47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_R0020 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 
94 bp  186  6e-46  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    decreased coverage  0.0000000277692 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0021  tRNA-Ala  95.74 
 
 
94 bp  155  2e-36  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0025  tRNA-OTHER  84.26 
 
 
108 bp  97.6  5e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0029  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  89.7  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.320757 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0015  tRNA-OTHER  97.78 
 
 
81 bp  81.8  0.00000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.321152 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0033  tRNA-OTHER  95.56 
 
 
109 bp  73.8  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0031  tRNA-Gly  100 
 
 
92 bp  73.8  0.000000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0014  tRNA-OTHER  95.56 
 
 
80 bp  73.8  0.000000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000007  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.123591 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0032  tRNA-Gly  93.33 
 
 
76 bp  65.9  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.998395  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0006  tRNA-Gly  97.3 
 
 
92 bp  65.9  0.000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.138313  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_R0025  tRNA-Gly  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  50.1  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0464601  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  50.1  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.805604 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  50.1  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  48.1  0.0004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.759432  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0036  tRNA-Ala  100 
 
 
75 bp  48.1  0.0004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0015  tRNA-Ala  100 
 
 
75 bp  48.1  0.0004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.794494  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0025  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  48.1  0.0004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.65986  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0042  tRNA-OTHER  100 
 
 
96 bp  48.1  0.0004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0022  tRNA-Ala  100 
 
 
72 bp  48.1  0.0004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0112576 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0042  tRNA-OTHER  96.3 
 
 
95 bp  46.1  0.001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.412957 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 
94 bp  46.1  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_R0008  tRNA-Gly  89.47 
 
 
78 bp  44.1  0.006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.0000049005  hitchhiker  0.000183919 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0033  tRNA-Gly  96.15 
 
 
71 bp  44.1  0.006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0039  tRNA-Thr  100 
 
 
92 bp  44.1  0.006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0474661 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0003  tRNA-Gly  96.15 
 
 
72 bp  44.1  0.006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0439445  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 
104 bp  44.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.892515  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0023  tRNA-OTHER  100 
 
 
109 bp  44.1  0.006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0777816  normal  0.377314 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_R0019  tRNA-OTHER  96.15 
 
 
95 bp  44.1  0.006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.661812  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 
101 bp  44.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.35465  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  TNEU_1  tRNA-OTHER  100 
 
 
108 bp  44.1  0.006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.329666  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0044  tRNA-Thr  100 
 
 
93 bp  44.1  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  44.1  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.266869  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  44.1  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_R0012  tRNA-Asp  100 
 
 
112 bp  44.1  0.006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0044  tRNA-OTHER  100 
 
 
109 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.335529  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0039  tRNA-OTHER  100 
 
 
95 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0020  tRNA-Leu  100 
 
 
98 bp  44.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.06804  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0023  tRNA-Leu  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0032  tRNA-Leu  96.15 
 
 
88 bp  44.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_R0036  tRNA-OTHER  100 
 
 
108 bp  44.1  0.006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 
74 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.10375  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_R0027  tRNA-OTHER  100 
 
 
109 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 
93 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0003  tRNA-OTHER  96.15 
 
 
112 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_R0002  tRNA-OTHER  100 
 
 
113 bp  44.1  0.006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>