More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0882 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0882  ribokinase-like domain-containing protein  100 
 
 
319 aa  624  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00379836  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2334  6-phosphofructokinase  54.75 
 
 
314 aa  285  5e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1009  ribokinase-like domain-containing protein  54.75 
 
 
314 aa  285  5e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1592  ribokinase-like domain-containing protein  55.74 
 
 
314 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.201604  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1621  putative 6-phosphofructokinase isozyme 2  49.2 
 
 
316 aa  263  3e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.106511 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0237  6-phosphofructokinase  45.42 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3412  6-phosphofructokinase  42.16 
 
 
324 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0583306  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3475  6-phosphofructokinase  42.16 
 
 
324 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0202827  normal  0.0135281 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3423  6-phosphofructokinase  42.16 
 
 
324 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.151366 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23410  6-phosphofructokinase II  43.61 
 
 
312 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.479216  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1394  ribokinase-like domain-containing protein  41.21 
 
 
314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.224009  normal  0.554881 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1031  1-phosphofructokinase  41.12 
 
 
311 aa  209  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1600  6-phosphofructokinase II  37.79 
 
 
311 aa  209  7e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.349634 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3234  1-phosphofructokinase  41.97 
 
 
311 aa  208  8e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12066  phosphofructokinase pfkB  41.45 
 
 
339 aa  207  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4987  ribokinase-like domain-containing protein  41.83 
 
 
315 aa  202  9e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0347  PfkB  40.13 
 
 
312 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0042233 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4105  ribokinase-like domain-containing protein  40.46 
 
 
332 aa  198  7.999999999999999e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0444  PfkB  39.48 
 
 
312 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.649128  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6213  1-phosphofructokinase  42.36 
 
 
311 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.175632  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2080  ribokinase-like domain-containing protein  38.39 
 
 
312 aa  189  4e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.234736 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5875  1-phosphofructokinase  42.31 
 
 
326 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.412228  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4571  1-phosphofructokinase  37.54 
 
 
319 aa  189  7e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0383  1-phosphofructokinase  38.19 
 
 
312 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2756  6-phosphofructokinase  38.94 
 
 
312 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.785383  normal  0.0918353 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01692  6-phosphofructokinase II  36.72 
 
 
309 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1468  6-phosphofructokinase 2  36.72 
 
 
309 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.193621  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1919  1-phosphofructokinase  36.72 
 
 
309 aa  178  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2441  6-phosphofructokinase 2  36.39 
 
 
309 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.386774  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1968  6-phosphofructokinase 2  36.72 
 
 
309 aa  177  1e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01680  hypothetical protein  36.72 
 
 
309 aa  178  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.943682  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1943  6-phosphofructokinase 2  36.39 
 
 
309 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0791846  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1909  6-phosphofructokinase 2  36.39 
 
 
309 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0142081  normal  0.242978 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1804  6-phosphofructokinase 2  36.39 
 
 
309 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0265259  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1455  6-phosphofructokinase 2  37.05 
 
 
310 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.620186  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2018  6-phosphofructokinase 2  37.05 
 
 
310 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1845  6-phosphofructokinase 2  37.05 
 
 
310 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00011126  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1423  6-phosphofructokinase 2  37.05 
 
 
310 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.445434  hitchhiker  0.000900172 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1440  6-phosphofructokinase 2  36.72 
 
 
310 aa  175  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6479  6-phosphofructokinase  40.66 
 
 
312 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.998962 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1721  6-phosphofructokinase 2  36.63 
 
 
310 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.132739  normal  0.591583 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3541  1-phosphofructokinase  33.88 
 
 
332 aa  170  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0415  6-phosphofructokinase  38.16 
 
 
350 aa  169  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1351  ribokinase-like domain-containing protein  32.05 
 
 
309 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4520  1-phosphofructokinase  33.44 
 
 
310 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.491603  normal  0.561084 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4388  1-phosphofructokinase  33.44 
 
 
310 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.758839  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1098  1-phosphofructokinase  35.83 
 
 
334 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.424863  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1157  1-phosphofructokinase  35.88 
 
 
310 aa  151  1e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1834  ribokinase-like domain-containing protein  31.31 
 
 
306 aa  150  3e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1252  1-phosphofructokinase  35.26 
 
 
312 aa  150  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0700  PfkB  33.66 
 
 
322 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1282  6-phosphofructokinase  37.83 
 
 
319 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.949275  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1788  1-phosphofructokinase  29.97 
 
 
311 aa  146  5e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.468548  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2801  6-phosphofructokinase  37.83 
 
 
442 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2659  putative fructokinase  37.83 
 
 
442 aa  146  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0142  6-phosphofructokinase  37.83 
 
 
449 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0117  6-phosphofructokinase  37.5 
 
 
313 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.425827  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1061  6-phosphofructokinase  37.5 
 
 
473 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1128  carbohydrate kinase, PfkB family  34.33 
 
 
310 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1346  carbohydrate kinase  33.67 
 
 
310 aa  139  4.999999999999999e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4850  ribokinase-like domain-containing protein  37.88 
 
 
336 aa  129  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00898059 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0611  tagatose-6-phosphate kinase  33.22 
 
 
311 aa  129  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5272  1-phosphofructokinase  33.66 
 
 
325 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390992  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1482  1-phosphofructokinase  31.91 
 
 
319 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.132343  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1807  carbohydrate kinase, PfkB family  31.91 
 
 
319 aa  126  5e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.917848  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2395  1-phosphofructokinase  29.58 
 
 
303 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.378006  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7074  ribokinase-like domain-containing protein  33.55 
 
 
316 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1060  1-phosphofructokinase  38.87 
 
 
308 aa  123  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1485  1-phosphofructokinase  30.16 
 
 
303 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.211736  normal  0.0136163 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3745  1-phosphofructokinase  29.9 
 
 
303 aa  122  7e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0550156  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3564  1-phosphofructokinase  29.26 
 
 
303 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0892785  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3727  1-phosphofructokinase  29.26 
 
 
303 aa  122  7e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5453300000000002e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3847  1-phosphofructokinase  29.26 
 
 
303 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000858241  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3463  1-phosphofructokinase  29.26 
 
 
303 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00127204  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3483  1-phosphofructokinase  29.9 
 
 
303 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.622893  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3817  1-phosphofructokinase  29.58 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00128432  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3477  1-phosphofructokinase  29.26 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000168948  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3768  1-phosphofructokinase  29.26 
 
 
303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1268  1-phosphofructokinase  36.49 
 
 
314 aa  119  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.955109  normal  0.500032 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0576  1-phosphofructokinase  28.38 
 
 
310 aa  119  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000336585  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0686  1-phosphofructokinase  30.65 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.020594  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22720  tagatose-6-phosphate kinase, phosphofructokinase I  29.51 
 
 
315 aa  116  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.727681  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1715  1-phosphofructokinase  29.81 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0138  1-phosphofructokinase  30.95 
 
 
318 aa  113  5e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0012  1-phosphofructokinase  32.03 
 
 
308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00179205  unclonable  0.0000000067569 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0175  1-phosphofructokinase  30.43 
 
 
306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1907  tagatose-6-phosphate kinase  27.6 
 
 
307 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.961969  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4226  1-phosphofructokinase  35.64 
 
 
313 aa  106  4e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1642  tagatose-6-phosphate kinase, phosphofructokinase I  26.95 
 
 
307 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0188  1-phosphofructokinase  32.49 
 
 
317 aa  105  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0641  1-phosphofructokinase  27.76 
 
 
311 aa  105  9e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.021814  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0824  1-phosphofructokinase  31.45 
 
 
310 aa  104  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0147  1-phosphofructokinase  27.8 
 
 
315 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110184  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1776  1-phosphofructokinase  27.87 
 
 
308 aa  103  3e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3382  1-phosphofructokinase  27.27 
 
 
308 aa  103  3e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000263995  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1971  PfkB  32.32 
 
 
327 aa  103  5e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.808112  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0891  1-phosphofructokinase  33.9 
 
 
314 aa  103  6e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.619432  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0185  1-phosphofructokinase  35.78 
 
 
323 aa  102  8e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1727  tagatose-6-phosphate kinase  29.07 
 
 
304 aa  102  9e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.209721  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1188  1-phosphofructokinase  31.85 
 
 
315 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.95293  normal  0.994697 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>