193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1328 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1328  hypothetical protein  100 
 
 
423 aa  885    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01433  putative dehydrogenase  60.71 
 
 
421 aa  540  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.923495  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003863  amine oxidase flavin-containing  58 
 
 
436 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01816  hypothetical protein  57.28 
 
 
436 aa  504  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0958  amine oxidase, flavin-containing  57.82 
 
 
415 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0638  hypothetical protein  57.52 
 
 
426 aa  495  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000186691  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1068  amine oxidase  55.34 
 
 
415 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1118  amine oxidase, flavin-containing protein  55.45 
 
 
415 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4739  amine oxidase  55.92 
 
 
415 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.290105 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3173  amine oxidase  54.5 
 
 
415 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0714711  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2736  amine oxidase  54.5 
 
 
415 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142464  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1168  amine oxidase  55.92 
 
 
416 aa  475  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1239  amine oxidase  55.92 
 
 
416 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1169  amine oxidase  55.92 
 
 
416 aa  475  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3208  amine oxidase  56.16 
 
 
416 aa  477  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.884279 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3065  amine oxidase  55.69 
 
 
416 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3051  amine oxidase  55.69 
 
 
416 aa  473  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1312  amine oxidase  55.69 
 
 
416 aa  474  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2711  amine oxidase  55.45 
 
 
416 aa  474  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3017  amine oxidase  54.27 
 
 
415 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2774  amine oxidase  55.08 
 
 
417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.858792  normal  0.589984 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1482  amine oxidase  55.32 
 
 
417 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3370  amine oxidase  55.08 
 
 
417 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3381  hypothetical protein  55.45 
 
 
416 aa  464  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3033  amine oxidase  53.88 
 
 
422 aa  462  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.567673  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0814  hypothetical protein  56.97 
 
 
420 aa  464  1e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2098  amine oxidase  52.37 
 
 
415 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1001  amine oxidase  53.07 
 
 
418 aa  454  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.880623  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2098  amine oxidase  51.18 
 
 
422 aa  432  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2468  amine oxidase, flavin-containing  53.52 
 
 
422 aa  429  1e-119  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1383  hypothetical protein  52.31 
 
 
436 aa  428  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.152417  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0462  FAD dependent oxidoreductase  50.84 
 
 
441 aa  428  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4072  amine oxidase  50.59 
 
 
416 aa  422  1e-117  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.693433  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1485  amine oxidase  49.65 
 
 
421 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.584042  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1177  FAD dependent oxidoreductase  51.08 
 
 
420 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.909891  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1489  amine oxidase  49.52 
 
 
419 aa  412  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0739  hypothetical protein  46.05 
 
 
570 aa  393  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0728  FAD dependent oxidoreductase  45.75 
 
 
570 aa  394  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0404381  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0129  hypothetical protein  48.46 
 
 
414 aa  392  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0273  amine oxidase  47.62 
 
 
449 aa  385  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1867  amine oxidase  46.25 
 
 
425 aa  388  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2327  hypothetical protein  46.6 
 
 
414 aa  374  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1176  amine oxidase  41.33 
 
 
577 aa  374  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1956  amine oxidase  44.82 
 
 
425 aa  370  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.130753 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1616  amine oxidase  43.17 
 
 
426 aa  363  3e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0088  amine oxidase flavin-containing  43.06 
 
 
435 aa  355  1e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0236  putative dehydrogenase  43.66 
 
 
441 aa  355  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4724  amine oxidase  42.89 
 
 
421 aa  352  5e-96  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.519629  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0462  amine oxidase  43.16 
 
 
439 aa  352  7e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0490  amine oxidase:FAD dependent oxidoreductase  42.55 
 
 
439 aa  351  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.599363  normal  0.908175 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3433  putative dehydrogenase  42.96 
 
 
433 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6583  FAD dependent oxidoreductase  41.57 
 
 
435 aa  342  9e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2398  FAD dependent oxidoreductase  42.76 
 
 
434 aa  340  2e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1045  FAD dependent oxidoreductase  42.55 
 
 
433 aa  341  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.687688 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2971  FAD dependent oxidoreductase  42.76 
 
 
434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.719857  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01779  dehydrogenase  40.1 
 
 
409 aa  339  5e-92  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0510493  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5886  amine oxidase  42.02 
 
 
448 aa  337  2.9999999999999997e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.38953 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1390  amine oxidase  42.89 
 
 
445 aa  333  4e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1449  amine oxidase  41.31 
 
 
434 aa  332  6e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5828  amine oxidase  42.52 
 
 
434 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1053  FAD dependent oxidoreductase  41.53 
 
 
457 aa  332  8e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.982413  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0350  amine oxidase  39.72 
 
 
423 aa  325  7e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1890  amine oxidase  41.97 
 
 
433 aa  323  4e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1971  amine oxidase  41.06 
 
 
462 aa  322  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6096  FAD dependent oxidoreductase  39.09 
 
 
430 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0754929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1869  amine oxidase  39.24 
 
 
462 aa  317  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.773785 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1622  amine oxidase  39.95 
 
 
443 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2253  amine oxidase  38.37 
 
 
451 aa  317  4e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1802  FAD dependent oxidoreductase  38.42 
 
 
457 aa  317  4e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000561447 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0723  amine oxidase  40.1 
 
 
461 aa  312  9e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.885481  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1555  amine oxidase  40.29 
 
 
445 aa  311  2e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.5068 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4842  amine oxidase  39.29 
 
 
458 aa  308  8e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.265562  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2025  amine oxidase  41.15 
 
 
447 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0911  amine oxidase  40.25 
 
 
447 aa  305  7e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.324822  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2437  amine oxidase  39.14 
 
 
424 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1443  amine oxidase  39.23 
 
 
443 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.383199 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3571  amine oxidase  39.67 
 
 
461 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.689303  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0367  amine oxidase  40.52 
 
 
434 aa  296  5e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4020  FAD dependent oxidoreductase  38.81 
 
 
430 aa  294  2e-78  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3930  hypothetical protein  38.41 
 
 
437 aa  294  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.562242 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1250  amine oxidase  36.02 
 
 
428 aa  286  4e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00507419  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2840  amine oxidase  37.7 
 
 
437 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167776  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0298  amine oxidase  35.93 
 
 
429 aa  286  5e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2937  FAD dependent oxidoreductase  36.75 
 
 
430 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.187359  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4269  amine oxidase  36.26 
 
 
445 aa  281  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1091  putative cyclopropane/cyclopropene fatty acid synthesis protein, flavin amine oxidase  38.33 
 
 
430 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.432347  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2754  amine oxidase  38.33 
 
 
430 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.820351  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2919  amine oxidase  37.03 
 
 
413 aa  280  5e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104763  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0414  FAD dependent oxidoreductase  40.1 
 
 
443 aa  279  8e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.308842  normal  0.291599 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2556  FAD dependent oxidoreductase  37 
 
 
437 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0108905  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2567  amine oxidase  37.24 
 
 
437 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.266165 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1239  FAD dependent oxidoreductase  35.93 
 
 
424 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0355742  normal  0.450606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4537  hypothetical protein  36.32 
 
 
667 aa  275  1.0000000000000001e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.229647  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2904  amine oxidase  36.77 
 
 
437 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_2019  predicted protein  37.61 
 
 
877 aa  273  5.000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0204163 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2362  amine oxidase  35.65 
 
 
454 aa  269  5.9999999999999995e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3583  amine oxidase  34.46 
 
 
421 aa  256  5e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.198117  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2122  amine oxidase  33.41 
 
 
465 aa  251  2e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000160745 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10455  hypothetical protein  33.41 
 
 
439 aa  249  6e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0102  amine oxidase  34.35 
 
 
465 aa  237  4e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0245457  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>