56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_3078 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_3078  hypothetical protein  100 
 
 
406 aa  810    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0474  hypothetical protein  32.89 
 
 
150 aa  67  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.647005  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1175  RDD domain-containing protein  36.84 
 
 
166 aa  65.1  0.000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1145  hypothetical protein  36.84 
 
 
166 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1388  hypothetical protein  32.24 
 
 
150 aa  62.8  0.00000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1267  hypothetical protein  31.58 
 
 
150 aa  62  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1364  hypothetical protein  35.53 
 
 
166 aa  58.5  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.356558  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4623  RDD domain-containing protein  33.1 
 
 
169 aa  56.6  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.846019 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4266  RDD domain-containing protein  29.29 
 
 
274 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000560964  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0628  hypothetical protein  32.47 
 
 
154 aa  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0572979  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0755  RDD  29.33 
 
 
340 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.581888  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0444  hypothetical protein  51.28 
 
 
240 aa  51.2  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4051  RDD domain containing protein  31.33 
 
 
288 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3447  RDD domain-containing protein  27.44 
 
 
254 aa  51.2  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.492648 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3388  hypothetical protein  51.35 
 
 
258 aa  50.8  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.218745  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0678  RDD domain-containing protein  37.21 
 
 
157 aa  50.8  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.416032  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0505  conserved hypothetical protein, RDD family  29.81 
 
 
152 aa  50.8  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1596  RDD domain-containing protein  27.74 
 
 
258 aa  50.4  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0539  RDD domain containing protein  30.28 
 
 
163 aa  50.4  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0129887  normal  0.865312 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4021  RDD  30.18 
 
 
241 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897049  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0989  RDD domain-containing protein  39.13 
 
 
162 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00320129  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14520  hypothetical protein  39.29 
 
 
165 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0984  RDD domain containing protein  39.13 
 
 
162 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1021  RDD domain-containing protein  39.13 
 
 
162 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579963  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3524  RDD domain-containing protein  37.66 
 
 
165 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.352555 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4288  hypothetical protein  42.31 
 
 
255 aa  49.7  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.217758  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1054  RDD  38.89 
 
 
138 aa  48.9  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4234  RDD domain-containing protein  36.84 
 
 
162 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0712  RDD domain-containing protein  30.93 
 
 
634 aa  48.5  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1285  hypothetical protein  39.29 
 
 
165 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2503  hypothetical protein  36.9 
 
 
264 aa  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1908  hypothetical protein  33.33 
 
 
154 aa  47  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3316  RDD domain-containing protein  28.07 
 
 
241 aa  47  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2416  hypothetical protein  30.68 
 
 
270 aa  47  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4809  RDD  29.68 
 
 
261 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000284972  normal  0.915687 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2961  hypothetical protein  54.55 
 
 
205 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000138723  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1499  RDD domain containing protein  32.56 
 
 
174 aa  46.2  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.127102 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7601  RDD domain containing protein  30.53 
 
 
327 aa  45.1  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.202371  normal  0.206509 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0409  RDD  27.46 
 
 
231 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5849  RDD domain-containing protein  26.53 
 
 
316 aa  45.1  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.273522 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0891  RDD domain-containing protein  26.35 
 
 
152 aa  45.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.98299 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0950  RDD protein  27.89 
 
 
150 aa  44.7  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0216  hypothetical protein  48.48 
 
 
213 aa  45.1  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.263297 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5459  RDD domain-containing protein  34.41 
 
 
293 aa  44.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.564644 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1333  RDD domain-containing protein  28.19 
 
 
280 aa  44.7  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.391018 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3579  RDD domain containing protein  31.71 
 
 
265 aa  44.7  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000310569 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4317  hypothetical protein  28.12 
 
 
235 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1422  RDD domain-containing protein  25.52 
 
 
257 aa  44.3  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176176  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0399  RDD domain-containing protein  31.58 
 
 
278 aa  44.3  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0177068 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  34.12 
 
 
310 aa  43.9  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38330  hypothetical protein  29.03 
 
 
242 aa  43.9  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0355  hypothetical protein  31.46 
 
 
198 aa  43.9  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0994  hypothetical protein  38.1 
 
 
185 aa  43.9  0.006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.709063  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2772  RDD domain containing protein  32.56 
 
 
184 aa  43.5  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.091609  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3024  branched-chain amino acid aminotransferase I  28.14 
 
 
167 aa  43.5  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3834  RDD domain containing protein  29.66 
 
 
272 aa  43.5  0.008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0228507 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>