80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0085 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_0085  hypothetical protein  100 
 
 
381 aa  753    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1169  SufBD protein  65.37 
 
 
370 aa  461  1e-129  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.038096  normal  0.786569 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0132  SufBD protein  65.17 
 
 
369 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0125  hypothetical protein  66.01 
 
 
372 aa  449  1e-125  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0190029  hitchhiker  0.00579103 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1839  SufBD protein  31.3 
 
 
375 aa  170  3e-41  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1656  SufBD protein  25.41 
 
 
378 aa  88.6  2e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1907  FeS assembly protein SufD  21.59 
 
 
384 aa  76.3  0.0000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1207  SufBD protein  23.42 
 
 
364 aa  58.5  0.0000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.124978  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5986  FeS assembly protein SufD  42.86 
 
 
372 aa  56.6  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.207884  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_002620  TC0056  cysteine desulfurase activator complex subunit SufB  28.89 
 
 
483 aa  52.8  0.000009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3676  FeS assembly protein SufD  37.5 
 
 
399 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2734  FeS assembly protein SufD  37.5 
 
 
399 aa  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.349775  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2264  FeS assembly protein SufD  41.07 
 
 
407 aa  51.6  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.125188 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  28.85 
 
 
437 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2437  FeS assembly protein SufD  35.94 
 
 
396 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2473  FeS assembly protein SufD  35.94 
 
 
397 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164077  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2508  FeS assembly protein SufD  31.88 
 
 
392 aa  50.8  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.62478  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2482  FeS assembly protein SufD  35.94 
 
 
396 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2551  FeS assembly protein SufD  32.31 
 
 
401 aa  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1973  hypothetical protein  28.57 
 
 
418 aa  50.1  0.00007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5153  FeS assembly protein SufD  35.38 
 
 
390 aa  49.7  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  28.19 
 
 
422 aa  49.3  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1136  FeS assembly protein SufD  35.53 
 
 
407 aa  48.9  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0309349 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1141  FeS assembly protein SufD  33.82 
 
 
407 aa  48.9  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.303866  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2225  FeS assembly protein SufD  36.51 
 
 
373 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000426532  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3309  FeS assembly protein SufD  35.29 
 
 
398 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000689429 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2916  FeS assembly protein SufD  36.36 
 
 
410 aa  49.3  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11490  hypothetical protein  35.94 
 
 
397 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.106141  normal  0.412126 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2443  FeS assembly protein SufD  33.85 
 
 
389 aa  48.9  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.83747  normal  0.102174 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1672  FeS assembly protein SufD  26.32 
 
 
434 aa  48.5  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286601  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14630  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  35.29 
 
 
440 aa  48.1  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.981866  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2384  FeS assembly protein SufD  35.38 
 
 
393 aa  48.9  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.426973  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  28.47 
 
 
437 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2104  FeS assembly protein SufD  31.07 
 
 
416 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3082  FeS assembly protein SufD  35.29 
 
 
398 aa  48.5  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0565637  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0305  FeS assembly protein SufD  26.21 
 
 
405 aa  47.8  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0845651 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0219  hypothetical protein  28.57 
 
 
420 aa  47.8  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  24.69 
 
 
467 aa  47.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  23.33 
 
 
423 aa  47.8  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0709  FeS assembly protein SufD  26.21 
 
 
405 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2037  Fe-S cluster assembly ABC-type transport system, permease component  26.09 
 
 
394 aa  47.8  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16140  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  34.38 
 
 
389 aa  47.4  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1971  FeS assembly protein SufD  34.09 
 
 
372 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.388896 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2277  FeS assembly protein SufD  37.5 
 
 
405 aa  47  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000190634  normal  0.0281523 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  27.52 
 
 
422 aa  47  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21940  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  29.21 
 
 
417 aa  47  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0336  SufBD protein  23.18 
 
 
441 aa  47  0.0005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  25.71 
 
 
448 aa  47  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1639  FeS assembly protein SufB  25.37 
 
 
470 aa  46.6  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.280246  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0605  Fe-S cluster assembly ABC transporter permease  23.83 
 
 
411 aa  46.6  0.0008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0238111  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13350  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  26.33 
 
 
429 aa  46.6  0.0008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2065  FeS assembly protein SufD  32.47 
 
 
440 aa  46.2  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2339  FeS assembly protein SufD  32.81 
 
 
399 aa  45.8  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.187608 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1846  FeS assembly protein SufD  30.1 
 
 
413 aa  45.8  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000255437 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  23.33 
 
 
423 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0497  FeS assembly protein SufD  24.66 
 
 
435 aa  45.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1661  FeS assembly protein SufD  39.29 
 
 
419 aa  45.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.249285  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  23.33 
 
 
423 aa  45.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11500  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  28.57 
 
 
412 aa  45.4  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165027  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  25.17 
 
 
448 aa  45.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  25.17 
 
 
448 aa  45.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0951  SufBD protein  30.35 
 
 
398 aa  45.1  0.002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.0000136681  hitchhiker  0.000156509 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  22.05 
 
 
423 aa  45.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2922  FeS assembly protein SufD  23.53 
 
 
437 aa  44.7  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1358  FeS assembly protein SufD  30.88 
 
 
398 aa  44.3  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00821  cysteine desulfurase activator complex subunit SufB  23.88 
 
 
480 aa  44.3  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.795563  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0384  FeS assembly protein SufD  28.57 
 
 
415 aa  44.7  0.003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  23.65 
 
 
445 aa  43.9  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2086  FeS assembly protein SufD  31.46 
 
 
381 aa  43.9  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.826381 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2962  FeS assembly protein SufD  33.75 
 
 
386 aa  43.9  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2331  FeS assembly protein SufB  20.42 
 
 
467 aa  43.9  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.291789  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  29.2 
 
 
420 aa  43.5  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0860  FeS assembly protein SufD  22.68 
 
 
435 aa  43.1  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0844  FeS assembly protein SufD  22.68 
 
 
435 aa  43.1  0.009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>