113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2273 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2273  putative hydroxylase  100 
 
 
227 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0512  putative hydroxylase  57.33 
 
 
234 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.647783  normal  0.011367 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0528  putative hydroxylase  56.89 
 
 
227 aa  273  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1130  putative hydroxylase  51.56 
 
 
227 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.671813  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7101  putative hydroxylase  51.54 
 
 
226 aa  249  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2317  putative hydroxylase  50.22 
 
 
227 aa  248  4e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000110026  hitchhiker  0.000149055 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5374  putative hydroxylase  50.88 
 
 
227 aa  248  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.983229  normal  0.422627 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2089  putative hydroxylase  51.1 
 
 
229 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0632378 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3244  putative hydroxylase  53.33 
 
 
224 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0054374  hitchhiker  0.00000245191 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3334  putative hydroxylase  50.22 
 
 
229 aa  245  4e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0690816  normal  0.437526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3541  putative hydroxylase  50.66 
 
 
229 aa  245  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.11463  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2812  putative hydroxylase  51.56 
 
 
226 aa  244  9e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.192542  decreased coverage  0.000000224129 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0792  putative hydroxylase  49.78 
 
 
227 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.182432  normal  0.929966 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0717  putative hydroxylase  52.44 
 
 
224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00266806  hitchhiker  0.000189122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3968  putative hydroxylase  50.22 
 
 
229 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.713172  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0219  putative hydroxylase  50.22 
 
 
227 aa  241  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0698  putative hydroxylase  52.44 
 
 
224 aa  241  7e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00417487  hitchhiker  0.000293405 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3725  hypothetical protein  49.78 
 
 
251 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.780792 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1201  putative hydroxylase  49.78 
 
 
227 aa  240  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.515429  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1514  putative hydroxylase  49.78 
 
 
229 aa  240  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.35715  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4479  putative hydroxylase  51.1 
 
 
227 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5004  putative hydroxylase  50.66 
 
 
227 aa  240  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0892  putative hydroxylase  48.44 
 
 
227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.132513  normal  0.456008 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3557  putative hydroxylase  48.89 
 
 
227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4810  putative hydroxylase  48.89 
 
 
227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.63397  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3634  putative hydroxylase  50.22 
 
 
224 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0721  putative hydroxylase  50.22 
 
 
252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000319663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0750  putative hydroxylase  50.22 
 
 
252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.904412  hitchhiker  0.000158665 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5473  putative hydroxylase  48.89 
 
 
227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0632728 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4714  putative hydroxylase  48.89 
 
 
227 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.730869 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4192  putative hydroxylase  48.89 
 
 
227 aa  238  5e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.540469  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7102  putative hydroxylase  49.34 
 
 
227 aa  238  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0741  putative hydroxylase  50.22 
 
 
224 aa  238  8e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0366446  hitchhiker  0.0000066194 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0200  putative hydroxylase  49.33 
 
 
227 aa  237  9e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0103343  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1690  putative hydroxylase  49.33 
 
 
227 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1609  putative hydroxylase  49.33 
 
 
227 aa  237  1e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3793  putative hydroxylase  48 
 
 
227 aa  237  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0084294 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4660  putative hydroxylase  49.33 
 
 
227 aa  235  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3916  putative hydroxylase  49.12 
 
 
228 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.721944  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3575  putative hydroxylase  49.78 
 
 
227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.574336 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3803  putative hydroxylase  49.12 
 
 
228 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.327184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0099  2OG-Fe(II) oxygenase  48.44 
 
 
227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3913  putative hydroxylase  50.67 
 
 
224 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12420  putative hydroxylase  49.33 
 
 
226 aa  233  1.0000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.455137  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58580  putative hydroxylase  48.89 
 
 
226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00121484  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5129  putative hydroxylase  49.33 
 
 
242 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0482297  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0106  2OG-Fe(II) oxygenase  48.89 
 
 
227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0577  2OG-Fe(II) oxygenase  48.44 
 
 
225 aa  232  3e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0176076  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0862  putative hydroxylase  48.44 
 
 
226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0892  putative hydroxylase  48 
 
 
226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.137748 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1172  2OG-Fe(II) oxygenase  50.22 
 
 
226 aa  230  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4316  putative hydroxylase  48.44 
 
 
226 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0120702 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2877  putative hydroxylase  47.14 
 
 
228 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0905  putative hydroxylase  48 
 
 
226 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0799  putative hydroxylase  49.55 
 
 
226 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0701  putative hydroxylase  48 
 
 
226 aa  227  1e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.455712 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0377  putative hydroxylase  46.67 
 
 
226 aa  226  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.925919  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2548  putative hydroxylase  48 
 
 
225 aa  226  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3078  putative hydroxylase  45.81 
 
 
228 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0990  2OG-Fe(II) oxygenase  48.89 
 
 
225 aa  225  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.20118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12340  putative hydroxylase  47.11 
 
 
226 aa  224  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0872  putative hydroxylase  47.56 
 
 
225 aa  224  7e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3048  putative hydroxylase  48.67 
 
 
227 aa  224  8e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0045  putative hydroxylase  49.78 
 
 
227 aa  223  1e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635627  normal  0.44842 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3084  putative hydroxylase  48.02 
 
 
227 aa  223  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.418159  normal  0.523268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1313  putative hydroxylase  50.24 
 
 
209 aa  223  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325019  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00771  putative hydroxylase  47.11 
 
 
225 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2838  2OG-Fe(II) oxygenase  47.11 
 
 
225 aa  222  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00788  hypothetical protein  47.11 
 
 
225 aa  222  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0859  putative hydroxylase  47.11 
 
 
225 aa  222  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2839  putative hydroxylase  47.11 
 
 
225 aa  222  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.113073 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0828  putative hydroxylase  47.11 
 
 
225 aa  222  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0953  putative hydroxylase  47.37 
 
 
228 aa  221  8e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4677  putative hydroxylase  47.56 
 
 
227 aa  221  9e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000773199  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1570  2OG-Fe(II) oxygenase  48.03 
 
 
231 aa  220  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.278935 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0803  putative hydroxylase  48.21 
 
 
222 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4046  putative hydroxylase  44.89 
 
 
227 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.866851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2559  putative hydroxylase  47.35 
 
 
227 aa  216  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00546533 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0236  2OG-Fe(II) oxygenase  47.11 
 
 
226 aa  215  4e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.740629  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1077  putative hydroxylase  44 
 
 
227 aa  215  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03560  putative hydroxylase  48.9 
 
 
226 aa  215  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0612  2OG-Fe(II) oxygenase  46.64 
 
 
226 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.240573  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1709  putative hydroxylase  43.67 
 
 
230 aa  208  4e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.822877  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1809  2OG-Fe(II) oxygenase  45.33 
 
 
228 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.893749  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1638  putative hydroxylase  43.67 
 
 
230 aa  207  1e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3637  putative hydroxylase  44.49 
 
 
228 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1949  2OG-Fe(II) oxygenase  43.81 
 
 
227 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0838  putative hydroxylase  44.25 
 
 
228 aa  204  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.143447 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1523  2OG-Fe(II) oxygenase  41.63 
 
 
259 aa  187  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2199  2OG-Fe(II) oxygenase  41.59 
 
 
224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.568044  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0015  putative hydroxylase  39.56 
 
 
223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.587927  normal  0.457656 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12561  putative hydroxylase  40.62 
 
 
221 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131814 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1929  putative hydroxylase  39.56 
 
 
220 aa  159  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0775  putative hydroxylase  40.18 
 
 
221 aa  158  5e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_16191  putative hydroxylase  39.29 
 
 
221 aa  156  2e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20491  putative hydroxylase  41.96 
 
 
221 aa  153  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.126115 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2258  putative hydroxylase  39.11 
 
 
222 aa  151  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0352243 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2196  putative hydroxylase  39.11 
 
 
222 aa  151  8e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1675  putative hydroxylase  38.67 
 
 
219 aa  149  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.899153  normal  0.0319364 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13621  putative hydroxylase  39.11 
 
 
222 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.436442  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>