182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0715 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5033  urocanate hydratase  77.03 
 
 		 557 aa  893    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1100  urocanate hydratase  73.21 
 
 		 562 aa  837    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0629  urocanate hydratase  61.1 
 
 		 552 aa  681    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.317757  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2647  urocanate hydratase  66.84 
 
 		 601 aa  790    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.147461  normal  0.780355 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3679  urocanate hydratase  63.54 
 
 		 552 aa  720    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.153823  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0909  urocanate hydratase  74.5 
 
 		 564 aa  838    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0932  urocanate hydratase  87.39 
 
 		 557 aa  989    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0097  urocanate hydratase  75.86 
 
 		 556 aa  840    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5270  urocanate hydratase  76.91 
 
 		 607 aa  891    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3441  urocanate hydratase  63.54 
 
 		 552 aa  722    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3404  urocanate hydratase  63.54 
 
 		 552 aa  720    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.114749  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3353  urocanate hydratase  63.72 
 
 		 552 aa  723    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0647  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  816    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1334  urocanate hydratase  70.38 
 
 		 554 aa  805    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1330  urocanate hydratase  70.38 
 
 		 554 aa  804    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4828  urocanate hydratase  76.85 
 
 		 565 aa  892    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0896  urocanate hydratase  78.18 
 
 		 557 aa  904    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2715  urocanate hydratase  74.55 
 
 		 566 aa  859    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5636  urocanate hydratase  78.55 
 
 		 559 aa  906    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0076  urocanate hydratase  76.18 
 
 		 563 aa  882    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.64597  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2794  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  817    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0360  urocanate hydratase  77.98 
 
 		 560 aa  893    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2936  urocanase  79.6 
 
 		 908 aa  918    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5480  urocanate hydratase  72.68 
 
 		 562 aa  832    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4138  urocanate hydratase  76.18 
 
 		 568 aa  882    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.13459  normal  0.0575164 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3711  urocanate hydratase  63.54 
 
 		 552 aa  722    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0342728  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1304  urocanate hydratase  76.45 
 
 		 556 aa  840    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.235615  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1822  urocanate hydratase  72.71 
 
 		 562 aa  820    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2086  urocanate hydratase  72.86 
 
 		 562 aa  832    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1042  urocanate hydratase  69.22 
 
 		 579 aa  800    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0991609 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1164  urocanate hydratase  72.28 
 
 		 572 aa  820    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.587396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2945  urocanate hydratase  71.96 
 
 		 562 aa  822    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0083  urocanate hydratase  75.14 
 
 		 564 aa  830    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1930  urocanate hydratase  69.78 
 
 		 572 aa  812    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2854  urocanate hydratase  74 
 
 		 568 aa  856    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5048  urocanate hydratase  76.45 
 
 		 559 aa  882    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1048  urocanate hydratase  59.85 
 
 		 557 aa  660    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.155699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2735  urocanate hydratase  58.82 
 
 		 565 aa  650    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.29023  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3007  urocanate hydratase  84.26 
 
 		 562 aa  969    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.237465 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1691  urocanate hydratase  76.46 
 
 		 553 aa  868    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5907  urocanate hydratase  73.21 
 
 		 562 aa  838    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0583  urocanate hydratase  60.73 
 
 		 554 aa  649    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1021  urocanate hydratase  72.43 
 
 		 566 aa  818    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0150  urocanate hydratase  71.74 
 
 		 577 aa  830    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287406 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1295  urocanate hydratase  77.41 
 
 		 554 aa  883    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0784383  normal  0.0497778 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2983  urocanate hydratase  84.92 
 
 		 562 aa  958    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.41142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0099  urocanate hydratase  75.14 
 
 		 556 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0094  urocanate hydratase  75.32 
 
 		 556 aa  833    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3953  urocanate hydratase  73.87 
 
 		 556 aa  829    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1601  urocanate hydratase  77.27 
 
 		 555 aa  853    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.308587 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2209  urocanate hydratase  72.86 
 
 		 562 aa  831    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67350  urocanate hydratase  78.72 
 
 		 559 aa  905    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2187  urocanate hydratase  73.21 
 
 		 562 aa  838    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2170  urocanate hydratase  73.21 
 
 		 562 aa  838    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.337819  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4838  urocanate hydratase  75.64 
 
 		 556 aa  851    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0100  urocanate hydratase  75.32 
 
 		 556 aa  836    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0715  urocanate hydratase  100 
 
 		 554 aa  1147    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3338  urocanate hydratase  63.62 
 
 		 552 aa  714    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0204874  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4397  urocanate hydratase  58.62 
 
 		 555 aa  636    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.458241  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4169  urocanate hydratase  75.68 
 
 		 562 aa  856    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1030  urocanate hydratase  74.26 
 
 		 559 aa  837    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.235061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2964  urocanate hydratase  69.59 
 
 		 574 aa  801    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0164648  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2364  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  816    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.738454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3646  urocanate hydratase  67.5 
 
 		 573 aa  769    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.455234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2921  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  816    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1580  urocanate hydratase  79.78 
 
 		 560 aa  916    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.21091  normal  0.126486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4252  urocanate hydratase  76.04 
 
 		 555 aa  848    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2665  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  816    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.712116  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5083  urocanate hydratase  77.22 
 
 		 557 aa  894    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.34014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2721  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  817    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1679  urocanate hydratase  72.14 
 
 		 562 aa  816    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3757  urocanate hydratase  76.23 
 
 		 556 aa  857    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0181663 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0102  urocanate hydratase  76.41 
 
 		 555 aa  853    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1812  urocanate hydratase  72.5 
 
 		 562 aa  831    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596639  normal  0.348083 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1263  urocanate hydratase  77.08 
 
 		 561 aa  900    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.776789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0079  urocanate hydratase  76.23 
 
 		 555 aa  849    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4070  urocanate hydratase  78.18 
 
 		 553 aa  902    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0431  urocanate hydratase  77.58 
 
 		 557 aa  897    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.145771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0823  urocanate hydratase  76.06 
 
 		 565 aa  838    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000435883  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1749  urocanate hydratase  76.17 
 
 		 556 aa  850    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.132868  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6450  urocanate hydratase  74.55 
 
 		 556 aa  850    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2356  urocanate hydratase  61.36 
 
 		 553 aa  709    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0874  urocanate hydratase  87.75 
 
 		 557 aa  993    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4630  urocanate hydratase  76.32 
 
 		 555 aa  880    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.324948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4907  urocanate hydratase  77.03 
 
 		 557 aa  893    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.99976  normal  0.401042 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0852  urocanate hydratase  67.91 
 
 		 573 aa  797    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.371029  hitchhiker  0.00893346 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1893  urocanate hydratase  59.6 
 
 		 550 aa  688    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4656  urocanate hydratase  84.86 
 
 		 559 aa  976    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.312199  normal  0.0628347 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2399  urocanate hydratase  61.36 
 
 		 553 aa  709    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3902  urocanate hydratase  77.45 
 
 		 563 aa  900    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.736698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5833  urocanate hydratase  78.53 
 
 		 559 aa  896    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.678329  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0097  urocanate hydratase  76.23 
 
 		 555 aa  851    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1433  urocanate hydratase  86.67 
 
 		 557 aa  983    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2311  urocanate hydratase  61.71 
 
 		 552 aa  708    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.599874  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1651  urocanate hydratase  76.04 
 
 		 559 aa  872    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.506607  normal  0.280381 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4086  urocanate hydratase  76.18 
 
 		 563 aa  882    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1461  urocanate hydratase  60.44 
 
 		 549 aa  658    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.801738  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02073  urocanate hydratase  75.18 
 
 		 565 aa  838    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4447  urocanate hydratase  74.59 
 
 		 556 aa  837    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0805  urocanate hydratase  76.63 
 
 		 593 aa  886    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392094  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>