64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1683 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1683  phytanoyl-CoA dioxygenase  100 
 
 
275 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2748  hypothetical protein  44.78 
 
 
276 aa  235  6e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2621  hypothetical protein  44.4 
 
 
276 aa  232  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35257  predicted protein  44.4 
 
 
296 aa  229  3e-59  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.109347  normal  0.178855 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_43511  predicted protein  33.68 
 
 
301 aa  169  4e-41  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.288196 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_29381  predicted protein  34.42 
 
 
329 aa  165  8e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.575053  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03700  conserved hypothetical protein  36.68 
 
 
299 aa  159  3e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.183271  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04647  phytanoyl-CoA dioxygenase family protein (AFU_orthologue; AFUA_2G01850)  35.79 
 
 
313 aa  156  4e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0578  hypothetical protein  29.12 
 
 
310 aa  97.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0554  hypothetical protein  29.02 
 
 
310 aa  95.1  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2128  Phytanoyl-CoA dioxygenase  35.03 
 
 
296 aa  75.5  0.0000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0950  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.4 
 
 
230 aa  69.3  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.977141  normal  0.257278 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4113  Phytanoyl-CoA dioxygenase  36.57 
 
 
300 aa  69.3  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0567  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.81 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.584768 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0673  Phytanoyl-CoA dioxygenase  33.33 
 
 
280 aa  65.9  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3392  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.93 
 
 
260 aa  61.2  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.325628 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5543  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.38 
 
 
282 aa  60.1  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401437  normal  0.0790883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1403  Phytanoyl-CoA dioxygenase  31.54 
 
 
293 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.144927  normal  0.75907 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1903  Phytanoyl-CoA dioxygenase  26.52 
 
 
254 aa  59.7  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.825715  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1259  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  28.31 
 
 
253 aa  58.2  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199096 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1961  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.18 
 
 
260 aa  56.2  0.0000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00281638  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23361  hypothetical protein  27.4 
 
 
302 aa  55.8  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4055  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.66 
 
 
265 aa  55.8  0.0000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.14003  normal  0.288742 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0914  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.86 
 
 
394 aa  53.5  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2811  Phytanoyl-CoA dioxygenase  30.86 
 
 
394 aa  53.5  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.124113  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3118  Phytanoyl-CoA dioxygenase  31.15 
 
 
257 aa  53.5  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00211764  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46163  predicted protein  30.54 
 
 
326 aa  53.9  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.911457  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6323  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.94 
 
 
239 aa  53.5  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2862  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.79 
 
 
268 aa  50.8  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5139  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.57 
 
 
320 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0463387  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0790  mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin biosynthesis protein  28.38 
 
 
300 aa  50.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2103  Phytanoyl-CoA dioxygenase  38.18 
 
 
283 aa  49.3  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.549141 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1638  Phytanoyl-CoA dioxygenase  25.14 
 
 
273 aa  49.3  0.00007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4554  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.42 
 
 
276 aa  47  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.762546  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4437  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.35 
 
 
285 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1483  phytanoyl-CoA dioxygenase  21.25 
 
 
269 aa  47  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4030  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.63 
 
 
263 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0676207  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1224  Phytanoyl-CoA dioxygenase  20.16 
 
 
253 aa  46.6  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.335805  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3916  Phytanoyl-CoA dioxygenase  22.63 
 
 
263 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29130  protein involved in biosynthesis of mitomycin antibiotics/polyketide fumonisin  29.84 
 
 
289 aa  46.6  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05217  hydroxylase protein  28.57 
 
 
263 aa  46.6  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5568  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.46 
 
 
270 aa  46.2  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.172876  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1946  Phytanoyl-CoA dioxygenase  23.91 
 
 
372 aa  46.2  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1372  Phytanoyl-CoA dioxygenase  28.57 
 
 
275 aa  46.2  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1060  hypothetical protein  26.63 
 
 
276 aa  45.8  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247283  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4972  Phytanoyl-CoA dioxygenase  27.7 
 
 
277 aa  45.4  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.170605  hitchhiker  0.00000000026195 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3627  putative deoxygenase  23.27 
 
 
281 aa  45.8  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0067  Phytanoyl-CoA dioxygenase  29.08 
 
 
271 aa  44.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1994  phytanoyl-CoA dioxygenase  29.93 
 
 
259 aa  44.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.73105 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3060  hypothetical protein  21.67 
 
 
268 aa  44.7  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000784438  hitchhiker  0.000216713 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1544  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.31 
 
 
303 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.149771  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3127  phytanoyl-CoA dioxygenase  24.71 
 
 
257 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6285  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.31 
 
 
303 aa  44.3  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142673  normal  0.594182 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2465  phytanoyl-CoA dioxygenase  28.57 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3079  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.47 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3014  phytanoyl-CoA dioxygenase  26.02 
 
 
275 aa  43.5  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.347351  normal  0.0815501 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3097  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.47 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.820493 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2990  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.7 
 
 
257 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281214  normal  0.032087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6429  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.5 
 
 
281 aa  43.9  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41990  Phytanoyl-CoA dioxygenase  24 
 
 
248 aa  43.5  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6945  phytanoyl-CoA dioxygenase  25.31 
 
 
303 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.979271  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3076  phytanoyl-CoA dioxygenase  27.47 
 
 
257 aa  43.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183167 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2610  chlorinating enzyme  28.3 
 
 
310 aa  42.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0249054  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0782  phytanoyl-CoA dioxygenase  23.9 
 
 
274 aa  42  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>