139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0267 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0267  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 317 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.252847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.21 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230692  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2350  hypothetical protein  32.04 
 
 		 280 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0588  hypothetical protein  34.62 
 
 		 188 aa  97.4  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.255449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4844  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.83 
 
 		 266 aa  90.1  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.38175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0199  peptidoglycan binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  0.116846 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1872  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.47 
 
 		 268 aa  84  0.000000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.322765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3855  hypothetical protein  36.7 
 
 		 277 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2969  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.79 
 
 		 274 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6577  hypothetical protein  28.89 
 
 		 404 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2908  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.78 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0270551  normal  0.498444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4510  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.68 
 
 		 398 aa  75.5  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2250  Lytic transglycosylase catalytic  29.35 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0221  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  59.32 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0446157  normal  0.633026 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37540  PG-binding-1 domain-containing protein  31.31 
 
 		 276 aa  73.2  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.111379  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1931  putative phage-related protein (hydrolase)  33.14 
 
 		 268 aa  72.4  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  0.910807 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0578  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.78 
 
 		 283 aa  71.2  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0181563  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1343  hypothetical protein  31.05 
 
 		 250 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5126  peptidoglycan-binding domain 1 protein  56.9 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.283972  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0080  hypothetical protein  30.69 
 
 		 203 aa  66.6  0.0000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.658451  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4256  hypothetical protein  32.8 
 
 		 203 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2464  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  54.39 
 
 		 201 aa  64.3  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000202368  normal  0.0272444 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4565  Transglycosylase domain protein  54.39 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.651995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1197  DNA-directed RNA polymerase beta' chain  28.57 
 
 		 946 aa  62.4  0.000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0957323  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3197  putative phage-related protein (hydrolase)  29.61 
 
 		 267 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000132764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5194  peptidoglycan binding domain-containing protein  54.39 
 
 		 306 aa  62.4  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00951194  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3497  peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.67 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04252  LysM domain protein  33.67 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1726  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  53.85 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0528889  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3347  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.25 
 
 		 629 aa  60.1  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2755  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.19 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4980  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.37 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3571  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  47.69 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3994  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.25 
 
 		 266 aa  58.9  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.552337  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1225  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  52.38 
 
 		 234 aa  58.5  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11630  metalloendopeptidase-like membrane protein  53.97 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09540  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  52.38 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623217  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2151  peptidoglycan binding domain-containing protein  48.44 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0511643  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3619  cell wall hydrolase/autolysin  48.08 
 
 		 313 aa  58.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.802629  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03060  Spore cortex-lytic enzyme SleB  47.69 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2284  peptidoglycan binding domain-containing protein  50.82 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.586079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0730  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.77 
 
 		 1089 aa  56.6  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2152  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  47.62 
 
 		 356 aa  56.2  0.0000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000936807  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0968  stage II sporulation D domain-containing protein  45.76 
 
 		 462 aa  55.8  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00176967  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4755  peptidoglycan binding domain-containing protein  49.15 
 
 		 269 aa  55.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.15503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0945  peptidoglycan-binding domain 1 protein  52.54 
 
 		 260 aa  55.1  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.572838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1842  hypothetical protein  35.23 
 
 		 306 aa  55.1  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.224283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4396  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 313 aa  55.1  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000949071 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1188  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.9 
 
 		 321 aa  54.3  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2934  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.96 
 
 		 391 aa  54.3  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2153  peptidoglycan binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 319 aa  53.9  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000738312  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1970  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  45.71 
 
 		 160 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.607803 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3376  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.95 
 
 		 283 aa  53.1  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.135987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2804  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.25 
 
 		 364 aa  53.1  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0769202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6248  NLP/P60 protein  39.73 
 
 		 285 aa  52.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0809629  normal  0.153407 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26920  putative peptidoglycan-binding domain-containing protein  39 
 
 		 254 aa  52.8  0.000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.158752  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4538  cell wall hydrolase/autolysin  40.51 
 
 		 438 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04480  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  42.25 
 
 		 422 aa  51.2  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.38395  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3695  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  35.71 
 
 		 157 aa  51.6  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4199  SH3, type 3  26.37 
 
 		 459 aa  51.6  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5192  peptidoglycan binding domain-containing protein  50 
 
 		 322 aa  51.2  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000000016794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0085  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.79 
 
 		 143 aa  50.8  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26310  cell wall-associated hydrolase, invasion-associated protein  46.77 
 
 		 372 aa  50.8  0.00003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5193  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  39.71 
 
 		 356 aa  50.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000362844  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1166  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.48 
 
 		 412 aa  50.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.462294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0042  spore cortex-lytic enzyme  44.74 
 
 		 228 aa  50.1  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.415977  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1832  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  29.14 
 
 		 379 aa  50.1  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  44.44 
 
 		 2277 aa  50.1  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3152  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.21 
 
 		 288 aa  49.7  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.396034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.16 
 
 		 327 aa  49.7  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4330  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.06 
 
 		 485 aa  49.3  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2988  peptidoglycan binding domain-containing protein  58.82 
 
 		 249 aa  49.3  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.382188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3182  N-acetylmuramyl-L-alanine amidase, negative regulator of AmpC, AmpD  44.62 
 
 		 375 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209082 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2294  cell wall hydrolase/autolysin  46.15 
 
 		 358 aa  48.5  0.0001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1518  hypothetical protein  40.51 
 
 		 241 aa  48.5  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39690  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  41.18 
 
 		 382 aa  48.9  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.587198 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0528  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.17 
 
 		 334 aa  48.9  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7330  cell wall hydrolase/autolysin  40.24 
 
 		 409 aa  48.9  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.680147  normal  0.468389 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5099  cell wall hydrolase/autolysin  43.08 
 
 		 387 aa  48.5  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000380245 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2188  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  51.92 
 
 		 549 aa  48.5  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05880  cell wall hydrolase SleB  40.54 
 
 		 229 aa  48.9  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.84059e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4581  cell wall hydrolase/autolysin  43.08 
 
 		 392 aa  48.5  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00170729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2457  peptidoglycan binding domain-containing protein  36.26 
 
 		 294 aa  48.1  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.156102  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01179  putative periplasmic protein  62.5 
 
 		 410 aa  48.1  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.383601  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1348  peptidoglycan-binding domain 1 protein  48.44 
 
 		 270 aa  48.1  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00397978 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11020  peptidase M23B  40 
 
 		 324 aa  47.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.185646  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0056  peptidoglycan binding domain-containing protein  39.44 
 
 		 160 aa  47.4  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.136219 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1443  Zinc D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.62 
 
 		 242 aa  47.8  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1654  peptidoglycan binding domain-containing protein  56.76 
 
 		 974 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00486103  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4725  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  42.11 
 
 		 433 aa  47.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18550  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  44.44 
 
 		 225 aa  47.4  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5086  cell wall hydrolase/autolysin  41.94 
 
 		 383 aa  47  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2508  peptidoglycan binding domain-containing protein  61.76 
 
 		 256 aa  47  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0275667  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0096  peptidoglycan binding domain-containing protein  37.86 
 
 		 559 aa  46.6  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0039  spore cortex-lytic enzyme  44.44 
 
 		 242 aa  46.6  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1953  cell wall hydrolase, SleB  38.03 
 
 		 234 aa  46.6  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5403  cell wall hydrolase/autolysin  43.1 
 
 		 383 aa  46.6  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1812  peptidoglycan binding domain-containing protein  41.1 
 
 		 77 aa  46.6  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00132339  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1239  hypothetical protein  29.03 
 
 		 258 aa  46.2  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1959  peptidoglycan binding domain-containing protein  45.45 
 
 		 487 aa  46.2  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315261  normal  0.0108797 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>