More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1404 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1404  radical SAM protein, putative histone acetyltransferase  100 
 
 
345 aa  704    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000266579  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0930  radical SAM family protein  38.87 
 
 
338 aa  250  3e-65  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000118017  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0774  ELP3 component of the RNA polymerase II complex  41.88 
 
 
362 aa  246  4.9999999999999997e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000160735  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1061  Radical SAM domain protein  43.55 
 
 
343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.8315700000000001e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3202  Radical SAM domain protein  41.98 
 
 
342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00235958  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2227  radical SAM domain-containing protein  43.93 
 
 
342 aa  241  1e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.775407  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3151  radical SAM domain-containing protein  41.54 
 
 
351 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0207208  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2316  radical SAM family protein  46.3 
 
 
346 aa  239  5e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1719  radical SAM domain-containing protein  36.74 
 
 
354 aa  230  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.219309  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0688  Radical SAM domain protein  38.66 
 
 
336 aa  223  3e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1501  radical SAM domain-containing protein  40.75 
 
 
341 aa  219  5e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.166226  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1944  Radical SAM domain protein  38.81 
 
 
374 aa  219  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0450295  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1160  Radical SAM domain protein  35.9 
 
 
341 aa  211  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.276403  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1777  radical SAM domain-containing protein  41.16 
 
 
352 aa  209  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.112435  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0660  Radical SAM domain protein  36.05 
 
 
359 aa  204  1e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.142353  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0875  radical SAM domain-containing protein  39.44 
 
 
359 aa  204  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1689  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 
357 aa  202  6e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0776794  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1971  radical SAM domain-containing protein  32.6 
 
 
357 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.144867  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1713  radical SAM domain-containing protein  36.26 
 
 
317 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1640  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 
317 aa  179  9e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0787  radical SAM domain-containing protein  33.94 
 
 
317 aa  172  9e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1179  radical SAM domain-containing protein  33.46 
 
 
314 aa  171  2e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2238  Radical SAM domain protein  34.64 
 
 
354 aa  170  4e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2966  Radical SAM domain protein  34.19 
 
 
344 aa  158  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0294152  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1562  Radical SAM domain protein  36.27 
 
 
401 aa  155  9e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0515  Elongator protein 3/MiaB/NifB  37.05 
 
 
309 aa  143  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.84475  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0182  Radical SAM domain protein  32.42 
 
 
401 aa  142  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.534223  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2540  radical SAM domain-containing protein  37.91 
 
 
340 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.093156 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2046  ELP3 family histone acetyltransferase  36.51 
 
 
530 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1085  histone acetyltransferase, ELP3 family  42.66 
 
 
514 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.707697  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1480  histone acetyltransferase, ELP3 family  36.84 
 
 
585 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.761791  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1093  ELP3 family histone acetyltransferase  33.33 
 
 
541 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.108771  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0824  ELP3 family histone acetyltransferase  33.33 
 
 
541 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.318054  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1832  ELP3 family histone acetyltransferase  32.79 
 
 
541 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0898  ELP3 family histone acetyltransferase  36.27 
 
 
512 aa  108  1e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.589047  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0872  histone acetyltransferase, ELP3 family  33.33 
 
 
556 aa  108  1e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1989  ELP3 family histone acetyltransferase  41.13 
 
 
548 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0889  ELP3 family histone acetyltransferase  36.96 
 
 
541 aa  107  4e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1133  ELP3 family histone acetyltransferase  33.68 
 
 
522 aa  105  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0279  ELP3 family histone acetyltransferase  36.23 
 
 
563 aa  103  3e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2706  histone acetyltransferase, ELP3 family  32.39 
 
 
553 aa  102  8e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2930  histone acetyltransferase, ELP3 family  35.05 
 
 
554 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.281817  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1956  ELP3 family histone acetyltransferase  34.2 
 
 
526 aa  100  5e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.724461 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2192  histone acetyltransferase, ELP3 family  37.18 
 
 
576 aa  99.8  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0579  ELP3 family histone acetyltransferase  23.28 
 
 
527 aa  98.6  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1318  ELP3 family histone acetyltransferase  30.04 
 
 
510 aa  96.7  5e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.340377 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1304  hypothetical protein  34.03 
 
 
520 aa  95.9  1e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1755  ELP3 family histone acetyltransferase  39.57 
 
 
547 aa  95.1  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.668163  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0952  histone acetyltransferase, ELP3 family  33.16 
 
 
526 aa  94.4  3e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0088  radical SAM domain-containing protein  34.38 
 
 
477 aa  94  4e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0202426 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0586  ELP3 family histone acetyltransferase  40 
 
 
459 aa  90.5  4e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000912711  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_551  radical SAM superfamily  33.16 
 
 
459 aa  90.5  4e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0398241  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0612  ELP3 family histone acetyltransferase  37.32 
 
 
459 aa  89.7  6e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125099  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1167  radical SAM domain-containing protein  32.85 
 
 
469 aa  88.6  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.413437  normal  0.627812 
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_27329  predicted protein  31.38 
 
 
555 aa  87.4  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.072078  hitchhiker  0.00552121 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0122  radical SAM domain-containing protein  31.7 
 
 
483 aa  87  4e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1460  histone acetyltransferase, ELP3 family  32.72 
 
 
473 aa  86.7  5e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02294  histone acetyltransferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G06140)  33.56 
 
 
574 aa  85.5  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_50848  predicted protein  28.19 
 
 
544 aa  85.5  0.000000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.104715  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00950  Pol II transcription elongation factor, putative  33.58 
 
 
557 aa  82.4  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.110026  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42410  predicted protein  32.85 
 
 
558 aa  82  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11040  histone acetyltransferase  23.62 
 
 
666 aa  79.3  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.142131  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1033  putative radical SAM protein  35.17 
 
 
330 aa  76.3  0.0000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.247016  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3411  coproporphyrinogen III oxidase  32.34 
 
 
401 aa  75.5  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08040  histone acetyltransferase  27.03 
 
 
598 aa  75.1  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.584733  hitchhiker  0.0000000843356 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2239  coproporphyrinogen III oxidase  36.81 
 
 
409 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167009  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2215  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.19 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.892548  normal  0.0148235 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2187  hypothetical protein  30.95 
 
 
316 aa  72.8  0.000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  unclonable  0.000000345504 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1976  coproporphyrinogen III oxidase  30.39 
 
 
409 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000234846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  32.28 
 
 
379 aa  71.6  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1516  coproporphyrinogen III oxidase  28.22 
 
 
405 aa  72  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.493092  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0825  coproporphyrinogen III oxidase  29.95 
 
 
376 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330416  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  29.95 
 
 
376 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0143  coproporphyrinogen III oxidase  29.95 
 
 
376 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000483536 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17330  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  28.51 
 
 
389 aa  70.1  0.00000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.395345  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0760  putative radical SAM protein  28.36 
 
 
304 aa  69.7  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.992819  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2199  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.9 
 
 
448 aa  69.3  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.186673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  29.38 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2936  hypothetical protein  25.24 
 
 
319 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971153  hitchhiker  0.00000000000000717489 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.69 
 
 
389 aa  67.8  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  30.69 
 
 
378 aa  67.8  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0906  Histone acetyltransferase  25.87 
 
 
617 aa  67.4  0.0000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.301086  normal  0.526584 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1179  radical SAM family protein  25.55 
 
 
332 aa  67  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.808864  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5458  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.22 
 
 
406 aa  67  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0739  radical SAM family protein  25.76 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.974352  normal  0.805342 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  28.87 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  28.87 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  28.87 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.87 
 
 
378 aa  66.2  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  30.16 
 
 
379 aa  66.2  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0030  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  27.18 
 
 
385 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.949331  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1177  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  21.28 
 
 
372 aa  64.7  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1137  putative radical SAM protein  25.23 
 
 
309 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00496914  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  30.16 
 
 
380 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0804  putative radical SAM protein  23.26 
 
 
334 aa  64.7  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.768446  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1179  putative radical SAM protein  25.69 
 
 
309 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0082  radical SAM family protein  25.55 
 
 
332 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1151  coproporphyrinogen III oxidase  26.83 
 
 
374 aa  63.9  0.000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  28.87 
 
 
378 aa  63.9  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1223  putative radical SAM protein  25.69 
 
 
309 aa  63.9  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.784754  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>