More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3006 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02835  putative ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  58.33 
 
 		 578 aa  694    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3006  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 544 aa  1134    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2552  extracellular solute-binding protein  48.19 
 
 		 541 aa  568  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2484  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 541 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0213722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2580  extracellular solute-binding protein  49.33 
 
 		 541 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2650  acetate kinase  47.43 
 
 		 541 aa  559  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.76691 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1805  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  47.59 
 
 		 525 aa  555  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  47.9 
 
 		 525 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  47.9 
 
 		 525 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  47.81 
 
 		 541 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1615  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 541 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577375  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1500  extracellular solute-binding protein  47.12 
 
 		 541 aa  542  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1552  extracellular solute-binding protein  47.9 
 
 		 551 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560356 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2498  extracellular solute-binding protein  47.36 
 
 		 547 aa  532  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.228611  normal  0.10844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2671  extracellular solute-binding protein  46.53 
 
 		 542 aa  534  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.699901  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3775  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  46.52 
 
 		 556 aa  525  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2482  extracellular solute-binding protein  44.95 
 
 		 582 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0259131  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1235  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  46.85 
 
 		 542 aa  514  1e-144  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.650831  normal  0.763441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3102  extracellular solute-binding protein  46.02 
 
 		 549 aa  502  1e-141  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.522775  hitchhiker  0.0000411022 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  42.8 
 
 		 535 aa  495  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  45.13 
 
 		 535 aa  494  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  44.33 
 
 		 535 aa  489  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  44.33 
 
 		 535 aa  491  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  44.33 
 
 		 535 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  44.33 
 
 		 535 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3431  extracellular solute-binding protein  43.79 
 
 		 531 aa  488  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000878954 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  44.51 
 
 		 506 aa  489  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  43.45 
 
 		 535 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  42.59 
 
 		 526 aa  487  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  42.59 
 
 		 526 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  42.59 
 
 		 526 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  42.42 
 
 		 535 aa  487  1e-136  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  42.59 
 
 		 526 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  42.59 
 
 		 526 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2411  extracellular solute-binding protein family 5  44.82 
 
 		 531 aa  484  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.334082  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2356  extracellular solute-binding protein  46.61 
 
 		 529 aa  483  1e-135  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.458822  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  44.82 
 
 		 531 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0114  extracellular solute-binding protein  42.88 
 
 		 530 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1531  extracellular solute-binding protein family 5  43.24 
 
 		 531 aa  476  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  42.75 
 
 		 535 aa  478  1e-133  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0138  extracellular solute-binding protein  43.14 
 
 		 535 aa  476  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2930  extracellular solute-binding protein family 5  42.67 
 
 		 531 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2107  extracellular solute-binding protein  45.25 
 
 		 532 aa  471  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2629  extracellular solute-binding protein  42.8 
 
 		 550 aa  463  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.553559  normal  0.405199 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2056  periplasmic dipeptide transport protein precursor  43.06 
 
 		 532 aa  457  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.184376  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0490  extracellular solute-binding protein family 5  43.06 
 
 		 531 aa  458  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2342  extracellular solute-binding protein family 5  41.15 
 
 		 580 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1690  extracellular solute-binding protein  41.87 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23662  normal  0.232631 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0841  extracellular solute-binding protein  42.11 
 
 		 531 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.960995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2613  extracellular solute-binding protein family 5  41.47 
 
 		 562 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0942045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0973  extracellular solute-binding protein  43.43 
 
 		 532 aa  449  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1752  extracellular solute-binding protein family 5  42.09 
 
 		 582 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  42.83 
 
 		 538 aa  446  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1718  extracellular solute-binding protein family 5  41.9 
 
 		 581 aa  442  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1817  peptide transport periplasmic protein SapA  39.84 
 
 		 549 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.690019  normal  0.173891 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  43.17 
 
 		 532 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  43.17 
 
 		 532 aa  442  1e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 		 542 aa  445  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5114  ABC transporter periplasmic binding protein  41.3 
 
 		 533 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0329  extracellular solute-binding protein  42.35 
 
 		 531 aa  442  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.0616043 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2171  extracellular solute-binding protein  39.89 
 
 		 546 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0470091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5110  ABC transporter periplasmic binding protein  40.84 
 
 		 537 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.321263  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58350  putative binding protein component of ABC transpor  40.84 
 
 		 537 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0399  extracellular solute-binding protein family 5  40.99 
 
 		 546 aa  437  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2816  extracellular solute-binding protein  41.19 
 
 		 545 aa  437  1e-121  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.54552  normal  0.0589435 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1784  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  41.63 
 
 		 547 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1458  peptide transport periplasmic protein SapA  40.04 
 
 		 549 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.483006  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1582  extracellular solute-binding protein  42.66 
 
 		 531 aa  434  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.264898  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1878  peptide transport periplasmic protein SapA  40.04 
 
 		 557 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00804887 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1816  peptide transport periplasmic protein SapA  40.04 
 
 		 549 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.440252  hitchhiker  0.00000000112139 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1640  peptide transport periplasmic protein SapA  40.04 
 
 		 549 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000341731 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1892  extracellular solute-binding protein  41.63 
 
 		 547 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.110335  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58390  putative binding protein component of ABC transpor  40.71 
 
 		 533 aa  434  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0845  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 532 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0816  extracellular solute-binding protein  39.39 
 
 		 533 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2540  peptide transport periplasmic protein precursor  41.78 
 
 		 548 aa  429  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0182  ABC dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  39.27 
 
 		 542 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2914  extracellular solute-binding protein  39.68 
 
 		 543 aa  430  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4557  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  39.46 
 
 		 535 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4234  extracellular solute-binding protein  40.08 
 
 		 535 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4235  extracellular solute-binding protein  39.43 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0220  dipeptide ABC transporter, periplasmic didpeptide-binding protein  40.59 
 
 		 542 aa  428  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63568  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1949  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 		 542 aa  427  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0969647  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2956  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2431  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 542 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3090  extracellular solute-binding protein  40.2 
 
 		 542 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3754  extracellular solute-binding protein family 5  38.89 
 
 		 542 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.884226 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3045  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 542 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3064  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 542 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.150422 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01282  hypothetical protein  38.25 
 
 		 547 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856831  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1408  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  38.25 
 
 		 547 aa  423  1e-117  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0243  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein DppA  40.2 
 
 		 542 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1828  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  39.42 
 
 		 539 aa  422  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.011145 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>