134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0774 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0774  hypothetical protein  100 
 
 
321 aa  628  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.834381  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03168  permease of the drug/metabolite transporter  55.33 
 
 
347 aa  308  6.999999999999999e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11064  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2155  hypothetical protein  53.8 
 
 
307 aa  295  8e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3359  hypothetical protein  46.1 
 
 
311 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1701  hypothetical protein  45.03 
 
 
330 aa  225  9e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.228923  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1897  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.58 
 
 
319 aa  210  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0475  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.49 
 
 
381 aa  203  3e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00200  predicted permease, DMT superfamily  45.55 
 
 
326 aa  192  8e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0627  hypothetical protein  35.06 
 
 
290 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0279  hypothetical protein  32.12 
 
 
321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3470  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.15 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.22564 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4018  protein of unknown function DUF6 transmembrane  34.04 
 
 
282 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0042e-23 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0201  hypothetical protein  32.84 
 
 
301 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0216  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.84 
 
 
301 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0305  hypothetical protein  35.11 
 
 
349 aa  105  7e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3040  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.31 
 
 
317 aa  105  8e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00529542  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0574  hypothetical protein  30.03 
 
 
308 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.421422  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3934  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.11 
 
 
306 aa  99.8  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0858224  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0189  hypothetical protein  30.74 
 
 
299 aa  96.7  4e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.41043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1341  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.21 
 
 
321 aa  87.4  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000917632 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2885  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.64 
 
 
325 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1015  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.34 
 
 
297 aa  83.6  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.604771  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2676  hypothetical protein  34.51 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.955594  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2269  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.44 
 
 
293 aa  77.8  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1399  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.04 
 
 
300 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1301  hypothetical protein  29.32 
 
 
294 aa  71.6  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.488706  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0348  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.52 
 
 
309 aa  67.4  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0150113 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27900  membrane protein  27.33 
 
 
311 aa  64.3  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0399576 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2030  hypothetical protein  27.1 
 
 
308 aa  63.9  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0852704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7788  hypothetical protein  29.12 
 
 
296 aa  63.5  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.847344  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3157  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.55 
 
 
307 aa  62  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2545  integral membrane protein  27.07 
 
 
308 aa  60.8  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.723869 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0102  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.6 
 
 
289 aa  60.5  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.734078 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23190  predicted permease  26.3 
 
 
287 aa  59.3  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0147782 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3308  drug/metabolite exporter (DME) family protein  34.91 
 
 
307 aa  58.5  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3043  protein of unknown function DUF6 transmembrane  26.4 
 
 
323 aa  58.2  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.177704 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1925  hypothetical protein  33.75 
 
 
315 aa  57  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4041  hypothetical protein  33.96 
 
 
307 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2824  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.34 
 
 
278 aa  55.8  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2908  hypothetical protein  28.3 
 
 
297 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.903302 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1059  hypothetical protein  23.73 
 
 
317 aa  54.3  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.999604  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0564  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.64 
 
 
305 aa  53.9  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1666  hypothetical protein  23.33 
 
 
304 aa  53.5  0.000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.656198  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  21.14 
 
 
303 aa  53.1  0.000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.187128  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1991  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 
300 aa  52.8  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2018  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25 
 
 
300 aa  52.8  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.618176 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1589  hypothetical protein  29.73 
 
 
324 aa  51.2  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.151328  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1785  DMT family permease  24.6 
 
 
297 aa  50.8  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000100378  hitchhiker  2.8549e-18 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4095  carboxylate/amino acid/amine transporter  24.38 
 
 
315 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3972  carboxylate/amino acid/amine transporter  24.38 
 
 
315 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3990  carboxylate/amino acid/amine transporter  24.38 
 
 
315 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4158  carboxylate/amino acid/amine transporter  24.38 
 
 
315 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.565076  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4044  carboxylate/amino acid/amine transporter  24.38 
 
 
315 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0378511 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0769  hypothetical protein  28.1 
 
 
306 aa  49.7  0.00006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5085  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.64 
 
 
307 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.35072 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0072  hypothetical protein  20.97 
 
 
295 aa  49.7  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0911  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.15 
 
 
294 aa  49.7  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0168694  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  22.5 
 
 
274 aa  48.5  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2808  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.77 
 
 
317 aa  48.5  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1985  hypothetical protein  23 
 
 
294 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.207208 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1515  hypothetical protein  26.24 
 
 
273 aa  47.8  0.0002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.910638  normal  0.799854 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0438  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.74 
 
 
316 aa  47.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4015  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.64 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.972202  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0644  protein of unknown function DUF6 transmembrane  20.2 
 
 
287 aa  48.5  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380606  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0873  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.09 
 
 
305 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03543  predicted inner membrane protein  23.32 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0045  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.32 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2992  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.53 
 
 
302 aa  47.4  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1845  DMT family permease  28.12 
 
 
309 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3872  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.32 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4167  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.32 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03485  hypothetical protein  23.32 
 
 
307 aa  47.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2856  hypothetical protein  27.4 
 
 
288 aa  47  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.566948  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2764  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.57 
 
 
305 aa  47.4  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1107  hypothetical protein  28.17 
 
 
316 aa  46.6  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1128  phosphate acetyltransferase (phosphotransacetylase)  24.84 
 
 
300 aa  46.6  0.0005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00496781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0040  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.32 
 
 
307 aa  47  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1584  protein of unknown function DUF6 transmembrane  23.61 
 
 
312 aa  47  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.317048 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4038  hypothetical protein  26.78 
 
 
287 aa  46.6  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4115  carboxylate/amino acid/amine transporter  23.42 
 
 
299 aa  46.6  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.210953  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0259  drug/metabolite exporter  29.86 
 
 
292 aa  46.2  0.0007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0455861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4849  drug/metabolite transporter (DMT) superfamily permease  23.13 
 
 
297 aa  46.2  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.551565  normal  0.306112 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3638  hypothetical protein  27.27 
 
 
305 aa  46.2  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.603625  normal  0.524046 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0751  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.21 
 
 
284 aa  46.2  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3484  hypothetical protein  22.32 
 
 
288 aa  46.2  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.590358  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0474  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.7 
 
 
318 aa  45.8  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2367  hypothetical protein  39.39 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.169121  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63230  hypothetical protein  28.16 
 
 
296 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3004  hypothetical protein  24.79 
 
 
314 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.315518  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1055  hypothetical protein  26.53 
 
 
296 aa  45.8  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0442  hypothetical protein  25.19 
 
 
302 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1758  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.15 
 
 
306 aa  45.4  0.001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000138196  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  29.17 
 
 
307 aa  45.8  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2351  hypothetical protein  39.39 
 
 
309 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.240563 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0218  hypothetical protein  26.94 
 
 
320 aa  45.4  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2247  hypothetical protein  31.16 
 
 
309 aa  45.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.654485 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5670  hypothetical protein  39.39 
 
 
309 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.846294 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1667  DMT family permease  23.73 
 
 
309 aa  45.1  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000699147  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2328  hypothetical protein  39.39 
 
 
309 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2925  hypothetical protein  35.37 
 
 
308 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0149695  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>