61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2334 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2334  hypothetical protein  100 
 
 
128 aa  260  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1144  hypothetical protein  55.26 
 
 
120 aa  141  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.694868 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1993  hypothetical protein  56.03 
 
 
136 aa  123  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.887404  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3804  hypothetical protein  52.63 
 
 
116 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3509  hypothetical protein  51.75 
 
 
116 aa  120  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1198  hypothetical protein  52.59 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1160  hypothetical protein  52.59 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3865  hypothetical protein  47.2 
 
 
131 aa  114  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4268  hypothetical protein  46.67 
 
 
123 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.359077  decreased coverage  0.00834069 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3281  hypothetical protein  53.47 
 
 
113 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.733437  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3933  hypothetical protein  51 
 
 
125 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252755  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2940  hypothetical protein  48.65 
 
 
119 aa  107  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.189997  normal  0.665558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0415  hypothetical protein  49 
 
 
134 aa  105  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0309  hypothetical protein  50 
 
 
142 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0297  hypothetical protein  53.26 
 
 
134 aa  103  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0270  hypothetical protein  53.26 
 
 
134 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4481  hypothetical protein  54.74 
 
 
111 aa  100  7e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.370309 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2767  hypothetical protein  52.94 
 
 
121 aa  100  7e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.380275  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2945  hypothetical protein  55.95 
 
 
110 aa  99  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0846796  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0361  hypothetical protein  52.13 
 
 
127 aa  98.6  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0024  hypothetical protein  51.76 
 
 
116 aa  97.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.343271 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3273  hypothetical protein  54.76 
 
 
100 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1402  hypothetical protein  54.02 
 
 
116 aa  96.3  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0116274  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56360  hypothetical protein  54.76 
 
 
102 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2721  hypothetical protein  54.02 
 
 
116 aa  96.3  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4905  hypothetical protein  53.57 
 
 
102 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0957  arylsulfate sulfotransferase-like protein  44.66 
 
 
116 aa  89  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2119  hypothetical protein  51.81 
 
 
115 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2704  hypothetical protein  48.19 
 
 
124 aa  89  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2533  arylsulfate sulfotransferase  51.81 
 
 
115 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.499235  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1192  hypothetical protein  41.67 
 
 
105 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2994  hypothetical protein  41.67 
 
 
102 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3868  hypothetical protein  43.37 
 
 
91 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0188377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1379  hypothetical protein  41.67 
 
 
102 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2897  hypothetical protein  41.67 
 
 
102 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2814  hypothetical protein  41.67 
 
 
102 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5256  hypothetical protein  41.57 
 
 
100 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.44914  normal  0.0167613 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3391  hypothetical protein  33.33 
 
 
123 aa  73.9  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.343118 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1704  hypothetical protein  45.12 
 
 
104 aa  73.6  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370277  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1645  siderophore biosynthesis protein-like protein  40.23 
 
 
117 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.354756 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5816  hypothetical protein  41.57 
 
 
100 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03059  hypothetical protein  40.24 
 
 
98 aa  69.3  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0063  hypothetical protein  40.96 
 
 
97 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.883633  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002901  hypothetical protein  37.8 
 
 
102 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3367  hypothetical protein  38.55 
 
 
89 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0796854  normal  0.25879 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2069  hypothetical protein  40.22 
 
 
96 aa  64.7  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.196249  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1386  hypothetical protein  37.8 
 
 
87 aa  61.6  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4707  hypothetical protein  36.71 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248298  normal  0.0499606 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2500  SirA family protein  38.27 
 
 
213 aa  56.6  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5221  hypothetical protein  37.5 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3133  hypothetical protein  35.38 
 
 
155 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000719039  normal  0.0220849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1405  hypothetical protein  33.82 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.278829  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3982  hypothetical protein  33.82 
 
 
85 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0137896  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4413  hypothetical protein  30.16 
 
 
115 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00670667  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4600  hypothetical protein  34.72 
 
 
79 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1211  hypothetical protein  29.85 
 
 
112 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2256  hypothetical protein  40.68 
 
 
82 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1240  hypothetical protein  29.85 
 
 
109 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253936  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4207  hypothetical protein  29.85 
 
 
109 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.618689  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0773  hypothetical protein  40.68 
 
 
87 aa  42.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4004  hypothetical protein  29.85 
 
 
109 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>