40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0113 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0113  TIR protein  100 
 
 		 299 aa  600  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0221539  hitchhiker  0.00922586 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0263  hypothetical protein  42.42 
 
 		 275 aa  217  2e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.425608  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2310  TIR protein  36.84 
 
 		 293 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000002638 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1263  TIR protein  50.38 
 
 		 255 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0901664  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2269  hypothetical protein  49.3 
 
 		 541 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0213435  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1496  TIR protein  50 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.539335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1472  Toll-interleukin receptor  50 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2265  hypothetical protein  46.67 
 
 		 101 aa  78.2  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.310683  normal  0.0284056 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1061  hypothetical protein  30.15 
 
 		 243 aa  77.8  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.354212  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4885  hypothetical protein  46.67 
 
 		 205 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.935392 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0047  hypothetical protein  28.48 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000487124  normal  0.972099 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0020  hypothetical protein  29.01 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.199965 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2592  hypothetical protein  40 
 
 		 436 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.788234  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5375  hypothetical protein  30.43 
 
 		 233 aa  74.3  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000248774  hitchhiker  0.0000712008 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3704  putative lipoprotein  30.66 
 
 		 233 aa  75.1  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0804  TIR protein  30.6 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.859929  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1430  putative lipoprotein  29.93 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3546  hypothetical protein  30.88 
 
 		 131 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.222814  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3142  hypothetical protein  29.63 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5434  TIR protein  26.52 
 
 		 413 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2917  SEFIR domain protein  43.42 
 
 		 1611 aa  65.1  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.362761  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0971  hypothetical protein  28.15 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0257  hypothetical protein  33.96 
 
 		 404 aa  64.3  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.32081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  32.97 
 
 		 1526 aa  63.9  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3012  hypothetical protein  37.36 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3804  TIR protein  40 
 
 		 374 aa  57.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.213149  normal  0.0124229 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4630  TIR protein  36.17 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.788158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3474  Toll-interleukin receptor  37.23 
 
 		 311 aa  49.3  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.593743  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_011732  PCC7424_5577  hypothetical protein  29.35 
 
 		 265 aa  48.1  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2632  hypothetical protein  35.16 
 
 		 292 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2375  hypothetical protein  36 
 
 		 303 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000173875  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2703  putative signal transduction protein with Nacht domain  32.91 
 
 		 880 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5431  hypothetical protein  36 
 
 		 396 aa  44.7  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3400  putative signal transduction protein with Nacht domain  32.91 
 
 		 880 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0893  pentapeptide repeat-containing protein  28.05 
 
 		 357 aa  44.7  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.417756  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1508  WD-40 repeat protein  25.23 
 
 		 1373 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000517344 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2995  Toll-interleukin receptor  26.79 
 
 		 374 aa  43.9  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.462352 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0269  hypothetical protein  26.6 
 
 		 195 aa  43.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.108769  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0961  WD-40 repeat protein  24.35 
 
 		 1279 aa  43.1  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.919157  normal  0.503746 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0934  WD-40 repeat protein  24.35 
 
 		 1279 aa  42.7  0.008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>