50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1157 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1157  periplasmic binding protein  100 
 
 		 104 aa  211  2.9999999999999995e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1691  periplasmic binding protein  34.31 
 
 		 353 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000252356  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2073  periplasmic binding protein  40.78 
 
 		 343 aa  82  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0956  periplasmic binding protein  40.78 
 
 		 343 aa  80.5  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94277  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1679  periplasmic binding protein  37.25 
 
 		 363 aa  77.4  0.00000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1544  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 360 aa  70.1  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0815  iron ABC transporter, solute-binding protein  31.25 
 
 		 337 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000212424  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0033  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 351 aa  65.9  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24730  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  33.02 
 
 		 386 aa  65.1  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30870  periplasmic solute binding protein of iron siderophore transporter  33.33 
 
 		 349 aa  65.1  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.359995  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1285  periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 337 aa  65.5  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000393821  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1559  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  32.38 
 
 		 337 aa  64.3  0.0000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.307142  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3543  periplasmic binding protein  30.69 
 
 		 358 aa  63.5  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01880  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  28.16 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.09691 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1611  periplasmic binding protein  34.29 
 
 		 341 aa  62.4  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3384  periplasmic binding protein  29.7 
 
 		 358 aa  62.8  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1721  hypothetical protein  31.43 
 
 		 351 aa  60.5  0.000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5522  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 361 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.0605852 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  30.48 
 
 		 344 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1515  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 345 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2271  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  28.3 
 
 		 393 aa  53.9  0.0000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.79737  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 360 aa  53.5  0.0000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26430  Periplasmic binding protein  28.16 
 
 		 360 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0027542  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1187  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  26.21 
 
 		 374 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2734  periplasmic binding protein  34.62 
 
 		 363 aa  52  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.148787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2805  periplasmic binding protein  32.04 
 
 		 344 aa  51.2  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000505659  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0148  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.13 
 
 		 349 aa  51.2  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0440522  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1534  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.13 
 
 		 351 aa  50.8  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000374232  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3033  periplasmic binding protein  25 
 
 		 345 aa  50.4  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1673  ferrichrome-binding periplasmic protein  29.41 
 
 		 353 aa  50.4  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.723004  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2004  putative ABC-type Fe3+ transport system periplasmic component  28.85 
 
 		 354 aa  48.1  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00731234  normal  0.178178 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2263  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  28 
 
 		 360 aa  47.4  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128024  normal  0.494414 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10530  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  21.57 
 
 		 376 aa  47.4  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1598  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 369 aa  47.4  0.00007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.796704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2074  periplasmic binding protein  30.39 
 
 		 340 aa  46.2  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3702  periplasmic binding protein  25.49 
 
 		 348 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2486  ferrichrome-binding periplasmic protein  25.24 
 
 		 370 aa  46.2  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1419  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 375 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.364808  normal  0.918075 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1477  periplasmic binding protein  26.85 
 
 		 345 aa  44.7  0.0005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.47905  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0029  periplasmic binding protein  25.64 
 
 		 361 aa  44.3  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3842  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 349 aa  43.5  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4151  periplasmic binding protein  31.37 
 
 		 349 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00557597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0530  periplasmic binding protein  28.71 
 
 		 342 aa  43.5  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.519305  normal  0.848906 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2330  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 372 aa  42.7  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.690031  normal  0.0917181 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0890  ABC-transporter periplasmic-binding component  31.52 
 
 		 344 aa  42.4  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00338938  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2395  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.55 
 
 		 408 aa  42.4  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1286  ABC transporter, solute-binding protein  23.23 
 
 		 370 aa  42  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2264  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  25 
 
 		 362 aa  41.6  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0217447  normal  0.506008 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4299  periplasmic binding protein  33.01 
 
 		 345 aa  40.8  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0417  periplasmic binding protein  26.92 
 
 		 346 aa  40.4  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0407983 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>