More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2186 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01890  cyclomaltodextrin glucanotransferase  59.86 
 
 
564 aa  691    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.773956  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2186  alpha amylase, catalytic region  100 
 
 
576 aa  1209    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1022  alpha amylase catalytic region  52.51 
 
 
571 aa  591  1e-168  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1180  alpha amylase, catalytic region  27.62 
 
 
526 aa  180  8e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000265218  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1429  glycoside hydrolase, starch-binding  27.24 
 
 
642 aa  176  8e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.56449  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4622  alpha amylase catalytic region  27.32 
 
 
649 aa  175  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00204986 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0698  alpha amylase catalytic region  28.72 
 
 
510 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0747  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.83 
 
 
1891 aa  170  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1428  alpha amylase catalytic region  29.55 
 
 
838 aa  168  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000263704  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1514  alpha amylase catalytic region  29.3 
 
 
511 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0256  alpha amylase, catalytic region  29.59 
 
 
1005 aa  158  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1502  alpha amylase  27.66 
 
 
610 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001132  glycosyl hydrolase family 13  31.07 
 
 
885 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3416  alpha amylase catalytic region  27.75 
 
 
703 aa  154  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1170  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  28.29 
 
 
1855 aa  153  8e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2521  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.35 
 
 
1975 aa  153  8.999999999999999e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1375  alpha amylase, catalytic region  28.27 
 
 
593 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1746  alpha amylase, catalytic region  29.1 
 
 
1021 aa  147  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0173524 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0480  alpha amylase catalytic region  26.32 
 
 
1017 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1890  alpha amylase, catalytic region  28.11 
 
 
609 aa  147  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1481  alpha amylase catalytic region  27.14 
 
 
723 aa  147  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.653482  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3338  Type II secretory pathway pullulanase PulA and related glycosidase-like protein  25.82 
 
 
1942 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0998506 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0817  alpha amylase, catalytic region  25.13 
 
 
599 aa  141  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28060  alpha-1,6-glucosidase, pullulanase-type  27.45 
 
 
2068 aa  140  6e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.329007  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0953  alpha amylase, catalytic region  27.76 
 
 
814 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0761659  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0700  alpha amylase catalytic region  26.82 
 
 
767 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5089  alpha amylase catalytic region  27.85 
 
 
619 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000712833  normal  0.235138 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05090  putative alpha-amylase  25.77 
 
 
609 aa  135  1.9999999999999998e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1454  alpha amylase, catalytic region  24.91 
 
 
739 aa  134  3e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.137251  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1317  alpha amylase, catalytic domain protein  28.06 
 
 
620 aa  134  3.9999999999999996e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0183  alpha amylase, catalytic region  25.88 
 
 
600 aa  130  9.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0210  alpha amylase catalytic region  25.89 
 
 
741 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0538024  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0197  alpha amylase, catalytic region  25.64 
 
 
925 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1683  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 
836 aa  127  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.332102  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16160  alpha amylase catalytic region  24.79 
 
 
582 aa  124  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.135656  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1087  pullulanase family protein  27.02 
 
 
2638 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0985  putative alpha amylase  26.52 
 
 
604 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03388  alpha-amylase (Eurofung)  26.28 
 
 
462 aa  121  3.9999999999999996e-26  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.792359 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01888  putative alpha-amylase  26.83 
 
 
644 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0948  alpha amylase domain-containing protein  26.76 
 
 
752 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.216997  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03402  Alpha-amylasePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV09]  26.82 
 
 
623 aa  116  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.91072 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4138  Alpha amylase  24.78 
 
 
533 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.244711  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0660  alpha amylase, catalytic region  26.37 
 
 
484 aa  116  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4291  alpha amylase catalytic region  25.49 
 
 
528 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.57141  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4269  alpha amylase catalytic region  25.29 
 
 
528 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2969  alpha amylase catalytic region  25.05 
 
 
524 aa  114  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE03480  Alpha-amylase precursor, putative  26.67 
 
 
532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.389023  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1399  alpha amylase, catalytic region  27.54 
 
 
620 aa  111  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3419  hypothetical protein  23.4 
 
 
481 aa  111  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488491  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5853  alpha amylase catalytic region  25.52 
 
 
742 aa  110  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0389202  normal  0.176008 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1187  alpha amylase, catalytic region  25.16 
 
 
574 aa  109  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.649745  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK02760  Alpha-amylase A precursor, putative  27.06 
 
 
572 aa  109  2e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1510  alpha amylase catalytic region  22.77 
 
 
588 aa  108  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02018  Alpha-amylase AmyAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q9UV07]  25.07 
 
 
490 aa  105  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0693  alpha amylase catalytic region  22.83 
 
 
589 aa  103  8e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.544256  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1660  alpha amylase, catalytic region  25.72 
 
 
683 aa  103  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.500771 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04507  conserved hypothetical protein  25.59 
 
 
521 aa  102  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1458  alpha amylase, catalytic region  23.36 
 
 
644 aa  101  4e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.628846  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2883  alpha amylase catalytic region  25.1 
 
 
630 aa  100  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.917662  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1887  alpha amylase, catalytic region  25.44 
 
 
654 aa  99  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2207  alpha amylase catalytic region  23.88 
 
 
631 aa  97.8  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.247913  hitchhiker  0.0000287119 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3180  alpha amylase catalytic region  23.95 
 
 
635 aa  96.3  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000161809  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0802  glycosy hydrolase family protein  22.83 
 
 
610 aa  96.7  1e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.124248  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2135  alpha amylase, catalytic region  23.47 
 
 
665 aa  95.9  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.269478  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA01120  conserved hypothetical protein  25.38 
 
 
561 aa  94.7  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0180752  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2916  Alpha-amylase  23.81 
 
 
472 aa  94.7  4e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0794  alpha amylase catalytic region  22.43 
 
 
562 aa  94.4  5e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3073  alpha amylase catalytic region  23.86 
 
 
477 aa  94.4  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0959  a-glucosidase  24.32 
 
 
527 aa  94  6e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.766487  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2302  alpha amylase catalytic region  23.53 
 
 
786 aa  94.4  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.073428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1785  alpha amylase, catalytic region  24.42 
 
 
639 aa  92.8  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.48062  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0215  neopullulanase  23.9 
 
 
574 aa  93.6  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0425343  hitchhiker  0.000179088 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06324  alpha-amylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13460)  23.64 
 
 
559 aa  92.4  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.639353  normal  0.112793 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0795  alpha amylase, catalytic region  23.62 
 
 
575 aa  91.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0209  alpha amylase catalytic region  23.05 
 
 
587 aa  90.1  9e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.214929  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2031  alpha amylase, catalytic region  24.1 
 
 
641 aa  90.1  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2667  alpha amylase catalytic region  26.63 
 
 
853 aa  89.7  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.749886 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0789  cymH protein  22.31 
 
 
610 aa  89.7  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1712  alpha amylase, catalytic region  24.29 
 
 
481 aa  89  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1613  alpha amylase, catalytic region  23.76 
 
 
589 aa  89.4  2e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.050548  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4343  alpha amylase catalytic region  24.64 
 
 
481 aa  89.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0611  alpha amylase, catalytic region  22.26 
 
 
496 aa  88.2  3e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.132901 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05100  alpha-amylase  22.78 
 
 
762 aa  88.6  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.443393  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0362  alpha amylase catalytic region  22.44 
 
 
623 aa  88.6  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000617875  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4090  alpha amylase catalytic region  29.66 
 
 
614 aa  88.2  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.904888  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2739  alpha amylase, catalytic region  28.85 
 
 
622 aa  88.2  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.48913  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1675  alpha amylase catalytic region  26.07 
 
 
499 aa  87.8  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3133  periplasmic alpha-amylase precursor  24.14 
 
 
687 aa  87.4  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.21513  normal  0.0265446 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0534  alpha amylase catalytic region  23.69 
 
 
487 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.595542  normal  0.941542 
 
 
-
 
NC_006681  CNL03660  alpha-amylase AmyA, putative  25.23 
 
 
606 aa  86.3  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH03660  alpha-amylase AmyA, putative  25.23 
 
 
606 aa  86.3  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1318  alpha amylase catalytic region  23.06 
 
 
486 aa  85.9  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.844059  normal  0.130735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2289  alpha amylase, catalytic region  22.79 
 
 
765 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0347  alpha amylase catalytic region  25.13 
 
 
522 aa  85.5  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.242051  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4258  alpha amylase catalytic region  22.88 
 
 
541 aa  84.7  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.256991  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4280  alpha amylase catalytic region  23.26 
 
 
541 aa  85.1  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1119  alpha-amylase  23.26 
 
 
586 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0181074  normal  0.698294 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4120  alpha-amylase  23.26 
 
 
586 aa  84.3  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000171258  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2092  alpha amylase catalytic subunit  23.12 
 
 
484 aa  84.3  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0253645  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21691  glycoside hydrolase family protein  23.18 
 
 
483 aa  84.3  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0470032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>