201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1033 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1033  endonuclease I  100 
 
 
1503 aa  3029    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.8795  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2634  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  44.58 
 
 
1310 aa  612  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1477  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.29 
 
 
947 aa  571  1e-161  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01224  extracellular ribonuclease/nuclease fusion protein  42.4 
 
 
1346 aa  560  1e-158  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1844  extracellular nuclease, putative  44.57 
 
 
948 aa  546  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1534  PKD domain-containing protein  44.94 
 
 
948 aa  544  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.97112  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1595  PKD domain-containing protein  45.05 
 
 
948 aa  543  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.230765  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2170  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.49 
 
 
945 aa  546  1e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.160261 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1819  PKD domain-containing protein  43.74 
 
 
944 aa  539  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1601  PKD domain-containing protein  44.33 
 
 
948 aa  536  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.156806 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5031  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.1 
 
 
1075 aa  535  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0324828  normal  0.671967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2467  PKD domain containing protein  43.49 
 
 
944 aa  531  1e-149  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.183397  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1622  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.89 
 
 
944 aa  531  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1811  PKD domain-containing protein  43.74 
 
 
944 aa  533  1e-149  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1858  PKD domain-containing protein  43.49 
 
 
944 aa  533  1e-149  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1911  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.77 
 
 
940 aa  524  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000962851  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2272  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.95 
 
 
942 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000211243  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1707  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.06 
 
 
955 aa  514  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1201  PKD domain-containing protein  41.96 
 
 
780 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0358  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.65 
 
 
826 aa  493  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13340  extracellular nuclease  42.09 
 
 
780 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0905495  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01770  predicted extracellular nuclease  40.17 
 
 
863 aa  482  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.609758  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2828  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.51 
 
 
1641 aa  454  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2774  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.88 
 
 
1641 aa  450  1e-125  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0508724  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0758  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.64 
 
 
818 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0350969 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2843  extracellular nuclease-like  39.35 
 
 
945 aa  450  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0894144  normal  0.737872 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4989  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.67 
 
 
848 aa  448  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170324  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0419  endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.03 
 
 
1052 aa  443  1e-123  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0131268  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0828  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.26 
 
 
818 aa  436  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.182782 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0270  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.09 
 
 
641 aa  429  1e-118  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.527105  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1568  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.41 
 
 
942 aa  427  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.10217  normal  0.0647375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.48 
 
 
2346 aa  420  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2637  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  44.28 
 
 
624 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.541694  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0259  putative extracellular nuclease  44.28 
 
 
624 aa  416  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1440  putative extracellular nuclease  44.28 
 
 
624 aa  416  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1637  putative extracellular nuclease  44.28 
 
 
624 aa  416  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2498  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  44.28 
 
 
624 aa  416  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.209723  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0292  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  44.28 
 
 
624 aa  416  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.262594  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1683  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.76 
 
 
1148 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1701  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.04 
 
 
1148 aa  406  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.427243  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3357  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.2 
 
 
604 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5193  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.91 
 
 
603 aa  405  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.79221  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.05 
 
 
653 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240387  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2760  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.29 
 
 
604 aa  403  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4749  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.29 
 
 
604 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5194  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.03 
 
 
604 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.337928  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3418  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.29 
 
 
604 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4098  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.12 
 
 
604 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.535753 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0532  extracellular nuclease, putative  44.05 
 
 
622 aa  400  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3711  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.24 
 
 
600 aa  384  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187879  normal  0.194712 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2286  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.92 
 
 
621 aa  383  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.127089 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1104  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.5 
 
 
601 aa  383  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.604194 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0934  extracellular nuclease  45.1 
 
 
514 aa  379  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0972  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.61 
 
 
1266 aa  376  1e-102  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.705534  normal  0.368107 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5536  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.58 
 
 
627 aa  377  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.8971  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3810  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.42 
 
 
599 aa  348  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.193506 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4553  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.42 
 
 
620 aa  347  7e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3714  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.33 
 
 
620 aa  345  5e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.495775 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4713  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.68 
 
 
1284 aa  342  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.814549 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3284  extracellular nuclease-like protein  40.14 
 
 
795 aa  333  1e-89  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512865  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1361  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.7 
 
 
573 aa  314  6.999999999999999e-84  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.153605  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3281  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.68 
 
 
1123 aa  309  3e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.310372  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2372  5'-Nucleotidase domain protein  37.46 
 
 
2796 aa  300  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.308667 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  36.72 
 
 
2667 aa  290  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0904  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.12 
 
 
870 aa  284  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00895191  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002273  predicted extracellular nuclease  32.6 
 
 
984 aa  280  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1364  putative exported nuclease  31.9 
 
 
890 aa  281  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0110  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.04 
 
 
586 aa  280  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.738543  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3009  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.65 
 
 
876 aa  281  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00148055  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0941  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.03 
 
 
870 aa  278  4e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.578163  normal  0.129599 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3033  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.03 
 
 
870 aa  278  6e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.441038  normal  0.600162 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0890  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.27 
 
 
870 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.298934  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2945  extracellular nuclease  31.23 
 
 
865 aa  275  3e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.172583 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2198  hypothetical protein  30.98 
 
 
869 aa  275  6e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3472  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.27 
 
 
870 aa  274  8.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0137942  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3193  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.33 
 
 
871 aa  274  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00309211  normal  0.0976082 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3595  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.27 
 
 
870 aa  273  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0433948  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3397  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.15 
 
 
870 aa  273  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00146831  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3943  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.75 
 
 
885 aa  273  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.439448 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00081  nuclease  31.4 
 
 
982 aa  273  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3718  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.64 
 
 
870 aa  270  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  36.39 
 
 
2775 aa  270  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1066  extracellular nuclease  32.38 
 
 
871 aa  266  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2906  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.91 
 
 
873 aa  266  3e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.435339  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0825  5'-Nucleotidase domain protein  35.9 
 
 
1512 aa  257  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0097  endonuclease I  53.06 
 
 
558 aa  254  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4257  endonuclease I  53.06 
 
 
558 aa  254  1e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3944  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.15 
 
 
892 aa  253  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000110843  normal  0.791963 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3396  endonuclease I  54.71 
 
 
539 aa  253  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2322  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.92 
 
 
929 aa  251  6e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.451149  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1877  Endonuclease I  51.05 
 
 
388 aa  249  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3289  endonuclease I  52.08 
 
 
542 aa  249  4e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363328  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1737  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.52 
 
 
570 aa  248  4e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.979917  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3886  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.66 
 
 
894 aa  249  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000584422 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3615  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.12 
 
 
868 aa  244  7.999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.705484  normal  0.0425486 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3021  endonuclease I  54.3 
 
 
553 aa  243  2e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00455766  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1631  5'-Nucleotidase domain protein  33.69 
 
 
1652 aa  241  8e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.453464  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0677  5'-nucleotidase domain-containing protein  33.76 
 
 
1525 aa  238  5.0000000000000005e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.608053  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0364  5'-Nucleotidase domain protein  34.45 
 
 
1577 aa  238  8e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.381679  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3091  5'-Nucleotidase domain protein  32.55 
 
 
1577 aa  237  1.0000000000000001e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>