81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2148 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2148  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 		 133 aa  266  7e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00994  DNA-binding protein, H-NS family  64.62 
 
 		 132 aa  137  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000272824  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3237  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  48.48 
 
 		 131 aa  120  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1444  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.73 
 
 		 130 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.292783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1351  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.21 
 
 		 130 aa  115  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0110439  hitchhiker  0.00767889 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3146  H-NS family DNA-binding protein  46.21 
 
 		 130 aa  114  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2512  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.7 
 
 		 130 aa  113  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00123836  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2856  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.38 
 
 		 130 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2749  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.27 
 
 		 136 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000604606  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.21 
 
 		 130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2540  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  48.12 
 
 		 135 aa  107  6e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000233995  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2996  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.45 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.18601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2867  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.45 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00308675  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1416  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.41 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00233677  normal  0.422691 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2848  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.45 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000899352  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1510  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.45 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000161891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1404  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.7 
 
 		 130 aa  104  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000773951  normal  0.9865 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4476  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.64 
 
 		 132 aa  86.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00112117  normal  0.570223 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3053  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.64 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0965485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01827  hypothetical protein  37.04 
 
 		 135 aa  84  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1152  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.59 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2575  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.83 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2605  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.88 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.730726  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1168  H-NS family DNA-binding protein  42.42 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.827071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2842  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.35 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00137778  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003852  DNA-binding protein H-NS  38.52 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0195644  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2199  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.3 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.927569  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1957  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.3 
 
 		 135 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2706  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  34.07 
 
 		 135 aa  74.3  0.0000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000160031  hitchhiker  0.000198201 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1966  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  34.81 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.695002  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0700  DNA-binding protein VicH  38.52 
 
 		 137 aa  73.6  0.0000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2167  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  34.81 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.317545  normal  0.0612895 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2074  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  34.81 
 
 		 135 aa  73.6  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.944345  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2329  H-NS histone family protein  32.35 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.1305  hitchhiker  0.00000000912792 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0787  DNA-binding protein H-NS  34.59 
 
 		 134 aa  71.6  0.000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.123185  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1981  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.295466  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1754  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.11 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01223  hypothetical protein  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1722  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.344605  normal  0.876204 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1402  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.844413  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2390  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393969  hitchhiker  0.00000150062 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1904  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.300661  normal  0.199286 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1345  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000969162  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1386  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.44738  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2412  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00877695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01213  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  35.56 
 
 		 137 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.982069  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0122  DNA binding protein  35.2 
 
 		 130 aa  68.6  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2145  DNA binding protein, global metabolism regulator  34.45 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.110406  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3102  DNA binding protein, nucleoid-associated  35.71 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.669725  normal  0.844597 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2913  DNA binding protein, nucleoid-associated  35.71 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2997  DNA binding protein, nucleoid-associated  35.71 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.185251  normal  0.0364479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2980  DNA binding protein, nucleoid-associated  35.71 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.681217  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2945  DNA binding protein, nucleoid-associated  35.71 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.14201 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2282  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  31.85 
 
 		 135 aa  66.2  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2306  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 137 aa  66.6  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.283331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1884  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.400402  normal  0.276243 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1941  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.118204  normal  0.862978 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1394  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00484483  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1878  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1577  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  33.33 
 
 		 137 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0306  global DNA-binding transcriptional dual regulator H-NS  31.62 
 
 		 136 aa  64.3  0.0000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.265101  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3149  DNA binding protein, nucleoid-associated  31.34 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000112797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2804  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.84 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1014  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02525  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02489  hypothetical protein  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3911  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.268261 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2949  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3212  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1037  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2789  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.09 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0019  H-NS histone family  29.85 
 
 		 141 aa  57  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0123  DNA-binding protein H-NS  31.85 
 
 		 141 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.577813  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0766  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.71 
 
 		 132 aa  51.2  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  37.37 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  36.36 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  36.08 
 
 		 102 aa  43.9  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.11 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.11 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0005  DNA-binding protein H-NS family  27.78 
 
 		 154 aa  42.4  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000922105  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2525  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.14 
 
 		 105 aa  42  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.16284e-21  normal  0.0335348 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>