57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3789 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3789  putative lipoprotein  100 
 
 
167 aa  337  4e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0942  putative lipoprotein  34.64 
 
 
160 aa  100  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.236049  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50940  hypothetical protein  28.1 
 
 
164 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.30636  hitchhiker  0.0000172849 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4130  hypothetical protein  30.97 
 
 
164 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4345  hypothetical protein  29.1 
 
 
151 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0609  hypothetical protein  30 
 
 
159 aa  81.6  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.647076  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1417  water stress/hypersensitive response protein  28.57 
 
 
165 aa  80.9  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00876316  normal  0.917345 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19360  hypothetical protein  30.53 
 
 
136 aa  73.2  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.865107  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3866  hypothetical protein  29.41 
 
 
163 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10342  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0399  hypothetical protein  29.93 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0203  putative lipoprotein  27.7 
 
 
166 aa  67.8  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413636  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25340  hypothetical protein  26.32 
 
 
167 aa  68.2  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01550  putative lipoprotein  27.03 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.814803  normal  0.550997 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1217  hypothetical protein  25.19 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3583  hypothetical protein  30.6 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2902  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  30.3 
 
 
180 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.586012  normal  0.820452 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1587  Water Stress and Hypersensitive response domain protein  27.34 
 
 
158 aa  62  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.205042  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0467  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  31.93 
 
 
164 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.353267 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0494  hypothetical protein  31.93 
 
 
164 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2611  hypothetical protein  31.93 
 
 
164 aa  61.2  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2421  hypothetical protein  28.23 
 
 
158 aa  60.8  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0426  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  31.9 
 
 
164 aa  60.8  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.63413 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1086  water stress/hypersensitive response protein  32.23 
 
 
157 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605963 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2944  hypothetical protein  28.79 
 
 
198 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0086  Water Stress and Hypersensitive response domain protein  33.01 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3165  lipoprotein, putative  30.83 
 
 
159 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262178  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3726  hypothetical protein  25.33 
 
 
196 aa  59.7  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0037  putative lipoprotein  28.36 
 
 
167 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1729  putative lipoprotein  28.36 
 
 
167 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3609  putative lipoprotein  28.36 
 
 
167 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3634  putative lipoprotein  28.36 
 
 
167 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3163  putative lipoprotein  28.36 
 
 
167 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2815  hypothetical protein  28.36 
 
 
180 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3621  putative lipoprotein  28.36 
 
 
167 aa  58.2  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.329911  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1574  trigger factor  28.93 
 
 
153 aa  57.4  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000227775  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1708  hypothetical protein  26.55 
 
 
193 aa  56.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3440  Water Stress and Hypersensitive response domain protein  25.9 
 
 
155 aa  56.2  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.983784  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2572  putative lipoprotein  30.53 
 
 
176 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.737644 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3032  putative lipoprotein  30.08 
 
 
159 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0397077 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1154  water stress/hypersensitive response protein  25.69 
 
 
167 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0226  hypothetical protein  27.72 
 
 
157 aa  55.1  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.10133  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1115  putative lipoprotein  26.09 
 
 
167 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00366375 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1033  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  28.29 
 
 
163 aa  54.3  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357786  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1043  Water Stress and Hypersensitive response domain protein  28.12 
 
 
172 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.402135 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3555  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  31.9 
 
 
160 aa  52.4  0.000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.113514 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2272  putative lipoprotein  30.25 
 
 
167 aa  51.6  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000762605  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1928  Water Stress and Hypersensitive response domain protein  27.61 
 
 
167 aa  50.1  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198508  normal  0.554929 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4298  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  25.52 
 
 
158 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.541122  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0149  putative lipoprotein  33.33 
 
 
160 aa  48.5  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.400959  normal  0.856742 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2191  putative lipoprotein  27.27 
 
 
159 aa  48.1  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1815  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  25 
 
 
160 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0854923  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3546  water stress/hypersensitive response protein  25.71 
 
 
159 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1774  water stress/hypersensitive response protein  24.59 
 
 
161 aa  45.8  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1139  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  24.46 
 
 
158 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.398344  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0667  water stress/hypersensitive response domain-containing protein  35.96 
 
 
159 aa  43.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0799  Water Stress and Hypersensitive response domain protein  25.51 
 
 
167 aa  43.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.335821  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0650  hypothetical protein  25.51 
 
 
167 aa  43.1  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>