64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2560 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2560  invasion gene expression up-regulator, SirB  100 
 
 		 125 aa  249  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0147676  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2907  invasion gene expression up-regulator, SirB  46.34 
 
 		 128 aa  128  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.493009  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2564  hypothetical protein  44 
 
 		 132 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.44085  normal  0.177533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0772  invasion gene expression up-regulator, SirB  47.2 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0800  invasion gene expression up-regulator, SirB  47.2 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3166  invasion gene expression up-regulator, SirB  47.2 
 
 		 131 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0806  invasion gene expression up-regulator, SirB  45.53 
 
 		 131 aa  124  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3677  invasion gene expression up-regulator SirB  43.2 
 
 		 131 aa  125  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0538155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0922  invasion gene expression up-regulator, SirB  44.17 
 
 		 128 aa  123  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130475  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3543  Invasion gene expression up-regulator SirB  44.8 
 
 		 131 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.637299  hitchhiker  0.0000269359 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3611  invasion gene expression up-regulator SirB  44.8 
 
 		 131 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0384528  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0700  invasion gene expression up-regulator SirB  44.8 
 
 		 131 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3734  invasion gene expression up-regulator SirB  44.8 
 
 		 131 aa  122  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3453  invasion gene expression up-regulator, SirB  43.2 
 
 		 131 aa  121  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3830  hypothetical protein  44 
 
 		 139 aa  120  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3124  invasion gene expression up-regulator SirB  44 
 
 		 131 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0725  invasion gene expression up-regulator, SirB  42.5 
 
 		 131 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1287  Invasion gene expression up-regulator SirB  44.17 
 
 		 126 aa  110  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02569  Invasion gene expression up-regulator, SirB  45.13 
 
 		 114 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.351393  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0999  invasion gene expression up-regulator, SirB  43.9 
 
 		 126 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0944  hypothetical protein  41.46 
 
 		 127 aa  105  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01252  hypothetical protein  42.52 
 
 		 127 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2405  Invasion gene expression up-regulator SirB  42.52 
 
 		 131 aa  98.6  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3550  SirB family protein  35.54 
 
 		 121 aa  98.2  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480134  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2112  Invasion gene expression up-regulator SirB  40.94 
 
 		 131 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1992  invasion gene expression up-regulator SirB  39.37 
 
 		 132 aa  97.4  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0896381  hitchhiker  0.00421382 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2077  invasion gene expression up-regulator, SirB  38.71 
 
 		 129 aa  95.5  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0412299  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2177  invasion gene expression up-regulator SirB  40.62 
 
 		 133 aa  94.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0939064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2458  hypothetical protein  40.62 
 
 		 133 aa  94.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.225422  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2379  invasion gene expression up-regulator, SirB  41.8 
 
 		 129 aa  94.7  3e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2064  sirB family protein  40.62 
 
 		 133 aa  94.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000433498  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1754  hypothetical protein  40.94 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000212251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0792  protein SirB, invasion gene expression up-regulator  38.4 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.101967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1330  invasion gene expression up-regulator, SirB  42.86 
 
 		 155 aa  88.2  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50154  normal  0.673859 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2402  invasion gene expression up-regulator, SirB  33.91 
 
 		 128 aa  80.5  0.000000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3554  invasion gene expression up-regulator SirB  35.77 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.108856 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03873  Invasion gene expression up-regulator, SirB  41 
 
 		 112 aa  77.4  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1885  invasion gene expression up-regulator, SirB  35.83 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079472  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1462  hypothetical protein  35.51 
 
 		 120 aa  75.5  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.211632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004201  protein SirB2  36 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.2374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2335  putative transcriptional regulator  31.91 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0261  Invasion gene expression up-regulator SirB  38.71 
 
 		 140 aa  69.7  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.98068  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1911  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1905  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.507373 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1969  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0200687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1609  hypothetical protein  29.6 
 
 		 128 aa  62  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0248938  normal  0.542869 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1365  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 129 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00583531  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1549  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.128221 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0094  invasion gene expression up-regulator, SirB  33.06 
 
 		 131 aa  60.5  0.000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4728  invasion gene expression up-regulator, SirB  31.4 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01198  hypothetical protein  35.56 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.384969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2434  Invasion gene expression up-regulator SirB  31.67 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00146716  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1929  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0183084  normal  0.0776128 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2413  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.502024  hitchhiker  0.0000200167 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1318  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000067182  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01188  predicted transcriptional regulator  35.56 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.392805  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1377  putative transcriptional regulator  30.83 
 
 		 130 aa  53.5  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00266632  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1694  putative transcriptional regulator  34.44 
 
 		 130 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1361  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00122072  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6189  hypothetical protein  27.97 
 
 		 126 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.209827  normal  0.0285321 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3144  invasion gene expression up-regulator, SirB  31.13 
 
 		 123 aa  46.2  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0881039  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1689  hypothetical protein  27.1 
 
 		 140 aa  44.7  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000187048  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1955  hypothetical protein  39.02 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0066535  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1005  hypothetical protein  24.8 
 
 		 136 aa  41.6  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0820181  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>