More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1070 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1070  regulatory proteins, IclR  100 
 
 		 205 aa  419  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4954  transcriptional regulator, IclR family  71.43 
 
 		 265 aa  295  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6149  IclR family transcriptional regulator  63.55 
 
 		 261 aa  264  8e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.508102  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13880  transcriptional regulatory protein, IclR family  38.02 
 
 		 267 aa  131  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.176969  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4381  transcriptional regulator, IclR family  34.01 
 
 		 254 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6219  IclR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0700  IclR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 254 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.456524  decreased coverage  0.00240678 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0417  IclR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 252 aa  125  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0284942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3350  transcriptional regulator IclR  39.75 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618767 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1998  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 250 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4375  transcriptional regulator, IclR family  34.85 
 
 		 250 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 252 aa  121  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4595  IclR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 257 aa  121  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0696  IclR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 250 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.32521  hitchhiker  0.00513536 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6211  IclR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 250 aa  119  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4215  transcriptional regulator, IclR family  32.83 
 
 		 258 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.0022938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4000  regulatory proteins, IclR  32 
 
 		 294 aa  117  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.198619  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3826  transcriptional regulator, IclR family  33 
 
 		 278 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3835  transcriptional regulator, IclR family  33.88 
 
 		 271 aa  115  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.790714  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4521  IclR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.31589  normal  0.948737 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 260 aa  113  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4864  transcriptional regulator IclR  32.47 
 
 		 254 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.727357  normal  0.5186 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1433  IclR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 255 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0905  IclR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 252 aa  107  1e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.818194  normal  0.447729 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1512  IclR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 252 aa  106  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.388908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6222  IclR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 269 aa  105  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5946  IclR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 266 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1993  IclR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.080856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0697  IclR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 293 aa  101  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.734635  decreased coverage  0.00216711 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0800  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 260 aa  99.8  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3754  regulatory protein, IclR  30.73 
 
 		 275 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4376  transcriptional regulator, IclR family  34.01 
 
 		 278 aa  99  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0296  transcriptional regulator IclR-like protein  30.82 
 
 		 252 aa  98.6  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2006  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  98.2  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4529  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 273 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143169 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 269 aa  95.1  6e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 274 aa  94.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4433  regulatory proteins, IclR  34.16 
 
 		 254 aa  94  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343959  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 274 aa  93.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 261 aa  92.8  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 262 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 275 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 275 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 275 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  29.01 
 
 		 274 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4280  regulatory proteins, IclR  31.06 
 
 		 254 aa  89.4  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0373374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 263 aa  89.4  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.25 
 
 		 261 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 275 aa  89  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.25 
 
 		 261 aa  89  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.25 
 
 		 261 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.25 
 
 		 261 aa  89  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 264 aa  88.6  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 285 aa  88.2  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 285 aa  88.2  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 275 aa  87.8  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 271 aa  87.8  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 280 aa  87.4  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0886  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 280 aa  86.7  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.574379  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  28.99 
 
 		 257 aa  86.7  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  29.29 
 
 		 259 aa  85.9  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  29.53 
 
 		 258 aa  85.9  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  29.44 
 
 		 277 aa  85.9  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 285 aa  85.5  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0439  transcriptional regulator IclR  28.73 
 
 		 286 aa  85.5  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28447 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  30.25 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  29.35 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  27.78 
 
 		 264 aa  84  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2032  transcriptional regulator, IclR family  34.36 
 
 		 268 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  30 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3261  IclR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  30.25 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  26.4 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  31.11 
 
 		 266 aa  82  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  31.11 
 
 		 266 aa  82  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 260 aa  81.6  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1052  transcriptional regulator, IclR family  33.11 
 
 		 261 aa  81.6  0.000000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  26.52 
 
 		 261 aa  81.3  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  29.63 
 
 		 275 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  29.8 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 258 aa  80.1  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  31.07 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02912  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1785  IclR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108149 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  31.65 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  27.74 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2906  transcriptional regulator, IclR family  40.82 
 
 		 254 aa  79.3  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  25.91 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2609  IclR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 256 aa  78.2  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  0.0160268 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.01 
 
 		 278 aa  78.6  0.00000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 260 aa  78.2  0.00000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1714  regulatory protein, IclR  29.35 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.872796  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4749  transcriptional regulator, IclR family  28.92 
 
 		 253 aa  77.4  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5478  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  27.89 
 
 		 269 aa  77  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  28.49 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  30.92 
 
 		 280 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3116  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  23.96 
 
 		 256 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>