85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0390 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0390  hypothetical protein  100 
 
 		 121 aa  244  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3981  hypothetical protein  41.32 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0881431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2821  hypothetical protein  38.94 
 
 		 132 aa  96.3  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.641842  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2342  hypothetical protein  39.5 
 
 		 136 aa  90.5  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000430301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2074  hypothetical protein  39.5 
 
 		 136 aa  90.1  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0271122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0418  hypothetical protein  39.5 
 
 		 136 aa  90.1  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2179  hypothetical protein  36.61 
 
 		 143 aa  89.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0449499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3136  hypothetical protein  33.93 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.932871  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4735  hypothetical protein  40.18 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3024  hypothetical protein  42.72 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3581  protein of unknown function DUF983  39.25 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3257  hypothetical protein  39.25 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0865368 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2343  hypothetical protein  37.19 
 
 		 122 aa  77  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.76851  normal  0.642219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0266  protein of unknown function DUF983  35 
 
 		 122 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.550192  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0027  hypothetical protein  35.85 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.431177  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3453  protein of unknown function DUF983  38.32 
 
 		 124 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.412881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3035  hypothetical protein  39.29 
 
 		 143 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0408489  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2417  hypothetical protein  38.05 
 
 		 143 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000693417  normal  0.14669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1169  hypothetical protein  40.91 
 
 		 132 aa  72  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.446143  normal  0.052337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3863  hypothetical protein  38.46 
 
 		 181 aa  70.1  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2237  hypothetical protein  36.61 
 
 		 149 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.483595  normal  0.0351044 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0415  hypothetical protein  40.18 
 
 		 162 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0544  hypothetical protein  33.93 
 
 		 128 aa  69.3  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1352  hypothetical protein  36.61 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.27643  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1714  hypothetical protein  34.82 
 
 		 146 aa  68.6  0.00000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.671018  normal  0.409198 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0930  hypothetical protein  36.8 
 
 		 151 aa  68.2  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.849799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2074  hypothetical protein  38.68 
 
 		 141 aa  67.8  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148673  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3291  hypothetical protein  34.43 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2439  hypothetical protein  36.07 
 
 		 146 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0760053  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2829  hypothetical protein  34.86 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.543485 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3844  protein of unknown function DUF983  36.27 
 
 		 163 aa  66.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0754377 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3673  hypothetical protein  33.66 
 
 		 153 aa  66.6  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1249  protein of unknown function DUF983  36.36 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3573  hypothetical protein  39.25 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.717578 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6977  protein of unknown function DUF983  37.5 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.906063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2484  hypothetical protein  34.26 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159149  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1558  protein of unknown function DUF983  33.05 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.602074  normal  0.0157873 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0606  hypothetical protein  30.69 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0571  hypothetical protein  30.69 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0674  hypothetical protein  36.94 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.722288 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0908  protein of unknown function DUF983  34.96 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0478  cytochrome c oxidase, subunit III  33.03 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.152736  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3537  hypothetical protein  36.28 
 
 		 142 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4739  protein of unknown function DUF983  34.11 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0123069 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1973  hypothetical protein  38.54 
 
 		 139 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0473  hypothetical protein  32.11 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1611  hypothetical protein  47.54 
 
 		 137 aa  62  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.991152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6673  hypothetical protein  37.14 
 
 		 170 aa  62.8  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.975454  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1055  protein of unknown function DUF983  32.77 
 
 		 122 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0431012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1754  hypothetical protein  34.62 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.113582  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0609  protein of unknown function DUF983  31.78 
 
 		 126 aa  61.6  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6945  protein of unknown function DUF983  44.44 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4734  protein of unknown function DUF983  34.55 
 
 		 128 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4222  hypothetical protein  35.58 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.867791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1385  hypothetical protein  30.7 
 
 		 151 aa  60.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497809  normal  0.308816 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4592  protein of unknown function DUF983  35.58 
 
 		 147 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0893278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1293  hypothetical protein  31.58 
 
 		 150 aa  60.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00206734 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4500  hypothetical protein  34.58 
 
 		 125 aa  59.7  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.323308 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2765  hypothetical protein  35.71 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.934534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0587  hypothetical protein  30.61 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.017099  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0724  hypothetical protein  30.97 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.123547 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0159  hypothetical protein  43.33 
 
 		 147 aa  56.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.595754  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4642  hypothetical protein  33.68 
 
 		 128 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242788  normal  0.0997926 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0834  hypothetical protein  46 
 
 		 129 aa  55.1  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7412  protein of unknown function DUF983  42.11 
 
 		 171 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00641789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0905  protein of unknown function DUF983  44.23 
 
 		 131 aa  54.3  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0649  protein of unknown function DUF983  37.88 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.643544  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4793  hypothetical protein  42.31 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0563  hypothetical protein  34.38 
 
 		 147 aa  54.3  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0525  hypothetical protein  28.57 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0767  hypothetical protein  42 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.12977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1046  hypothetical protein  29.25 
 
 		 126 aa  52  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.52629  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0068  hypothetical protein  29.82 
 
 		 116 aa  50.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0478326  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0679  hypothetical protein  37.37 
 
 		 171 aa  50.4  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.130703  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5357  hypothetical protein  39.34 
 
 		 167 aa  50.4  0.000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.831164 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2228  hypothetical protein  28 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519289  normal  0.0128796 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0261  hypothetical protein  40.38 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3457  hypothetical protein  40.38 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.85085  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2338  protein of unknown function DUF983  39.62 
 
 		 145 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.749275  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2658  protein of unknown function DUF983  38.1 
 
 		 165 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2381  hypothetical protein  38.1 
 
 		 165 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1400  hypothetical protein  31.48 
 
 		 131 aa  47  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0820  hypothetical protein  26.61 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.478279 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2682  hypothetical protein  32.48 
 
 		 126 aa  46.2  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4582  hypothetical protein  26.42 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.67774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>