More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2330 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2330  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
426 aa  877    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0919  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.04 
 
 
432 aa  472  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000178347  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0886  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.35 
 
 
433 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1022  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.92 
 
 
435 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0284952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1095  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.13 
 
 
432 aa  461  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.627345 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3068  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.41 
 
 
433 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546349  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1195  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.39 
 
 
433 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1383  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.9 
 
 
433 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2988  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.66 
 
 
433 aa  457  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.41 
 
 
433 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2892  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.66 
 
 
433 aa  458  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3241  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.36 
 
 
433 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1279  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.36 
 
 
433 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0871578 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3098  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.36 
 
 
433 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.872049  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3088  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.36 
 
 
433 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0950  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.93 
 
 
432 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0808  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.97 
 
 
432 aa  449  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1312  putative helicase (DEAD/DEAH box helicase)  52.72 
 
 
434 aa  448  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.539045  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001506  ATP-dependent RNA helicase  51.51 
 
 
430 aa  431  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000291883  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05443  ATP-dependent RNA helicase  48.37 
 
 
430 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1590  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.87 
 
 
455 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1807  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  49.87 
 
 
433 aa  384  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.527975  normal  0.043326 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  45.97 
 
 
418 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
453 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
453 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
453 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
453 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.27 
 
 
462 aa  369  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
453 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  49.87 
 
 
454 aa  368  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.87 
 
 
454 aa  368  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  368  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  368  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  49.87 
 
 
454 aa  368  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
455 aa  368  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  48.8 
 
 
398 aa  368  1e-100  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
454 aa  368  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.26 
 
 
549 aa  364  2e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.43 
 
 
425 aa  363  3e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.02 
 
 
578 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.54 
 
 
456 aa  362  5.0000000000000005e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.4 
 
 
492 aa  362  6e-99  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.32 
 
 
535 aa  360  3e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3336  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.49 
 
 
429 aa  358  7e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0132236  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.78 
 
 
549 aa  358  9e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.14 
 
 
452 aa  358  9.999999999999999e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  49.59 
 
 
533 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.59 
 
 
479 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.59 
 
 
480 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50 
 
 
522 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.07 
 
 
455 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.33 
 
 
480 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.14 
 
 
515 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.01 
 
 
485 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  47.97 
 
 
422 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.01 
 
 
485 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.01 
 
 
485 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  48.01 
 
 
485 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  49.32 
 
 
484 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  48.01 
 
 
485 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.87 
 
 
477 aa  356  5e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.78 
 
 
443 aa  355  6.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  48.92 
 
 
418 aa  355  8.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.92 
 
 
418 aa  355  8.999999999999999e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.05 
 
 
486 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.32 
 
 
471 aa  355  1e-96  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.75 
 
 
482 aa  354  2e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  48.77 
 
 
516 aa  354  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  49.05 
 
 
486 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.05 
 
 
486 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.93 
 
 
477 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.39 
 
 
438 aa  353  4e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.34 
 
 
476 aa  352  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  48.92 
 
 
543 aa  352  5e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  48.92 
 
 
426 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0954  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.42 
 
 
515 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.846245 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1098  DEAD/DEAH box helicase-like protein  43.42 
 
 
515 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3005  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.6 
 
 
445 aa  352  7e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.20592  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  48.38 
 
 
506 aa  352  7e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3026  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.17 
 
 
496 aa  352  8e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.9 
 
 
550 aa  352  8.999999999999999e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.51 
 
 
515 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.51 
 
 
525 aa  351  1e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.63 
 
 
488 aa  351  1e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  46.88 
 
 
540 aa  351  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.51 
 
 
525 aa  352  1e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.01 
 
 
560 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2777  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.23 
 
 
451 aa  351  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.51 
 
 
526 aa  351  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.39 
 
 
479 aa  350  3e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1501  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  44.65 
 
 
456 aa  350  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.75 
 
 
565 aa  349  5e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.7 
 
 
511 aa  349  6e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  43.68 
 
 
436 aa  348  7e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  47.48 
 
 
540 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3506  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.47 
 
 
428 aa  346  4e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  43.47 
 
 
414 aa  346  4e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.43 
 
 
494 aa  346  5e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>