80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3962 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3962  hypothetical protein  100 
 
 		 442 aa  914    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.514264  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4027  hypothetical protein  36.48 
 
 		 501 aa  257  3e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4142  hypothetical protein  36.62 
 
 		 500 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4214  hypothetical protein  36.28 
 
 		 500 aa  253  6e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3910  hypothetical protein  45.55 
 
 		 501 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.318661  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4346  hypothetical protein  36.34 
 
 		 500 aa  250  4e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.595421  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4649  hypothetical protein  44.96 
 
 		 486 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3819  hypothetical protein  37.14 
 
 		 501 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0173842 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3382  hypothetical protein  45.02 
 
 		 488 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0653251  normal  0.705051 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00191  hypothetical protein  36.82 
 
 		 440 aa  242  9e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1393  hypothetical protein  34.57 
 
 		 476 aa  240  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.458413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2937  hypothetical protein  40.59 
 
 		 466 aa  239  5e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00304135  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1130  hypothetical protein  38.01 
 
 		 511 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3311  hypothetical protein  39.78 
 
 		 483 aa  238  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.694942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3854  hypothetical protein  43.57 
 
 		 490 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2697  hypothetical protein  35.35 
 
 		 458 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00350074  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3248  hypothetical protein  42.44 
 
 		 473 aa  226  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00196068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1262  hypothetical protein  32.82 
 
 		 486 aa  217  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0234925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1147  hypothetical protein  44.73 
 
 		 541 aa  216  7e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2323  hypothetical protein  35.73 
 
 		 421 aa  187  4e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7194  hypothetical protein  34.29 
 
 		 462 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.663693 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1199  hypothetical protein  30.91 
 
 		 461 aa  167  5e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.756184 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1462  hypothetical protein  43.85 
 
 		 434 aa  167  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027345 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4586  hypothetical protein  35.53 
 
 		 498 aa  167  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1695  hypothetical protein  35.37 
 
 		 489 aa  162  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0885  hypothetical protein  33 
 
 		 541 aa  162  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0417  hypothetical protein  42.7 
 
 		 416 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3946  hypothetical protein  34.83 
 
 		 470 aa  157  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2667  hypothetical protein  34.67 
 
 		 420 aa  155  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1213  hypothetical protein  30.58 
 
 		 438 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5884  hypothetical protein  36.72 
 
 		 466 aa  152  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3518  hypothetical protein  28.87 
 
 		 481 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.574738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2129  hypothetical protein  36.4 
 
 		 428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0542526  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1376  hypothetical protein  35.57 
 
 		 466 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3623  hypothetical protein  28.67 
 
 		 463 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.48231  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2410  hypothetical protein  28.6 
 
 		 489 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0859513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1538  lipoprotein  31.09 
 
 		 441 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5354  hypothetical protein  40.62 
 
 		 444 aa  143  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1473  hypothetical protein  34.8 
 
 		 436 aa  143  6e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1484  hypothetical protein  40.78 
 
 		 403 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3041  hypothetical protein  34.38 
 
 		 447 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2112  hypothetical protein  34.08 
 
 		 484 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0664  putative outer membrane protein  38.46 
 
 		 516 aa  137  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2257  hypothetical protein  40.11 
 
 		 488 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0403  hypothetical protein  34.02 
 
 		 478 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.149014 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3542  hypothetical protein  27.73 
 
 		 617 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346994  normal  0.280347 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4077  hypothetical protein  39.87 
 
 		 477 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.844566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0110  hypothetical protein  27.43 
 
 		 617 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0222206  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0127  hypothetical protein  27.58 
 
 		 585 aa  127  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.146537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0121  hypothetical protein  26.54 
 
 		 617 aa  127  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0226467  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0119  hypothetical protein  26.54 
 
 		 617 aa  127  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0124  hypothetical protein  27.43 
 
 		 617 aa  126  7e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00449065  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00116  hypothetical protein  27.14 
 
 		 617 aa  126  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102405  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00115  hypothetical protein  27.14 
 
 		 617 aa  126  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0816115  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3485  conserved hypothetical protein  27.14 
 
 		 617 aa  126  9e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0177  putative outer membrane protein  36.57 
 
 		 531 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0171  hypothetical protein  36.36 
 
 		 541 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0172  hypothetical protein  36.36 
 
 		 541 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0180  hypothetical protein  36.57 
 
 		 540 aa  124  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0171  hypothetical protein  36.36 
 
 		 541 aa  123  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3789  hypothetical protein  36.46 
 
 		 459 aa  120  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1201  hypothetical protein  36.93 
 
 		 682 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00706806 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01519  hypothetical protein  36.75 
 
 		 605 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3170  hypothetical protein  27.04 
 
 		 547 aa  115  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.257942 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5201  hypothetical protein  32.17 
 
 		 465 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1561  hypothetical protein  29.06 
 
 		 649 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4634  hypothetical protein  37.91 
 
 		 544 aa  113  8.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149297  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4037  hypothetical protein  25.49 
 
 		 463 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0540  hypothetical protein  34.92 
 
 		 428 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000234519  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2486  hypothetical protein  31.55 
 
 		 755 aa  108  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835018 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2200  hypothetical protein  34.46 
 
 		 553 aa  107  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.920316  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3637  hypothetical protein  32.2 
 
 		 582 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2395  hypothetical protein  31.96 
 
 		 455 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.165403  hitchhiker  0.00469847 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4476  hypothetical protein  32.2 
 
 		 560 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3890  hypothetical protein  32.2 
 
 		 560 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3702  hypothetical protein  28.02 
 
 		 415 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1648  hypothetical protein  38.51 
 
 		 550 aa  98.6  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0755492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2227  hypothetical protein  25.78 
 
 		 508 aa  98.2  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000137583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2000  hypothetical protein  25.36 
 
 		 505 aa  98.6  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.94208e-35 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0409  hypothetical protein  33.55 
 
 		 527 aa  92.8  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282348  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>