More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0115 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0115  alpha-L-glutamate ligase  100 
 
 
264 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.353458 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0136  alpha-L-glutamate ligase  72.35 
 
 
265 aa  394  1e-108  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0680474 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1185  alpha-L-glutamate ligase  69.7 
 
 
265 aa  390  1e-107  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0145  alpha-L-glutamate ligase  68.56 
 
 
264 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.563722  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1297  alpha-L-glutamate ligase  45.86 
 
 
266 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.276689 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0291  lysine biosynthesis enzyme LysX  41.82 
 
 
302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.42871  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1291  lysine biosynthesis enzyme LysX  42.55 
 
 
282 aa  192  6e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0259  lysine biosynthesis enzyme LysX  41.82 
 
 
283 aa  186  3e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.661273 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1379  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  43.75 
 
 
267 aa  180  2e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.595719 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1298  lysine biosynthesis enzyme LysX  39.48 
 
 
271 aa  168  7e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.18194  normal  0.20368 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1137  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.56 
 
 
283 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0237722  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1991  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  33.8 
 
 
281 aa  139  6e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.317152  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1704  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.31 
 
 
282 aa  137  2e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3971  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0318  lysine biosynthesis enzyme LysX  35.98 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0168  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  29.68 
 
 
283 aa  122  4e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0000000151287  normal  0.111818 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0444  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.73 
 
 
272 aa  123  4e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0001654  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3597  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.67 
 
 
283 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.109467 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2724  lysine biosynthesis enzyme LysX  34.07 
 
 
281 aa  118  9e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.772565  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3306  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.77 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1295  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.19 
 
 
280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00562119 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3469  lysine biosynthesis enzyme LysX  29.82 
 
 
285 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.072295 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0438  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.91 
 
 
281 aa  106  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00025755 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0316  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.06 
 
 
282 aa  106  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1288  lysine biosynthesis enzyme LysX  31.75 
 
 
285 aa  105  6e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0210035 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1059  lysine biosynthesis enzyme LysX  30.08 
 
 
282 aa  105  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.411939  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0136  alpha-L-glutamate ligase  32.09 
 
 
265 aa  104  2e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0877646  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3160  ribosomal protein S6 modification protein  35.56 
 
 
301 aa  102  8e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2364  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  37.63 
 
 
267 aa  99.4  6e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2302  alpha-L-glutamate ligase  32.38 
 
 
292 aa  98.6  8e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0136928 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1944  alpha-L-glutamate ligase  33.5 
 
 
292 aa  97.4  2e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.123222  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2585  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  35.68 
 
 
324 aa  97.1  3e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0721  alpha-L-glutamate ligase  29.96 
 
 
292 aa  97.1  3e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.609176 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1118  alpha-L-glutamate ligase  34.85 
 
 
292 aa  96.3  5e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.36995  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0546  alpha-L-glutamate ligase  32.78 
 
 
301 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3484  alpha-L-glutamate ligase  32.78 
 
 
301 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0546  ribosomal protein S6 modification protein  32.37 
 
 
301 aa  94.7  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2074  alpha-L-glutamate ligase  32.69 
 
 
292 aa  95.1  1e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2754  alpha-L-glutamate ligase  31.56 
 
 
299 aa  94.7  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0894554  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0655  SSU ribosomal protein S6P modification protein  32.86 
 
 
299 aa  94  2e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.922088  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0012  alpha-L-glutamate ligase  34.27 
 
 
329 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1690  ribosomal protein S6 modification protein  33.03 
 
 
303 aa  93.6  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2289  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.73 
 
 
300 aa  93.2  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3966  alpha-L-glutamate ligase  30.04 
 
 
456 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000098482  normal  0.0844879 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1791  ribosomal protein S6 modification protein  33.33 
 
 
301 aa  92.8  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0545  alpha-L-glutamate ligase  31.95 
 
 
301 aa  92.8  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0386  ribosomal protein S6 modification protein  33.33 
 
 
301 aa  92.8  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.786331  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4122  alpha-L-glutamate ligase  28.83 
 
 
459 aa  92.4  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000650409  hitchhiker  0.00401578 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1151  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.38 
 
 
292 aa  92.4  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.492268  normal  0.326079 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3763  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.95 
 
 
301 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.86581 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3819  alpha-L-glutamate ligase  31.95 
 
 
301 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0505  alpha-L-glutamate ligase  31.95 
 
 
301 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3945  alpha-L-glutamate ligase  31.95 
 
 
301 aa  92  8e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0924  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3327  alpha-L-glutamate ligase  31.54 
 
 
301 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00857  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2790  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.01 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00863  hypothetical protein  33.01 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2744  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.155924 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0955  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1956  ribosomal protein S6 modification protein  32.57 
 
 
303 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52107  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1999  ribosomal protein S6 modification protein, putative  29.47 
 
 
309 aa  90.9  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000304708  normal  0.227031 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2480  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  90.9  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1006  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.195269 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1808  L-2-aminoadipate N-acetyltransferase  31.41 
 
 
269 aa  90.5  2e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0879  ribosomal protein S6 modification protein  33.01 
 
 
300 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.734196  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2266  SSU ribosomal protein S6P modification protein  31.6 
 
 
305 aa  90.5  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.484979  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1070  alpha-L-glutamate ligase  30.37 
 
 
269 aa  89  8e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.642798  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2418  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  28.98 
 
 
298 aa  89  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0449  S6 modification enzyme RimK  33.49 
 
 
301 aa  88.2  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2616  lysine biosynthesis enzyme LysX  33.19 
 
 
294 aa  88.2  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05140  ribosomal protein S6 modification enzyme RimK  34.15 
 
 
301 aa  87.8  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1366  ribosomal protein S6 modification protein  32.06 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0912  ribosomal protein S6 modification protein  32.52 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1009  ribosomal protein S6 modification protein  32.52 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0363  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.97 
 
 
301 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6087  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.17 
 
 
302 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2640  S6 modification enzyme RimK  33.66 
 
 
301 aa  87.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.363149  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0980  ribosomal protein S6 modification protein  32.52 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0524519  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1212  alpha-L-glutamate ligases, RimK family protein  32.72 
 
 
301 aa  87  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0387338  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2098  SSU ribosomal protein S6P modification protein  33.33 
 
 
301 aa  87  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.247188  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0948  ribosomal protein S6 modification protein  32.52 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1028  ribosomal protein S6 modification protein  32.52 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.275544  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0011  SSU ribosomal protein S6P modification protein  37.36 
 
 
327 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.991277  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1105  S6 modification enzyme RimK  33.83 
 
 
262 aa  87  3e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.352091  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.27 
 
 
327 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3184  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.92 
 
 
292 aa  87  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2353  alpha-L-glutamate ligase  35.24 
 
 
301 aa  87  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000863949  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1761  lysine biosynthesis enzyme LysX  32.44 
 
 
296 aa  86.7  4e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0011  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  38.27 
 
 
327 aa  86.7  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.532418  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1766  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  31.55 
 
 
301 aa  86.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.918853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5941  ribosomal protein S6 modification protein  33.66 
 
 
301 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0709  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  34.72 
 
 
279 aa  85.5  7e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68660  ribosomal protein S6 modification protein  33.66 
 
 
301 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1276  SSU ribosomal protein S6P modification protein  26.71 
 
 
310 aa  85.5  8e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1549  S6 modification enzyme RimK  31.4 
 
 
301 aa  84.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2388  alpha-L-glutamate ligase, RimK family  33.01 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2398  S6 modification enzyme RimK  31.14 
 
 
307 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1299  ribosomal protein S6 modification protein  31.65 
 
 
301 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.186898  normal  0.0117357 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0481  hypothetical protein  29.77 
 
 
302 aa  84.3  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2039  SSU ribosomal protein S6P modification protein  30.21 
 
 
299 aa  84.3  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.014544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>