More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3734 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3734  redoxin  100 
 
 
164 aa  331  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.085288  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1262  redoxin domain-containing protein  75.61 
 
 
165 aa  254  5e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.828642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1552  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  70.12 
 
 
168 aa  241  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.108824  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02074  Peroxiredoxin  70.12 
 
 
166 aa  239  9e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.148963  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22170  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  62.8 
 
 
165 aa  213  9.999999999999999e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1620  thiol peroxidase  60.61 
 
 
166 aa  210  5.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000227815  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0830  thiol peroxidase  60 
 
 
166 aa  210  5.999999999999999e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2140  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  60.61 
 
 
166 aa  207  6e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000663162  normal  0.818163 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1240  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  60.84 
 
 
166 aa  206  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.41207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2752  thiol peroxidase  61.82 
 
 
166 aa  204  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.376703  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2328  redoxin domain-containing protein  61.82 
 
 
166 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2481  Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  61.21 
 
 
166 aa  203  9e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.318431  normal  0.475096 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2520  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  60.61 
 
 
166 aa  203  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0980441 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2114  redoxin domain-containing protein  58.79 
 
 
165 aa  202  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31810  thiol peroxidase  61.82 
 
 
165 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.230308  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2803  redoxin domain-containing protein  61.21 
 
 
166 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.919062  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2185  redoxin domain-containing protein  61.21 
 
 
166 aa  202  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3430  Redoxin domain protein  61.21 
 
 
166 aa  201  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0751416  normal  0.0131471 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2633  redoxin domain-containing protein  61.21 
 
 
166 aa  201  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2704  thiol peroxidase  61.21 
 
 
165 aa  201  5e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.821537  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0528  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  60.61 
 
 
166 aa  201  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3587  redoxin domain protein  60.61 
 
 
166 aa  200  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0730  thiol peroxidase  60.61 
 
 
187 aa  199  9.999999999999999e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.543369 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0950  thiol peroxidase  57.58 
 
 
166 aa  198  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1729  thiol peroxidase  59.04 
 
 
179 aa  198  3e-50  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06240  thiol peroxidase  57.58 
 
 
166 aa  198  3e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0346  Redoxin domain protein  56.71 
 
 
165 aa  196  9e-50  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2971  thiol peroxidase  59.15 
 
 
165 aa  196  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.535001  normal  0.296496 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0532  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  60.12 
 
 
166 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0833  thiol peroxidase  58.18 
 
 
173 aa  195  2.0000000000000003e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.734828  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1159  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2505  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155608  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3504  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1285  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.850808  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3507  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3279  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0426  thiol peroxidase  59.04 
 
 
167 aa  195  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1133  Redoxin domain protein  55.83 
 
 
197 aa  194  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0528381  normal  0.881075 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2783  redoxin domain-containing protein  58.43 
 
 
167 aa  194  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3469  thiol peroxidase  58.43 
 
 
167 aa  193  7e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1795  thiol peroxidase  57.32 
 
 
167 aa  192  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3684  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  58.43 
 
 
167 aa  192  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.484477  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0828  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  59.15 
 
 
187 aa  192  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0570  redoxin domain-containing protein  58.43 
 
 
167 aa  192  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.913258  hitchhiker  0.00016403 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1903  thiol peroxidase  57.32 
 
 
167 aa  192  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0601  redoxin domain-containing protein  58.43 
 
 
167 aa  192  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0118  redoxin  58.43 
 
 
167 aa  192  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1888  thiol peroxidase  56.97 
 
 
166 aa  192  2e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.210029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0879  Redoxin domain protein  58.54 
 
 
167 aa  191  4e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.980796  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0875  Redoxin domain protein  58.54 
 
 
167 aa  191  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0527  redoxin domain-containing protein  57.23 
 
 
167 aa  190  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.790405 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0503  redoxin domain-containing protein  57.23 
 
 
167 aa  190  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0624  thiol peroxidase  58.64 
 
 
168 aa  189  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000437492  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1807  thiol peroxidase  56.1 
 
 
168 aa  188  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.435171 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1868  thiol peroxidase  56.1 
 
 
168 aa  188  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.188696 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1468  thiol peroxidase  56.1 
 
 
168 aa  188  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31622  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1806  thiol peroxidase  56.1 
 
 
168 aa  188  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411429 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1650  thiol peroxidase  56.1 
 
 
168 aa  188  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103223  hitchhiker  0.00495137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3798  redoxin domain-containing protein  55.76 
 
 
165 aa  188  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.247869  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0865  redoxin domain-containing protein  56.1 
 
 
167 aa  187  4e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0949069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2616  thiol peroxidase  56.1 
 
 
167 aa  186  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.758954 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2790  thiol peroxidase  57.58 
 
 
166 aa  185  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.071312  normal  0.970816 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0211  Alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  54.94 
 
 
165 aa  185  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.29757  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1768  thiol peroxidase  55.42 
 
 
167 aa  183  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1535  thiol peroxidase  54.27 
 
 
168 aa  183  8e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01301  thiol peroxidase  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0108888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2322  Redoxin domain protein  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00106183  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1969  thiol peroxidase  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.934613  normal  0.35715 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01312  hypothetical protein  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00805067  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0841  redoxin domain-containing protein  53.33 
 
 
199 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.227128  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11961  thiol peroxidase  54.88 
 
 
165 aa  183  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.196708  normal  0.378209 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1798  thiol peroxidase  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.190801  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2301  thiol peroxidase  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0338964  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1439  thiol peroxidase  54.27 
 
 
168 aa  182  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2603  thiol peroxidase  54.6 
 
 
167 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2869  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  56.36 
 
 
166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.166383  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2432  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  60 
 
 
166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.607298  normal  0.399489 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1557  thiol peroxidase  53.66 
 
 
168 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1733  thiol peroxidase  54.6 
 
 
167 aa  181  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777022  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3254  thiol peroxidase  59.15 
 
 
165 aa  180  7e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.345159  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2321  thiol peroxidase  54.27 
 
 
167 aa  180  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2625  thiol peroxidase  55.15 
 
 
166 aa  179  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.963895  normal  0.840008 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3035  thiol peroxidase  54.55 
 
 
166 aa  177  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0091  Redoxin domain protein  54.55 
 
 
166 aa  177  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0425  Redoxin domain protein  54.43 
 
 
166 aa  176  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15610  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  57.59 
 
 
161 aa  174  3e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0239273  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3068  thiol peroxidase  54.55 
 
 
166 aa  174  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2151  thiol peroxidase  51.85 
 
 
168 aa  173  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1193  redoxin domain-containing protein  52.73 
 
 
165 aa  173  8e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0174  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  51.23 
 
 
163 aa  169  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.134806 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2579  thiol peroxidase (atypical 2-Cys peroxiredoxin)  49.7 
 
 
166 aa  168  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0691363  normal  0.0286465 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1717  Redoxin domain protein  47.88 
 
 
175 aa  159  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2756  redoxin domain protein  47.27 
 
 
166 aa  153  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1306  Redoxin domain protein  46.67 
 
 
170 aa  151  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3537  thiol peroxidase  47.27 
 
 
169 aa  150  5.9999999999999996e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.515371 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1081  Redoxin domain protein  49.38 
 
 
171 aa  145  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3312  redoxin domain-containing protein  45.57 
 
 
166 aa  141  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1011  Redoxin domain protein  46.25 
 
 
167 aa  141  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4748  thiol peroxidase  43.9 
 
 
166 aa  141  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1778  thiol peroxidase  46.06 
 
 
172 aa  141  3e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>