More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0772 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0772  30S ribosomal protein S14  100 
 
 
101 aa  207  5e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.51274  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0267  30S ribosomal protein S14  86.14 
 
 
101 aa  177  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0687464  normal  0.437866 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0374  30S ribosomal protein S14  83.17 
 
 
101 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1728  30S ribosomal protein S14  83.17 
 
 
101 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.133378  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0298  30S ribosomal protein S14  84.16 
 
 
101 aa  177  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.518978 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2521  30S ribosomal protein S14  83.17 
 
 
101 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0604  30S ribosomal protein S14  79.21 
 
 
101 aa  166  7e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472799  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1969  30S ribosomal protein S14  65.35 
 
 
101 aa  146  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000314461  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1220  30S ribosomal protein S14  64.36 
 
 
101 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1183  30S ribosomal protein S14  64.36 
 
 
101 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.552598  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0999  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0161661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1627  30S ribosomal protein S14  68.32 
 
 
101 aa  143  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.284019 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2675  30S ribosomal protein S14  68.32 
 
 
101 aa  142  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.141286  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1665  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  142  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0077571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1921  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0340  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  141  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1345  30S ribosomal protein S14  64.36 
 
 
101 aa  140  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.000233986  normal  0.0693599 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1558  30S ribosomal protein S14  65.35 
 
 
101 aa  140  8e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0567  30S ribosomal protein S14  65.35 
 
 
101 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1443  30S ribosomal protein S14  63.37 
 
 
101 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.190853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5057  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  138  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.807247  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2205  30S ribosomal protein S14  65.35 
 
 
101 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.404877  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1854  30S ribosomal protein S14  62.38 
 
 
101 aa  137  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.371394  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2151  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  137  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2466  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2188  30S ribosomal protein S14  66.34 
 
 
101 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.913907  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4785  30S ribosomal protein S14  60.4 
 
 
101 aa  136  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0031543  hitchhiker  0.00000000667247 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1782  SSU ribosomal protein S14P  62.38 
 
 
101 aa  135  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0484502  normal  0.0815843 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1367  30S ribosomal protein S14  63.37 
 
 
101 aa  134  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.733722  normal  0.0818986 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3435  30S ribosomal protein S14  62.38 
 
 
101 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.10594  normal  0.513103 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3654  30S ribosomal protein S14  62.38 
 
 
101 aa  133  9e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2308  30S ribosomal protein S14  60.4 
 
 
101 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0229887  normal  0.108469 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3171  30S ribosomal protein S14  60.4 
 
 
101 aa  130  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743525  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2749  ribosomal protein S14  67.33 
 
 
101 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0503264  normal  0.24176 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0711  30S ribosomal protein S14  64.36 
 
 
101 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00506844  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2979  30S ribosomal protein S14  60.4 
 
 
101 aa  124  6e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0434  SSU ribosomal protein S14P  59.41 
 
 
101 aa  121  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0108067  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0308  ribosomal protein S14  59.41 
 
 
101 aa  120  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000208826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0732  30S ribosomal protein S14  57.43 
 
 
101 aa  120  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0027936  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1933  30S ribosomal protein S14  61.39 
 
 
101 aa  120  9e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.824526  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3006  30S ribosomal protein S14  57.43 
 
 
101 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00239301  normal  0.0499255 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2937  30S ribosomal protein S14  57.43 
 
 
101 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00000210491  hitchhiker  0.000000785932 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0599  30S ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.118068  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00951  30S ribosomal protein S14  58.42 
 
 
101 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288651  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3284  30S ribosomal protein S14  57.43 
 
 
101 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000159441  hitchhiker  0.00000214685 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1377  30S ribosomal protein S14  65.35 
 
 
101 aa  118  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.534756  normal  0.777792 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0422  30S ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  118  3e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4263  ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  118  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000526043  unclonable  0.00000000000278938 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0471  SSU ribosomal protein S14P  57.43 
 
 
101 aa  118  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0668  30S ribosomal protein S14  56.86 
 
 
102 aa  117  4.9999999999999996e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.549437  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0262  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  117  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000389455  hitchhiker  0.00180816 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0289  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  116  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000215365  normal  0.0115353 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0340  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00119907  normal  0.0120704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3460  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  116  9e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000254777  decreased coverage  0.00448614 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2746  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000874703  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0280  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  116  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000109456  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0361  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  116  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000000769371  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0439  30S ribosomal protein S14  58.42 
 
 
101 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000050629  hitchhiker  0.0000949985 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0332  SSU ribosomal protein S14P  56.44 
 
 
101 aa  116  9.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.84975e-18  unclonable  0.0000000474236 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2805  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.539681  normal  0.449731 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0502  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  114  5e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000100367  hitchhiker  0.00403438 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0063  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  114  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000147602  hitchhiker  8.43834e-17 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0497  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  114  5e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000674394  normal  0.0635916 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2156  ribosomal protein S14  58.42 
 
 
101 aa  114  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.11906  normal  0.323543 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0066  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  114  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185817  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1613  30S ribosomal protein S14  59.41 
 
 
100 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1588  30S ribosomal protein S14  59.41 
 
 
100 aa  114  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2826  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00591493  normal  0.456449 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1937  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000295863  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3491  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0297589  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2619  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00326557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3763  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000751024  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3733  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000471214  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3055  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000566724  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3156  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000867559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3791  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0910984  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1340  30S ribosomal protein S14  52.48 
 
 
101 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.843719  normal  0.149539 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0333  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  111  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000213488  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3304  30S ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  111  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00814384  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3166  30S ribosomal protein S14  52.48 
 
 
101 aa  110  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000693481  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001729  SSU ribosomal protein S14p (S29e)  56.44 
 
 
101 aa  110  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000996787  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00743  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  110  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0614  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  110  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3936  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  110  8.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0850  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
115 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0567649  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5066  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000167621  normal  0.114431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08980  30S ribosomal protein S14  54.46 
 
 
101 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00144402  normal  0.0937725 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0209  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000434806  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2359  ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3325  30S ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000022678  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0213  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000765112  unclonable  0.00000853869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4304  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000890195  unclonable  0.0000000000539649 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3631  30S ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000617714  decreased coverage  0.00000000000127186 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4043  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000318217  unclonable  0.00000000000274518 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0972  30S ribosomal protein S14  52.48 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000120415  hitchhiker  0.000000929871 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0327  30S ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000923882  decreased coverage  0.00287275 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0845  ribosomal protein S14  53.47 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0212  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000559885  unclonable  0.0000000000128265 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0207  30S ribosomal protein S14  55.45 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000156094  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4157  30S ribosomal protein S14  56.44 
 
 
101 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000237704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>