84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1475 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1475  FG-GAP  100 
 
 
645 aa  1311    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2651  ATPase  45.03 
 
 
752 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000453711  normal  0.013056 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0890  hypothetical protein  30.29 
 
 
646 aa  237  6e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0911  hypothetical protein  26.71 
 
 
664 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4587  ASPIC/UnbV domain protein  26.93 
 
 
878 aa  110  9.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2275  FG-GAP repeat-containing protein  24.73 
 
 
604 aa  80.1  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.645045 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2356  ASPIC/UnbV domain-containing protein  29.86 
 
 
455 aa  78.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.57211  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1682  TPR repeat-containing protein  30.05 
 
 
1127 aa  72.8  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.592663 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0931  hypothetical protein  34.04 
 
 
499 aa  72  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246665  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3123  ASPIC/UnbV domain-containing protein  27.14 
 
 
453 aa  69.7  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1753  ASPIC/UnbV domain protein  27.36 
 
 
577 aa  68.6  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1747  ASPIC/UnbV domain protein  25.46 
 
 
554 aa  68.2  0.0000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.302243  normal  0.511021 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5445  FG-GAP repeat protein  23.46 
 
 
1203 aa  64.3  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0909  ASPIC/UnbV  30.94 
 
 
593 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442824  normal  0.0377132 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0319  ASPIC/UnbV  23.23 
 
 
649 aa  63.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0713421  normal  0.920136 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00200  hypothetical protein  27.62 
 
 
655 aa  63.2  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.846168  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0294  integrins alpha chain  25.27 
 
 
685 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0294  integrins alpha chain  25.27 
 
 
685 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0824  ASPIC/UnbV  28.42 
 
 
556 aa  62.4  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.853245 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3034  ASPIC/UnbV domain protein  26.72 
 
 
1129 aa  61.2  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.721984 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2327  FG-GAP repeat-containing protein  28.47 
 
 
803 aa  60.5  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.50278  decreased coverage  0.00347389 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2331  ASPIC/UnbV domain-containing protein  25.71 
 
 
585 aa  60.5  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092125 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2942  ASPIC/UnbV domain-containing protein  27.86 
 
 
546 aa  60.5  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2997  hypothetical protein  27.96 
 
 
585 aa  60.5  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0217455  hitchhiker  0.0000181877 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2951  ASPIC/UnbV domain-containing protein  26.94 
 
 
596 aa  60.5  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0418906  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1690  integrin-like protein  29.41 
 
 
562 aa  59.7  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0343612 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3029  ASPIC/UnbV domain protein  25.95 
 
 
1088 aa  59.3  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0208708  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2932  ASPIC/UnbV domain-containing protein  26.11 
 
 
574 aa  59.7  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0476681  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2324  ASPIC/UnbV domain-containing protein  26.43 
 
 
1114 aa  59.7  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426991 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1751  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  33.99 
 
 
737 aa  58.9  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.830192  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1795  ASPIC/UnbV domain-containing protein  28.81 
 
 
1228 aa  58.9  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.482089  normal  0.316892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2897  hypothetical protein  28.33 
 
 
1575 aa  58.5  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0255386  normal  0.161029 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1438  ASPIC/UnbV domain protein  30.05 
 
 
593 aa  58.2  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4948  ASPIC/UnbV domain protein  26.98 
 
 
1183 aa  58.2  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571754  normal  0.80828 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  27.46 
 
 
1019 aa  57  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4979  secreted protein containing FG-GAP repeats  30.17 
 
 
1098 aa  57  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.55758 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1759  ASPIC/UnbV domain protein  29 
 
 
1098 aa  56.6  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.208023  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0847  ASPIC/UnbV domain protein  28.57 
 
 
482 aa  55.8  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1684  ASPIC/UnbV  27.48 
 
 
573 aa  55.1  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.478922 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1623  ASPIC/UnbV domain-containing protein  32 
 
 
551 aa  55.1  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1026  C-type lectin  30.4 
 
 
4379 aa  54.3  0.000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1797  ASPIC/UnbV domain-containing protein  24.57 
 
 
1246 aa  54.3  0.000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.164789 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2769  ASPIC/UnbV domain-containing protein  25.58 
 
 
1040 aa  53.9  0.000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.791466  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2953  ASPIC/UnbV domain-containing protein  31.01 
 
 
1170 aa  53.9  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0362405  normal  0.571112 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0920  ASPIC/UnbV  29.78 
 
 
604 aa  53.5  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.0180008 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1617  ASPIC/UnbV domain-containing protein  28.76 
 
 
600 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5653  FG-GAP repeat protein  25.09 
 
 
1208 aa  52  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2319  ASPIC/UnbV domain-containing protein  27.38 
 
 
1192 aa  51.2  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.236252  normal  0.0252838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6727  ASPIC/UnbV domain protein  32.84 
 
 
1109 aa  51.2  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000293093  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0118  hypothetical protein  23.25 
 
 
691 aa  50.8  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0385  integrin like protein  26.92 
 
 
974 aa  50.8  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.459486 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1747  ASPIC/UnbV domain protein  28.16 
 
 
574 aa  50.8  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1678  ASPIC/UnbV domain-containing protein  26.72 
 
 
1066 aa  50.4  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0425  hypothetical protein  27.06 
 
 
569 aa  50.8  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.324197  normal  0.0116192 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3233  ASPIC/UnbV domain-containing protein  29.79 
 
 
1189 aa  50.1  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.017854 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3677  FG-GAP repeat-containing protein  30.98 
 
 
639 aa  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.431632  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1255  hypothetical protein  29.38 
 
 
566 aa  50.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.450308  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0919  ASPIC/UnbV  25.63 
 
 
583 aa  50.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.480457  normal  0.0168128 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0518  ASPIC/UnbV domain-containing protein  29.72 
 
 
1193 aa  50.4  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.966806  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0666  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  27.16 
 
 
891 aa  50.1  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4738  ASPIC/UnbV domain protein  35.8 
 
 
1127 aa  49.3  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.411918 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0746  Integrins alpha chain  23.13 
 
 
681 aa  48.9  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0601  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  27.87 
 
 
1118 aa  48.5  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0491  ASPIC/UnbV domain-containing protein  28.12 
 
 
1236 aa  48.5  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.115917 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1814  FG-GAP repeat-containing protein  26.29 
 
 
554 aa  48.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000122942  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4093  integrin-like protein  27.15 
 
 
494 aa  48.1  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.588322 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  23.79 
 
 
1126 aa  48.1  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  28.74 
 
 
8871 aa  47.8  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  28.88 
 
 
813 aa  47.4  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  23.79 
 
 
1557 aa  46.6  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3201  ASPIC/UnbV domain-containing protein  27.27 
 
 
1226 aa  45.8  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.949082  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1387  integrin-like protein  25.98 
 
 
1490 aa  45.4  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.051369 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4100  hypothetical protein  29.63 
 
 
215 aa  44.7  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00402166  normal  0.295207 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2002  hypothetical protein  26.6 
 
 
492 aa  44.7  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.583711  normal  0.178712 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3594  integrin-like protein  22.48 
 
 
485 aa  44.7  0.006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  26.56 
 
 
2807 aa  44.3  0.006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2274  integrin-like protein  25.33 
 
 
469 aa  44.3  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.474236  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1256  FG-GAP repeat protein  25.38 
 
 
590 aa  44.3  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0391687  normal  0.0156226 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1928  FG-GAP repeat-containing protein  24.53 
 
 
872 aa  43.9  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5057  ASPIC/UnbV domain protein  25.21 
 
 
1166 aa  44.3  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.279918 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4767  FG-GAP repeat protein  21.65 
 
 
951 aa  43.9  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.47375  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2893  FG-GAP repeat-containing protein  23.91 
 
 
566 aa  43.9  0.009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4018  integrin-like protein  26.61 
 
 
1275 aa  43.9  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2273  integrin-like protein  27 
 
 
472 aa  43.9  0.01  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.328252  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>