  89.7  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000295232 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0404  2-methylcitrate dehydratase  26.33 
 
 		 483 aa  89.4  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0405  2-methylcitrate dehydratase  26.99 
 
 		 483 aa  89  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1572  2-methylcitrate dehydratase  26.07 
 
 		 481 aa  88.6  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.342813  normal  0.548797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0073  2-methylcitrate dehydratase  27.53 
 
 		 481 aa  89  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0365  2-methylcitrate dehydratase  26.27 
 
 		 483 aa  87.4  5e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.756913 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3291  2-methylcitrate dehydratase  26.42 
 
 		 483 aa  86.7  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>