More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3641 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  509  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.143298  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3281  hypothetical protein  41.2 
 
 
250 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0804235  normal  0.138859 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
252 aa  205  5e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
252 aa  189  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
248 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.455757  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
255 aa  176  4e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0228145  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.73345  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
250 aa  171  6.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00022193 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0712  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
288 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.712851  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0663  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
288 aa  167  1e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0748  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
288 aa  167  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0824  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
288 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.87827e-53 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.05 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0818  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
288 aa  166  5e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0912  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0805  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0655  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000332724  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
264 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0667  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
288 aa  161  1e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401827  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4525  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.193288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
253 aa  160  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.033772  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
256 aa  159  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2925  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.45 
 
 
296 aa  159  4e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0994  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.51 
 
 
247 aa  157  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0983572  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
264 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1230  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.824936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1207  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1470  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1209  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00888886  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1330  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1231  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1405  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
248 aa  155  4e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1429  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0632  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
288 aa  155  5.0000000000000005e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000680928  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
274 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
246 aa  155  7e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  38.52 
 
 
243 aa  155  8e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3976  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  9e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1368  acetoacetyl-CoA reductase  36.9 
 
 
247 aa  155  9e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.194105  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.84 
 
 
247 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1426  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
296 aa  153  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.530393 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  35.41 
 
 
260 aa  152  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
285 aa  152  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1043  acetoacetyl-CoA reductase  35.71 
 
 
247 aa  152  4e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.8589  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
288 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.207761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  35.22 
 
 
286 aa  152  7e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.66 
 
 
248 aa  152  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
249 aa  151  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11468  acetoin(diacetyl)reductase  38.34 
 
 
254 aa  151  1e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0328388  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
256 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
250 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.18 
 
 
246 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
284 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
245 aa  150  3e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
247 aa  149  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
254 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  34.98 
 
 
243 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
246 aa  149  5e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
246 aa  149  5e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
288 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000209901 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
249 aa  148  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
243 aa  148  7e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
287 aa  148  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.54 
 
 
247 aa  148  9e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.795136 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
244 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.22798  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.33 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  36.99 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.04 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2737  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
249 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.277769  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1951  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262535 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  36.44 
 
 
250 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3459  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
249 aa  146  3e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
285 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.566144  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
272 aa  146  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
292 aa  146  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0684702 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.22 
 
 
250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1753  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 
248 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  34.38 
 
 
265 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
243 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.900629  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
285 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00277313  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
285 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.22 
 
 
250 aa  145  6e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000784864  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
263 aa  145  8.000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
287 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
285 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0516293 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
247 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  36.11 
 
 
261 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
262 aa  144  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
284 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.361211  hitchhiker  0.00000740353 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5800  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
285 aa  143  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0775551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>