More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1006 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3333  transposase, IS4 family protein  100 
 
 
186 aa  264  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.505103 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1006  transposase, IS4 family protein  100 
 
 
129 aa  263  5.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733901  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2092  transposase, IS4 family protein  99.22 
 
 
186 aa  261  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.663064  normal  0.152141 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2976  transposase, IS4 family protein  99.22 
 
 
186 aa  261  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4093  transposase IS4 family protein  95.35 
 
 
129 aa  255  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.550334  normal  0.402512 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3758  transposase IS4 family protein  95.35 
 
 
129 aa  251  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0586009  normal  0.260182 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4034  transposase IS4 family protein  95.35 
 
 
129 aa  251  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.492844  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2296  transposase  92.74 
 
 
142 aa  238  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0174  IS4 family transposase  91.47 
 
 
129 aa  226  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2960  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
336 aa  225  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0662876 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2133  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3823  hypothetical protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.375839  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4288  hypothetical protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4294  hypothetical protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4300  hypothetical protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0173  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0829  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
129 aa  223  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2823  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.161195 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3493  hypothetical protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.887255  normal  0.425621 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1815  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0486007  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1805  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3789  hypothetical protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3322  hypothetical protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0338257  normal  0.289383 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1327  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175313  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0937  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.119126  normal  0.651553 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0877  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3795  hypothetical protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1820  transposase, IS4 family protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0796894  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3849  hypothetical protein  80.62 
 
 
190 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0531772  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3532  hypothetical protein  79.84 
 
 
129 aa  222  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00922044  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3540  hypothetical protein  79.84 
 
 
129 aa  222  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.718907 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0861  transposase, IS4 family protein  79.84 
 
 
190 aa  221  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4638  transposase IS4 family protein  78.29 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4650  transposase IS4 family protein  78.29 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0506  IS4 family transposase  78.29 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1528  IS4 family transposase  78.29 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2758  IS4 family transposase  78.29 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5032  IS4 family transposase  79.84 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.137379  normal  0.729645 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5037  IS4 family transposase  79.84 
 
 
129 aa  218  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.505561  normal  0.915342 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1839  transposase, IS4 family protein  76.74 
 
 
206 aa  191  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.181674  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4122  hypothetical protein  76.74 
 
 
206 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0168  transposase, IS4 family protein  83.33 
 
 
201 aa  191  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4215  transposase, IS4  55.73 
 
 
131 aa  165  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0535  IS5 family transposase orfB  59.2 
 
 
146 aa  162  1.0000000000000001e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4160  response regulator receiver protein  73.64 
 
 
110 aa  147  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0407  transposase, IS4  56.25 
 
 
116 aa  145  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.789806  normal  0.45974 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0419  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0597  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0838  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.463071  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1298  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.618797  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1525  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742906  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1643  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1645  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1687  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2027  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2347  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00020548  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2458  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2606  transposase IS4  58.77 
 
 
115 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1319  transposase IS4  59.82 
 
 
113 aa  145  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3697  IS66 Orf2 family protein  73.86 
 
 
100 aa  143  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.260233  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0807  transposase  54.46 
 
 
112 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.478213  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1594  transposase  54.46 
 
 
112 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2135  transposase  54.46 
 
 
112 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3262  transposase  54.46 
 
 
112 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0317  hypothetical protein  74.76 
 
 
107 aa  138  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384563  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3841  transposase IS4 family protein  48.06 
 
 
167 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3783  hypothetical protein  48.06 
 
 
252 aa  123  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.155847 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5636  hypothetical protein  48.06 
 
 
252 aa  123  9e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0531  IS5 family transposase orfB  58.7 
 
 
113 aa  118  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00392831  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2772  hypothetical protein  61.11 
 
 
106 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407884  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3828  transposase  47.66 
 
 
260 aa  113  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3969  Transposase and inactivated derivatives-like protein  44.19 
 
 
252 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4642  Transposase and inactivated derivatives-like protein  44.19 
 
 
252 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.555712 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3738  Transposase and inactivated derivatives-like protein  41.41 
 
 
251 aa  107  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0940  hypothetical protein  69.57 
 
 
254 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.2166  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6401  hypothetical protein  44.53 
 
 
251 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6448  putative transposase  44.53 
 
 
251 aa  106  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6451  hypothetical protein  50.89 
 
 
273 aa  106  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112663  normal  0.335416 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0594  transposase  45.04 
 
 
260 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2467  transposase  45.04 
 
 
260 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.193049  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4641  transposase  45.04 
 
 
260 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4661  transposase  45.04 
 
 
260 aa  105  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1439  hypothetical protein  65.22 
 
 
121 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6151  hypothetical protein  50 
 
 
260 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.777281  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6259  hypothetical protein  50 
 
 
260 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.147576 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8144  transposase IS4 family protein  43.41 
 
 
135 aa  103  7e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0047  transposase IS4  41.09 
 
 
177 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.683119  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0621  transposase IS4  41.09 
 
 
177 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0830  transposase IS4  41.09 
 
 
177 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.172478  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2019  transposase IS4  41.09 
 
 
177 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2650  transposase IS4  41.09 
 
 
177 aa  103  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0180  transposase, IS4  44.96 
 
 
176 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.501437  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1015  transposase, IS4  44.96 
 
 
176 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.186494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0435  transposase, IS4  44.19 
 
 
176 aa  101  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.264496  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1934  transposase, IS4  44.19 
 
 
176 aa  101  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6137  transposase  37.8 
 
 
254 aa  98.6  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.876431 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6167  transposase  37.8 
 
 
254 aa  98.6  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6168  transposase  37.8 
 
 
254 aa  98.6  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6478  transposase  37.8 
 
 
254 aa  98.6  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.525266 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6118  transposase  37.8 
 
 
254 aa  98.6  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770853 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>