More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0178 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0178  ABC transporter related  100 
 
 
249 aa  495  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0735  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52 
 
 
256 aa  248  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4208  ABC transporter related  53.01 
 
 
246 aa  239  2.9999999999999997e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.154178  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5130  ABC transporter related  50.41 
 
 
250 aa  236  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0104997 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2123  ABC transporter-like protein  50.63 
 
 
250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.542398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3640  ABC transporter related  54.22 
 
 
249 aa  232  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0644787 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2234  ABC transporter related  49.58 
 
 
249 aa  232  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.886454  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4001  ABC transporter related  48.77 
 
 
251 aa  228  5e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.172922  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4607  ABC transporter related  49.18 
 
 
251 aa  228  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0859  ABC transporter related  51.63 
 
 
250 aa  225  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.240847  normal  0.207777 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0989  ABC transporter related  47.22 
 
 
251 aa  221  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000217247 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1989  ABC transporter related  46.12 
 
 
249 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.599945  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2457  ABC transporter related  48.03 
 
 
250 aa  219  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4398  ABC transporter related  48.39 
 
 
251 aa  218  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1209  ABC transporter related  50.4 
 
 
250 aa  217  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.714157  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4485  ABC transporter related  45.75 
 
 
264 aa  217  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0791  ABC transporter-related protein  49.59 
 
 
248 aa  216  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.323414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4556  ABC transporter related  44.98 
 
 
250 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1582  ABC transporter related  44.98 
 
 
250 aa  214  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.921002 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5704  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.38 
 
 
248 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3271  ABC transporter related  50.81 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.910977  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2988  ABC transporter related  48.99 
 
 
250 aa  211  9e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  0.759622 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4046  ABC transporter related  46.4 
 
 
251 aa  209  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1619  ABC transporter related  48.77 
 
 
250 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.732087 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1589  ABC transporter related  44.58 
 
 
250 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.536198  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1904  ABC transporter related  48.58 
 
 
254 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.410553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1362  ABC transporter related  46.12 
 
 
251 aa  209  5e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3171  ABC transporter-related protein  50 
 
 
255 aa  208  6e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0188228  normal  0.918751 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3132  ABC transporter related  46.18 
 
 
251 aa  208  8e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4779  branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  45.6 
 
 
250 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00385754  normal  0.485127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2451  ABC transporter related  43.27 
 
 
257 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1332  ABC transporter related  47.58 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.13455  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2273  ABC transporter related  43.37 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.639311  normal  0.805195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2058  ABC transporter related  42.86 
 
 
257 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1229  ABC transporter-related protein  47.15 
 
 
255 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0988028  normal  0.0611511 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0080  ABC transporter related  48.58 
 
 
252 aa  199  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5098  ABC transporter related  47.04 
 
 
254 aa  199  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688998  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0024  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.27 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0027  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  43.27 
 
 
250 aa  199  5e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0211  ABC transporter related  44.86 
 
 
245 aa  198  6e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.781458  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0196  ABC transporter related  43.98 
 
 
251 aa  198  6e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2246  ABC transporter ATP-binding protein  43.43 
 
 
257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.423117  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0662  ABC transporter related  41.87 
 
 
251 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.289976  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1180  ABC transporter related  42.46 
 
 
254 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0656  ABC transporter related  41.46 
 
 
250 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561275  normal  0.139906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0616  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  41.46 
 
 
250 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3086  ABC transporter related  43.6 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.983712  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4659  ABC transporter related  45.68 
 
 
252 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.823141 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1576  ABC transporter related  43.2 
 
 
250 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2769  ABC transporter related  42.34 
 
 
257 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0502459  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4368  ABC transporter related  45.27 
 
 
252 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324003  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3650  ABC transporter-related protein  46.28 
 
 
282 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2028  ABC transporter related  44.31 
 
 
252 aa  193  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.480224  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1978  ABC transporter related  45.78 
 
 
259 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.951957  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1176  ABC transporter related  46.15 
 
 
252 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0084  ABC transporter related  46.37 
 
 
248 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4747  ABC transporter related  44.98 
 
 
253 aa  192  5e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2955  ABC transporter related  42.98 
 
 
251 aa  191  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4009  ABC transporter related  42.74 
 
 
250 aa  189  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.704457  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1285  ABC transporter related  43.32 
 
 
256 aa  189  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.270535  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1447  ABC transporter related  43.32 
 
 
256 aa  189  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0752148  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2953  ABC transporter related  44.96 
 
 
258 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.121974 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3555  ABC transporter related  44.13 
 
 
256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0799958  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3478  ABC transporter related  41.37 
 
 
254 aa  188  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.213105 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4105  ABC transporter related  43.44 
 
 
256 aa  187  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4220  ABC transporter related  41.6 
 
 
254 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0760  ABC transporter related  42.74 
 
 
273 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3166  ABC transporter related  43.43 
 
 
249 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219899  normal  0.262442 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3209  ABC transporter related  38.93 
 
 
253 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.271169  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3186  ABC transporter related  41.37 
 
 
254 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.556382 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4819  ABC transporter related  44.22 
 
 
257 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.427162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2026  ABC transporter related  42.17 
 
 
252 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  43.32 
 
 
632 aa  186  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3304  ABC transporter component  40.74 
 
 
250 aa  185  5e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3804  ABC transporter related  42.86 
 
 
267 aa  185  7e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.162202  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5147  ABC transporter related  41.98 
 
 
253 aa  184  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.428742 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1577  ABC transporter related  38.82 
 
 
249 aa  184  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0223  ABC transporter related  42.63 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3827  ABC transporter related  42.51 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5447  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  42.62 
 
 
247 aa  183  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.726701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4298  ABC transporter related  40.73 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2517  ABC transporter related  41.32 
 
 
256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1672  ABC transporter related  40.74 
 
 
251 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.707432  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0588  ABC transporter related protein  40.86 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  43.72 
 
 
842 aa  182  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  43.62 
 
 
484 aa  182  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2174  ABC transporter related protein  40.32 
 
 
271 aa  182  5.0000000000000004e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1571  ABC transporter related  38.1 
 
 
249 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.98621  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2329  ABC transporter related  39.92 
 
 
251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.170291  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0162  ABC transporter related  41.35 
 
 
261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.543023  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4567  ABC transporter related  38.1 
 
 
249 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.129201  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3911  ABC transporter related  42.28 
 
 
252 aa  181  8.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.651155  normal  0.068215 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0363  ABC transporter related  42.86 
 
 
251 aa  181  8.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1401  ABC transporter related  41.84 
 
 
271 aa  181  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1243  ABC transporter related  42.97 
 
 
260 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3755  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  40.33 
 
 
240 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3715  ABC transporter related  41.7 
 
 
256 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.231207  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4170  ABC transporter related  38.55 
 
 
253 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4998  ABC transporter related  40.74 
 
 
250 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.101708  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4217  ABC transporter related  41.6 
 
 
260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0739843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>