42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3202 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3202  hypothetical protein  100 
 
 		 224 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.210249  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00051  putative lipoprotein  32.88 
 
 		 229 aa  126  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0750623  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00989  predicted outer membrane lipoprotein  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2657  group 4 capsule (G4C) polysaccharide, lipoprotein YmcC  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112899  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00996  hypothetical protein  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2610  putative regulator  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.283606 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2329  group 4 capsule (G4C) polysaccharide, lipoprotein YmcC  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000255806  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1102  group 4 capsule (G4C) polysaccharide, lipoprotein YmcC  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000292395  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1096  group 4 capsule (G4C) polysaccharide, lipoprotein YmcC  25.81 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1222  group 4 capsule (G4C) polysaccharide, lipoprotein YmcC  25.81 
 
 		 214 aa  92  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000233631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1407  putative lipoprotein  27.78 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2845  putative lipoprotein  24.88 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1342  putative lipoprotein  27.78 
 
 		 236 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0028358 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3012  putative lipoprotein  25.23 
 
 		 225 aa  78.2  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.0000028974  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1322  putative lipoprotein  24.22 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00089684  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2861  putative lipoprotein  26.29 
 
 		 235 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000231875  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2521  putative lipoprotein  26.61 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.43848  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3007  putative lipoprotein  25.88 
 
 		 235 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000100687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0232  lipoprotein  25.93 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.231954  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0274  putative lipoprotein  31.74 
 
 		 221 aa  68.6  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001789  hypothetical protein  30.72 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3157  putative lipoprotein  26.29 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1395  putative lipoprotein  25.64 
 
 		 236 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.19041  normal  0.0366327 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4003  hypothetical protein  24.77 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.401316 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03899  predicted lipoprotein  24.77 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03859  hypothetical protein  24.77 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5506  hypothetical protein  22.79 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4617  hypothetical protein  24.51 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2878  putative lipoprotein  25.1 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000189272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1498  lipoprotein, putative  25.1 
 
 		 235 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000176994  normal  0.35232 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4488  hypothetical protein  23.61 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3970  conserved hypothetical protein  23.61 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4414  hypothetical protein  23.27 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4266  hypothetical protein  23.61 
 
 		 222 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4575  hypothetical protein  23.61 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4532  hypothetical protein  27.39 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4480  hypothetical protein  22.77 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4565  hypothetical protein  22.77 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0399396 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4565  hypothetical protein  23.53 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.574864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00685  hypothetical protein  26.67 
 
 		 224 aa  58.9  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3832  hypothetical protein  23.79 
 
 		 221 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.573259  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3859  hypothetical protein  26.92 
 
 		 253 aa  41.6  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.014632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>