117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4075 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4075  hypothetical protein  100 
 
 
232 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00204  uncharacterized conserved protein, YigA-like protein  56.54 
 
 
231 aa  264  8.999999999999999e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3581  hypothetical protein  39.9 
 
 
211 aa  145  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.239769  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0446  hypothetical protein  39.5 
 
 
246 aa  143  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0078  hypothetical protein  39.07 
 
 
230 aa  140  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3994  hypothetical protein  38.38 
 
 
209 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.865142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3895  protein of unknown function DUF484  38.38 
 
 
204 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3972  hypothetical protein  38.38 
 
 
209 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4088  hypothetical protein  38.38 
 
 
209 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0432871 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4307  hypothetical protein  37.37 
 
 
206 aa  137  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0393  hypothetical protein  36.36 
 
 
211 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3632  hypothetical protein  38.38 
 
 
211 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0392  hypothetical protein  38.38 
 
 
211 aa  136  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.401343 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0392  hypothetical protein  37.8 
 
 
206 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0379  hypothetical protein  39.56 
 
 
210 aa  128  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3248  hypothetical protein  34.47 
 
 
211 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2392  hypothetical protein  36.62 
 
 
232 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0488  hypothetical protein  37.91 
 
 
212 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0367589  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0324  hypothetical protein  39.5 
 
 
208 aa  122  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4128  hypothetical protein  39.9 
 
 
212 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.561037 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00308  3'-5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase  35.41 
 
 
243 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0127  hypothetical protein  32.57 
 
 
233 aa  107  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002112  hypothetical protein  33.01 
 
 
243 aa  106  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0223  hypothetical protein  30.74 
 
 
244 aa  106  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.282298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0184  hypothetical protein  30.3 
 
 
244 aa  105  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0236  hypothetical protein  30.41 
 
 
227 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0115318  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0496  hypothetical protein  31.65 
 
 
249 aa  102  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0046  putative phytochrome sensor protein  32.41 
 
 
228 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69700  hypothetical protein  30.09 
 
 
233 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.536796  normal  0.526464 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6022  hypothetical protein  31.02 
 
 
233 aa  98.2  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0265  hypothetical protein  30.56 
 
 
232 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0317  hypothetical protein  30.25 
 
 
244 aa  95.1  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0243  hypothetical protein  30.7 
 
 
236 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.181438  normal  0.791089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5290  hypothetical protein  30.09 
 
 
236 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0233  hypothetical protein  33.48 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.832062  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5229  hypothetical protein  30.09 
 
 
236 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5138  hypothetical protein  30.09 
 
 
236 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.850397 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0860  hypothetical protein  29.03 
 
 
234 aa  89  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5500  hypothetical protein  27.72 
 
 
241 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47720  hypothetical protein  30.33 
 
 
231 aa  87.4  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.526088  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1201  hypothetical protein  26.91 
 
 
236 aa  85.5  6e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.378726  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0197  hypothetical protein  30.05 
 
 
229 aa  85.1  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000607225 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0118  putative phytochrome sensor protein  28.02 
 
 
245 aa  85.1  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0184  hypothetical protein  29.65 
 
 
233 aa  84.7  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.165838  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3836  protein of unknown function DUF484  28.5 
 
 
218 aa  84  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.130921  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3114  hypothetical protein  29.52 
 
 
239 aa  82.8  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.702474  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4228  hypothetical protein  26.73 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.214924  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4158  hypothetical protein  26.73 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4176  hypothetical protein  26.73 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4276  hypothetical protein  26.73 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4335  hypothetical protein  26.73 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0056  hypothetical protein  29.33 
 
 
223 aa  81.6  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0180096  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0800  hypothetical protein  30 
 
 
233 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3586  hypothetical protein  29.67 
 
 
221 aa  80.5  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.060512  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3974  hypothetical protein  27.73 
 
 
234 aa  79.7  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.469497  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0171  hypothetical protein  29.27 
 
 
250 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0193  hypothetical protein  28.44 
 
 
223 aa  79  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0183  hypothetical protein  27.04 
 
 
234 aa  77  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.82752  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0081  hypothetical protein  30.67 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4165  hypothetical protein  26.82 
 
 
234 aa  76.3  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0650171  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3259  hypothetical protein  27.27 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2921  hypothetical protein  27.27 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.804703  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2168  hypothetical protein  27.27 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.23247  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0196  hypothetical protein  27.27 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0208  hypothetical protein  27.27 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3427  hypothetical protein  27.27 
 
 
245 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0206  hypothetical protein  28.63 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.464879  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0542  hypothetical protein  28.63 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4010  hypothetical protein  28.63 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0393  hypothetical protein  27.27 
 
 
551 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0062  hypothetical protein  29.47 
 
 
232 aa  75.1  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3443  hypothetical protein  28.02 
 
 
228 aa  74.7  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1454  hypothetical protein  26.24 
 
 
237 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0735  hypothetical protein  30.66 
 
 
223 aa  73.2  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2997  protein of unknown function DUF484  25.78 
 
 
230 aa  72.4  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3687  hypothetical protein  25.78 
 
 
230 aa  72.4  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.949397  normal  0.502028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3244  hypothetical protein  28.38 
 
 
225 aa  72.4  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.561328  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3373  protein of unknown function DUF484  28.51 
 
 
229 aa  72  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.765348  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0824  hypothetical protein  30.19 
 
 
223 aa  72  0.000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.124637  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3696  protein of unknown function DUF484  28.51 
 
 
229 aa  72  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3982  hypothetical protein  25.69 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.482275  normal  0.262457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04123  hypothetical protein  28.7 
 
 
226 aa  69.7  0.00000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4374  hypothetical protein  28.51 
 
 
240 aa  68.9  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0348  protein of unknown function DUF484  25.94 
 
 
240 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0130  hypothetical protein  27.8 
 
 
226 aa  68.6  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0920825 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03686  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.233581  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4169  protein of unknown function DUF484  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2527  hypothetical protein  25.57 
 
 
223 aa  68.2  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.448456  normal  0.216291 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6436  hypothetical protein  26.34 
 
 
242 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.787904 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2472  hypothetical protein  26.45 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3086  hypothetical protein  26.45 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4035  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4329  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03635  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.259129  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4197  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0817858  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4176  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0299074 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3103  hypothetical protein  26.45 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.648418 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4270  hypothetical protein  25.78 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0053  hypothetical protein  29.11 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0075  hypothetical protein  25.21 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>