More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3080 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3080  polysaccharide biosynthesis protein CapD  100 
 
 
332 aa  690    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1318  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.9 
 
 
332 aa  495  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.914837  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2629  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.28 
 
 
331 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3560  polysaccharide biosynthesis protein CapD  70.12 
 
 
331 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.423862 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02896  polysaccharide biosynthesis protein  68.29 
 
 
332 aa  485  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3271  polysaccharide biosynthesis protein  67.78 
 
 
331 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1286  polysaccharide biosynthesis protein CapD  68.9 
 
 
331 aa  484  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1302  polysaccharide biosynthesis protein  67.17 
 
 
331 aa  481  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.112616  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1396  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.07 
 
 
331 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.709485  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0580  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.78 
 
 
333 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.174594  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2967  polysaccharide biosynthesis protein CapD  67.07 
 
 
331 aa  478  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0093  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.98 
 
 
333 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.403582 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.98 
 
 
333 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.437109  normal  0.427053 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3011  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.16 
 
 
331 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0609  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  65.85 
 
 
333 aa  463  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.812779  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0679  polysaccharide biosynthesis protein CapD  66.67 
 
 
333 aa  455  1e-127  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.122561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1518  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.3 
 
 
333 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.280588  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0560  polysaccharide biosynthesis protein  65.43 
 
 
328 aa  447  1e-125  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3711  polysaccharide biosynthesis protein CapD  62.39 
 
 
333 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.724189  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0429  polysaccharide biosynthesis protein  62.35 
 
 
334 aa  448  1e-125  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1485  polysaccharide biosynthesis protein  63.27 
 
 
334 aa  446  1.0000000000000001e-124  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.317262  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0643  Short-chain dehydrogenase/reductase  61.54 
 
 
333 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132994  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1310  polysaccharide biosynthesis protein  61.45 
 
 
334 aa  444  1e-123  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.573218  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1298  UDP-GlcNAc C6-dehydratase/C4-reductase  60.84 
 
 
335 aa  438  9.999999999999999e-123  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1193  polysaccharide biosynthesis protein CapD  61.23 
 
 
333 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.965289  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2208  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  63.89 
 
 
329 aa  435  1e-121  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0535487  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1633  FlmA  61.16 
 
 
331 aa  432  1e-120  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2409  polysaccharide biosynthesis protein CapD  56.53 
 
 
344 aa  397  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.551754  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1957  polysaccharide biosynthesis protein CapD  56.84 
 
 
357 aa  387  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540068  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4634  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.31 
 
 
344 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  57.45 
 
 
325 aa  376  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2421  polysaccharide biosynthesis protein CapD  54.71 
 
 
340 aa  364  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.746498  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2766  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase; UDP-4-dehydro-6-deoxy-2-acetamido-D-glucose 4-reductase  56.23 
 
 
338 aa  360  1e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.881567  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1778  polysaccharide biosynthesis protein CapD  55.08 
 
 
350 aa  359  3e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0458  polysaccharide biosynthesis protein CapD  56.5 
 
 
342 aa  359  4e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4262  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  56.1 
 
 
338 aa  357  9.999999999999999e-98  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.404826 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1142  nucleoside-diphosphate sugar epimerase  54.79 
 
 
356 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2322  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.35 
 
 
332 aa  352  5.9999999999999994e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0743791 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01570  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  52.44 
 
 
327 aa  350  2e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0782999 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3090  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.58 
 
 
326 aa  349  3e-95  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.196445  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0653  polysaccharide biosynthesis protein CapD  53.89 
 
 
332 aa  347  2e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0235558  normal  0.660633 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1385  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.1 
 
 
337 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00862014 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3032  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  51.52 
 
 
332 aa  342  5.999999999999999e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1199  polysaccharide biosynthesis protein CapD  51.83 
 
 
327 aa  336  2.9999999999999997e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.530201 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2092  polysaccharide biosynthesis protein  52.25 
 
 
337 aa  334  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13073  capsular polysaccharide biosynthesis protein  52.68 
 
 
336 aa  331  8e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3947  polysaccharide biosynthesis protein CapD  52.73 
 
 
340 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.689942  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0101  capsular polysaccharide biosynthesis protein  51.83 
 
 
339 aa  323  3e-87  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0202415  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0227  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.06 
 
 
337 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.377971  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0428  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.6 
 
 
343 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0374599  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3221  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.71 
 
 
335 aa  251  9.000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1591  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.77 
 
 
344 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.49643  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0146  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.77 
 
 
329 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000000342824 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2232  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.2 
 
 
332 aa  241  1e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0501  polysaccharide biosynthesis protein CapD  44.33 
 
 
330 aa  241  2e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.153832  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3520  polysaccharide biosynthesis protein CapD  45.64 
 
 
328 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3511  UDP-glucose 4-epimerase  41.69 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000024389 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1447  UDP-N-acetylglucosamine 4,6-dehydratase  45.3 
 
 
328 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000193449 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3851  FlmA  45.3 
 
 
328 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1264  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.71 
 
 
336 aa  232  6e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0201234  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0147  polysaccharide biosynthesis protein CapD  41.41 
 
 
340 aa  226  3e-58  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.886918  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0139  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.12 
 
 
342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0144  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.12 
 
 
342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2246  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  39.04 
 
 
336 aa  224  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1660  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.72 
 
 
350 aa  223  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1718  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.28 
 
 
341 aa  222  7e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.910405  hitchhiker  0.0000000304233 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0748  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.21 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1621  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.62 
 
 
338 aa  218  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3504  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.16 
 
 
340 aa  218  2e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3715  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.85 
 
 
344 aa  217  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.722931  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1283  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.82 
 
 
350 aa  216  4e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5444  FlmA  39 
 
 
345 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1872  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.95 
 
 
336 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0528646  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1480  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.64 
 
 
345 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0141626  normal  0.282035 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3026  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.17 
 
 
350 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1672  polysaccharide biosynthesis protein CapD  43.01 
 
 
346 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3801  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.1 
 
 
348 aa  211  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0138  polysaccharide biosynthesis protein CapD  40.14 
 
 
336 aa  210  2e-53  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000749249  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1109  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.34 
 
 
341 aa  211  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1373  polysaccharide biosynthesis protein CapD  36.58 
 
 
344 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45387  hitchhiker  0.00458395 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0789  fused dTDP-4-dehydrorhamnose reductase and 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  39.29 
 
 
345 aa  210  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468733  hitchhiker  0.00205032 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0726  polysaccharide biosynthesis domain-containing protein  37.06 
 
 
337 aa  209  4e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3033  polysaccharide biosynthesis protein CapD  42.38 
 
 
340 aa  209  5e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1980  polysaccharide biosynthesis protein  36.5 
 
 
344 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4310  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.51 
 
 
344 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4586  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.44 
 
 
348 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.789975  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2184  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.38 
 
 
404 aa  206  4e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1471  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.66 
 
 
341 aa  205  7e-52  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4753  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.09 
 
 
345 aa  205  9e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.447789  normal  0.0884742 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2741  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.36 
 
 
355 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0558  polysaccharide biosynthesis protein CapD  39.78 
 
 
340 aa  199  5e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.201229  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1302  polysaccharide biosynthesis protein CapD  33.92 
 
 
355 aa  199  6e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.454328  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18620  predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerase  39.25 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.436748  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0020  polysaccharide biosynthesis protein CapD  38.14 
 
 
353 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0117  polysaccharide biosynthesis protein CapD  37.46 
 
 
335 aa  186  4e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000592797 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0761  UDP-glucose 4-epimerase  38.02 
 
 
348 aa  178  9e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2650  polysaccharide biosynthesis protein CapD  34.65 
 
 
607 aa  171  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2497  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.62 
 
 
613 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.495773  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2334  polysaccharide biosynthesis protein CapD  35.55 
 
 
614 aa  164  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000027  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5395  caspsular polysaccharide biosynthesis protein  35.84 
 
 
603 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.638255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>