More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3032 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3032  GTP-binding signal recognition particle  100 
 
 
443 aa  909    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02872  flagellar biosynthesis protein  52.53 
 
 
477 aa  466  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1656  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.53 
 
 
495 aa  367  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000227361  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03146  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.27 
 
 
503 aa  364  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2292  flagellar biosynthesis regulator FlhF  42.64 
 
 
484 aa  353  2e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1517  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.81 
 
 
513 aa  336  5e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1357  flagellar biosynthesis regulator FlhF  44.62 
 
 
458 aa  325  1e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592498  normal  0.109972 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002830  flagellar biosynthesis protein FlhF  43.94 
 
 
505 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00231681  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1297  flagellar biosynthesis regulator FlhF  42.51 
 
 
458 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.113598  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1364  flagellar biosynthesis regulator FlhF  42.51 
 
 
458 aa  318  1e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.789112  normal  0.915737 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2561  flagellar biosynthesis regulator FlhF  43.79 
 
 
460 aa  317  3e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.287894  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1341  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.81 
 
 
462 aa  316  4e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2282  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.5 
 
 
463 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.451131  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1197  flagellar biosynthesis regulator FlhF  42.37 
 
 
461 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.137335  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3212  flagellar biosynthesis regulator FlhF  42.13 
 
 
458 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1376  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.59 
 
 
470 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0597735  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1633  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.31 
 
 
467 aa  312  9e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0994643  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3051  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.82 
 
 
464 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.03242 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2921  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.29 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1452  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.87 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3053  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.87 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.432908  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2911  flagellar biosynthesis regulator FlhF  41.29 
 
 
460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1381  flagellar biosynthesis regulator FlhF  40.3 
 
 
474 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.286129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45660  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.93 
 
 
429 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.311812 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2807  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.59 
 
 
437 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.16054 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1336  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  34.66 
 
 
424 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.550768  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0983  GTP-binding signal recognition particle  33.7 
 
 
466 aa  255  9e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.10552 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3874  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.85 
 
 
429 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.571871  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2157  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.58 
 
 
393 aa  251  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3439  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.71 
 
 
442 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.707769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1561  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.9 
 
 
446 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.37144  normal  0.111794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3669  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.8 
 
 
435 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.421511  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4343  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.56 
 
 
435 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3912  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.56 
 
 
435 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1524  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.56 
 
 
435 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.142564  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1748  flagellar biosynthesis regulator FlhF  34.88 
 
 
379 aa  239  8e-62  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1748  flagellar biosynthesis regulator FlhF  34.88 
 
 
379 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1977  GTP-binding signal recognition particle  35.75 
 
 
437 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3429  GTP-binding signal recognition particle  35.48 
 
 
427 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.911214  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1946  flagellar biosynthesis regulator FlhF  32.31 
 
 
536 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0745  flagellar biosynthesis regulator FlhF  33.18 
 
 
388 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0479  GTP-binding signal recognition particle  36.18 
 
 
585 aa  212  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.530078  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1977  flagellar biosynthesis protein FlhF  40.7 
 
 
442 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.218828  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0741  flagellar biosynthesis regulator FlhF  29.81 
 
 
487 aa  207  3e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2014  GTP-binding signal recognition particle SRP54, G-protein  29.72 
 
 
729 aa  204  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2962  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.65 
 
 
644 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168283  normal  0.0622523 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3700  flagellar biosynthesis regulator FlhF  30.54 
 
 
825 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.528557  normal  0.0206253 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3923  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
583 aa  200  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3842  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
583 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0061  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
583 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3168  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
577 aa  199  6e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2838  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.06 
 
 
592 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0269  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.06 
 
 
592 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.147151  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0196  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.6 
 
 
588 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.625172  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0177  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.63 
 
 
583 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.167387 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0183  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.6 
 
 
588 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1864  flagellar biosynthesis regulator FlhF  33.43 
 
 
542 aa  198  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.625266  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1697  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
374 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2845  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
374 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3372  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.25 
 
 
587 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0303605  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3421  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
374 aa  197  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00959  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.25 
 
 
551 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.136085  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06207  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.25 
 
 
551 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106259  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1247  flagellar biosynthesis regulator FlhF  33.26 
 
 
414 aa  196  6e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0251  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.62 
 
 
582 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.789642  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1173  flagellar biosynthetic protein FlhF  29.83 
 
 
424 aa  196  7e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.141847  normal  0.243928 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0132  flagellar biosynthesis regulator FlhF  38.08 
 
 
657 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3802  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.01 
 
 
624 aa  195  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2936  flagellar biosynthesis regulator FlhF  35.1 
 
 
489 aa  192  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0148742  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2166  flagellar biosynthetic protein FlhF  35.02 
 
 
527 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3094  AAA ATPase  28.8 
 
 
530 aa  189  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4142  flagellar biosynthesis regulator FlhF  37.5 
 
 
784 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1392  flagellar biosynthesis regulator FlhF  34.17 
 
 
615 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.70556  normal  0.873856 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3821  GTP-binding signal recognition particle  28.8 
 
 
530 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.236698 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4414  GTP-binding signal recognition particle  31.64 
 
 
524 aa  184  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0564624  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1311  flagellar biosynthesis regulator FlhF  34.91 
 
 
570 aa  184  3e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1620  GTP-binding signal recognition particle  36.17 
 
 
592 aa  181  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00835044 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3079  flagellar GTP-binding protein  34.32 
 
 
521 aa  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4068  flagellar biosynthesis regulator FlhF  32.25 
 
 
632 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4180  flagellar biosynthesis regulator FlhF  32.25 
 
 
632 aa  179  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0598  GTP-binding signal recognition particle  35.39 
 
 
548 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0715  flagellar biosynthetic protein FlhF  35.66 
 
 
485 aa  169  7e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.858547  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0930  GTP-binding signal recognition particle  34.27 
 
 
479 aa  166  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3708  GTP-binding signal recognition particle  28.03 
 
 
479 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1178  flagellar biosynthetic protein FlhF  33.81 
 
 
375 aa  163  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27900  flagellar biosynthesis protein  35.88 
 
 
758 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0457594  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5617  flagellar biosynthesis regulator FlhF  32.08 
 
 
804 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.51958  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1161  flagellar GTP-binding protein  30.92 
 
 
419 aa  155  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1414  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain  29.32 
 
 
466 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.37115 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4110  GTP-binding signal recognition particle  30.55 
 
 
447 aa  154  4e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.963643  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0486  GTP-binding signal recognition particle  27.63 
 
 
403 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0589  flagellar biosynthetic protein FlhF  28.97 
 
 
437 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0705  flagellar biosynthesis regulator FlhF  27.17 
 
 
438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0427  GTP-binding signal recognition particle  29.69 
 
 
452 aa  145  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2030  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  27.44 
 
 
389 aa  144  2e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3285  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain  29.65 
 
 
441 aa  141  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0870  hypothetical protein  26.5 
 
 
395 aa  141  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0293  flagellar biosynthetic protein FlhF  28.16 
 
 
423 aa  139  1e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0113568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2023  flagellar biosynthesis regulator FlhF  27.35 
 
 
400 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1314  GTP-binding signal recognition particle SRP54 G- domain protein  38.28 
 
 
402 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>