More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3101 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_3101  poly(A) polymerase  100 
 
 		 442 aa  891    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.87683e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1390  poly(A) polymerase  45.04 
 
 		 424 aa  292  8e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3250  polyA polymerase  41.15 
 
 		 455 aa  279  7e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0292  poly(A) polymerase  39.33 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3182  Poly(A) polymerase, PcnB  40.92 
 
 		 457 aa  272  9e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.117248 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1618  poly(A) polymerase  39.73 
 
 		 455 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000408315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0151  poly(A) polymerase  38.43 
 
 		 481 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000345097  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  43 
 
 		 465 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0135  poly(A) polymerase  37.77 
 
 		 482 aa  259  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  39.24 
 
 		 496 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  39.8 
 
 		 505 aa  258  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  39.72 
 
 		 480 aa  257  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  53.09 
 
 		 461 aa  256  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  36.66 
 
 		 513 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  39.19 
 
 		 482 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  37.22 
 
 		 513 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  38.24 
 
 		 437 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  37.99 
 
 		 454 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  37.22 
 
 		 513 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  37.99 
 
 		 437 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  37.99 
 
 		 437 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  38.73 
 
 		 437 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  47 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  37.99 
 
 		 437 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  39.9 
 
 		 449 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  35.82 
 
 		 459 aa  251  2e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  47 
 
 		 394 aa  250  3e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  38.69 
 
 		 491 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  38.69 
 
 		 491 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  39.75 
 
 		 438 aa  249  5e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  38.66 
 
 		 421 aa  249  6e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  38.69 
 
 		 440 aa  249  8e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  39.28 
 
 		 482 aa  249  8e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  45.17 
 
 		 479 aa  248  1e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  38.94 
 
 		 438 aa  247  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  37.24 
 
 		 450 aa  247  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  36.79 
 
 		 453 aa  247  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  35.9 
 
 		 494 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.97 
 
 		 462 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  35.02 
 
 		 441 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  38.54 
 
 		 435 aa  244  3e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  38.54 
 
 		 435 aa  244  3e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  36.53 
 
 		 465 aa  243  5e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  36.53 
 
 		 465 aa  243  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  38.29 
 
 		 435 aa  243  5e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  37.65 
 
 		 454 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  37.65 
 
 		 454 aa  242  9e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  37.65 
 
 		 454 aa  242  9e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  50.62 
 
 		 455 aa  242  9e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  37.65 
 
 		 454 aa  242  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  37.65 
 
 		 454 aa  242  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  37.65 
 
 		 454 aa  242  1e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  37.65 
 
 		 454 aa  242  1e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  36.41 
 
 		 457 aa  240  5e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  35.9 
 
 		 484 aa  238  1e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  38.32 
 
 		 434 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  36.36 
 
 		 449 aa  238  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  47.57 
 
 		 473 aa  238  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  44.33 
 
 		 455 aa  237  3e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  45.48 
 
 		 477 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  45.48 
 
 		 497 aa  235  1.0000000000000001e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  48.5 
 
 		 461 aa  234  3e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  41.46 
 
 		 423 aa  228  1e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0279  hypothetical protein  46.04 
 
 		 549 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0301  poly(A) polymerase  46.04 
 
 		 556 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0290  poly(A) polymerase  46.04 
 
 		 556 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  34.87 
 
 		 423 aa  226  4e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  47.21 
 
 		 401 aa  224  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0303  poly(A) polymerase  45.52 
 
 		 548 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.203958  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  39.07 
 
 		 474 aa  223  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6049  poly(A) polymerase  53.52 
 
 		 495 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.694866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0390  poly(A) polymerase  47.83 
 
 		 439 aa  217  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0179793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1795  poly(A) polymerase  47.83 
 
 		 439 aa  214  1.9999999999999998e-54  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.649421  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  35.49 
 
 		 484 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  33.71 
 
 		 467 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  32.7 
 
 		 491 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  44.44 
 
 		 439 aa  213  7e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  39.67 
 
 		 411 aa  212  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  41.45 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  34.18 
 
 		 460 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  34.18 
 
 		 460 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  33.72 
 
 		 462 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1131  poly(A) polymerase  39.38 
 
 		 453 aa  207  4e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  33.56 
 
 		 462 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_002620  TC0691  poly(A) polymerase family protein  35.16 
 
 		 425 aa  204  2e-51  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  51.96 
 
 		 424 aa  203  5e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  31.29 
 
 		 457 aa  202  7e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  39.58 
 
 		 443 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  35.1 
 
 		 463 aa  199  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  35.4 
 
 		 471 aa  199  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1480  poly(A) polymerase  37.26 
 
 		 466 aa  199  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.976033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  35.41 
 
 		 463 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  32.88 
 
 		 466 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1314  polyA polymerase  34.84 
 
 		 514 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.283102  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  37.75 
 
 		 520 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  37.92 
 
 		 529 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  37.3 
 
 		 514 aa  193  5e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  34.75 
 
 		 515 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  34.75 
 
 		 515 aa  193  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  34.75 
 
 		 515 aa  193  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>