46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2069 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2069  hypothetical protein  100 
 
 
169 aa  352  2e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.860685  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02059  hypothetical protein  47.73 
 
 
136 aa  135  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0309564  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2421  hypothetical protein  41.56 
 
 
159 aa  132  3e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000019522  hitchhiker  0.0000597978 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1965  hypothetical protein  39.38 
 
 
159 aa  131  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0441287  hitchhiker  0.00747997 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2010  hypothetical protein  39.38 
 
 
159 aa  131  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.7151  hitchhiker  0.0000000218476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2111  hypothetical protein  38.75 
 
 
159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0125675  normal  0.439118 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2215  hypothetical protein  42.21 
 
 
159 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2360  hypothetical protein  39.38 
 
 
159 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1955  hypothetical protein  37.5 
 
 
159 aa  127  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4491  hypothetical protein  37.5 
 
 
159 aa  127  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2205  hypothetical protein  37.5 
 
 
159 aa  127  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000648455  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2218  FixH family protein  37.5 
 
 
159 aa  127  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000107723  normal  0.262881 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2014  hypothetical protein  38.96 
 
 
159 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0149983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1989  hypothetical protein  40.26 
 
 
159 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.667905  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2166  hypothetical protein  36.88 
 
 
159 aa  125  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000514786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2216  hypothetical protein  36.88 
 
 
159 aa  125  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0316699  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2218  hypothetical protein  39.61 
 
 
159 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0257547  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1795  hypothetical protein  39.07 
 
 
159 aa  123  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.390885  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0935  hypothetical protein  39.1 
 
 
159 aa  120  7e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.742864 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1847  hypothetical protein  42.76 
 
 
158 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.227491  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1049  hypothetical protein  37.82 
 
 
158 aa  113  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003471  hypothetical protein  37.5 
 
 
158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0601301  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1567  hypothetical protein  35.48 
 
 
161 aa  111  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02299  hypothetical protein  36.91 
 
 
158 aa  105  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0637  FixH family protein  38.26 
 
 
166 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1991  hypothetical protein  30.32 
 
 
164 aa  99.4  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1282  FixH family protein  30.38 
 
 
169 aa  98.6  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19960  cytochrome c oxidase accessory protein CcoH  34.48 
 
 
167 aa  92  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177196  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0718  hypothetical protein  29.56 
 
 
173 aa  90.5  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.388417  normal  0.280155 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1789  hypothetical protein  31.14 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.200799  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0638  hypothetical protein  29.49 
 
 
175 aa  89  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0105694  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1608  hypothetical protein  34.21 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.148481  normal  0.0232786 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3578  hypothetical protein  34.21 
 
 
175 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4260  hypothetical protein  34.21 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3825  hypothetical protein  34.64 
 
 
175 aa  84  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2609  hypothetical protein  30.43 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00411707  normal  0.558054 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1817  hypothetical protein  30.99 
 
 
179 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3782  hypothetical protein  31.51 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.222956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3420  hypothetical protein  28.57 
 
 
178 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.300528  normal  0.0548017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1997  hypothetical protein  29.24 
 
 
178 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.591704  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44430  hypothetical protein  30.82 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337511  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2417  hypothetical protein  25.13 
 
 
190 aa  68.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1876  hypothetical protein  26.39 
 
 
185 aa  62.4  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0773  hypothetical protein  25.81 
 
 
193 aa  45.4  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0360313  normal  0.913908 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0779  hypothetical protein  25.27 
 
 
193 aa  42.4  0.003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.128656  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1527  FixH family protein  25.17 
 
 
171 aa  41.6  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>