32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1131 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1131  hypothetical protein  100 
 
 
398 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3282  hypothetical protein  39.84 
 
 
389 aa  216  8e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.366164  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4014  hypothetical protein  40.79 
 
 
386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.244675  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1010  hypothetical protein  41.36 
 
 
432 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.456603  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0794  hypothetical protein  34.65 
 
 
426 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0490203 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0828  hypothetical protein  38.46 
 
 
438 aa  150  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.236177  normal  0.39315 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0868  hypothetical protein  38.46 
 
 
440 aa  150  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0571349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1389  hypothetical protein  39.55 
 
 
399 aa  150  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.202962  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4302  hypothetical protein  39.09 
 
 
430 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.916619  normal  0.0727326 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0462  hypothetical protein  31.45 
 
 
398 aa  142  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2466  hypothetical protein  31.87 
 
 
431 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.662294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1950  hypothetical protein  29.6 
 
 
580 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.673108  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1587  hypothetical protein  26.67 
 
 
541 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00091604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1559  hypothetical protein  26.48 
 
 
544 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.545989  normal  0.355299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3715  hypothetical protein  27.43 
 
 
543 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3164  batD protein  22.99 
 
 
581 aa  55.5  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00886751  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2027  hypothetical protein  27.08 
 
 
543 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.379068  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1657  BatD protein  29.91 
 
 
584 aa  54.3  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0760039  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0071  hypothetical protein  25.7 
 
 
566 aa  54.3  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2787  hypothetical protein  26.92 
 
 
564 aa  48.9  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.352279  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1731  hypothetical protein  23.64 
 
 
611 aa  47.4  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187494  normal  0.124659 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02707  batD protein  24.61 
 
 
586 aa  47.4  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1523  hypothetical protein  21.9 
 
 
586 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1591  hypothetical protein  25.24 
 
 
564 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0414272  unclonable  0.00000000000672446 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2767  hypothetical protein  25.24 
 
 
569 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.170207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2862  hypothetical protein  25.24 
 
 
564 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1466  hypothetical protein  24.27 
 
 
553 aa  45.1  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.661911  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1454  hypothetical protein  24.27 
 
 
553 aa  44.3  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000118146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2174  hypothetical protein  27.5 
 
 
540 aa  43.5  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0809716 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2466  hypothetical protein  24.88 
 
 
547 aa  43.5  0.006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.837829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24380  hypothetical protein  25.55 
 
 
543 aa  43.1  0.01  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00155106  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3095  hypothetical protein  23.79 
 
 
555 aa  42.7  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>