More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0724 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01437  malate dehydrogenase, (decarboxylating, NAD-requiring) (malic enzyme)  63.86 
 
 		 565 aa  733    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00511494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2168  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)  63.86 
 
 		 565 aa  733    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.399362  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01449  hypothetical protein  63.86 
 
 		 565 aa  733    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0044137  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2546  malate dehydrogenase  65.05 
 
 		 565 aa  738    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1494  malate dehydrogenase  65.41 
 
 		 565 aa  743    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2562  malate dehydrogenase  65.23 
 
 		 565 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1661  malate dehydrogenase  63.86 
 
 		 565 aa  732    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4262  malate dehydrogenase  72.61 
 
 		 562 aa  834    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3855  malate dehydrogenase  64.04 
 
 		 562 aa  730    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3924  malate dehydrogenase  64.75 
 
 		 573 aa  753    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.694196  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003737  NAD-dependent malic enzyme  66.37 
 
 		 562 aa  756    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0866358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3634  malate dehydrogenase  63.26 
 
 		 562 aa  725    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.532529  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0902  malate dehydrogenase  64.22 
 
 		 562 aa  736    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2463  malate dehydrogenase  65.23 
 
 		 565 aa  736    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1743  malate dehydrogenase  63.36 
 
 		 565 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.260406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0676  malate dehydrogenase  63.44 
 
 		 562 aa  726    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0537  malate dehydrogenase  61.62 
 
 		 560 aa  698    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2971  malate dehydrogenase  64.87 
 
 		 565 aa  739    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.419193  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1561  malate dehydrogenase  64.57 
 
 		 563 aa  754    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.501858  hitchhiker  0.00674056 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1777  malate dehydrogenase  64.03 
 
 		 565 aa  735    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1387  malate dehydrogenase  62.16 
 
 		 560 aa  699    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3757  malate dehydrogenase  63.44 
 
 		 562 aa  726    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0809  malate dehydrogenase  65.12 
 
 		 562 aa  739    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2962  malate dehydrogenase  63.98 
 
 		 562 aa  731    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3186  malate dehydrogenase  62.37 
 
 		 562 aa  719    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1564  malate dehydrogenase  63.86 
 
 		 565 aa  732    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1567  malate dehydrogenase  64.87 
 
 		 565 aa  737    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1682  malate dehydrogenase  63.36 
 
 		 565 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.638669 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1680  malate dehydrogenase  63.36 
 
 		 565 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.13099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0784  malate dehydrogenase  63.86 
 
 		 562 aa  727    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228066  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2621  malate dehydrogenase  63.98 
 
 		 562 aa  733    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.898165 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2047  malate dehydrogenase  64.27 
 
 		 565 aa  733    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.418524 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3518  malate dehydrogenase  63.26 
 
 		 562 aa  728    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0736  malate dehydrogenase  63.44 
 
 		 562 aa  728    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1742  malate dehydrogenase  63.86 
 
 		 565 aa  731    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.375647  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2963  malate dehydrogenase  63.45 
 
 		 561 aa  707    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0982  malate dehydrogenase  61.62 
 
 		 560 aa  699    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.871776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1274  malate dehydrogenase  64.57 
 
 		 562 aa  734    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.145162  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3566  malate dehydrogenase  63.26 
 
 		 562 aa  725    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0750  malate dehydrogenase  64.04 
 
 		 562 aa  733    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.036774 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1599  malate dehydrogenase  63.36 
 
 		 565 aa  736    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0724  malate dehydrogenase  100 
 
 		 564 aa  1169    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2178  malate dehydrogenase  63.86 
 
 		 565 aa  732    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3188  malate dehydrogenase  64.22 
 
 		 562 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000330281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0778  malate dehydrogenase  64.22 
 
 		 562 aa  733    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0299274 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1695  malate dehydrogenase  63.86 
 
 		 565 aa  732    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.488975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0833  malate dehydrogenase  63.08 
 
 		 562 aa  722    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02034  malate dehydrogenase  65.65 
 
 		 562 aa  751    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1656  malate dehydrogenase  63.36 
 
 		 564 aa  703    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.843142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19190  malate dehydrogenase  63.36 
 
 		 564 aa  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.408174 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00517  malate dehydrogenase  81.44 
 
 		 563 aa  917    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2451  malate dehydrogenase  64.87 
 
 		 565 aa  736    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2091  malate dehydrogenase  63.69 
 
 		 565 aa  726    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3043  malate dehydrogenase  50.81 
 
 		 556 aa  587  1e-166  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1836  malate dehydrogenase  55.49 
 
 		 570 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2901  malate dehydrogenase  50.27 
 
 		 556 aa  583  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1786  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))  47.53 
 
 		 552 aa  538  9.999999999999999e-153  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1243  malate dehydrogenase  45.41 
 
 		 571 aa  535  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1243  malate dehydrogenase  45.05 
 
 		 571 aa  533  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1666  malate dehydrogenase  46.17 
 
 		 570 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1812  malate dehydrogenase  45.81 
 
 		 570 aa  510  1e-143  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3704  malate dehydrogenase  48.36 
 
 		 574 aa  511  1e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0303465 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1668  malate dehydrogenase  45.28 
 
 		 570 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3529  malate dehydrogenase  45.28 
 
 		 570 aa  506  9.999999999999999e-143  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1801  malate dehydrogenase  45.28 
 
 		 577 aa  505  9.999999999999999e-143  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1873  malate dehydrogenase  44.74 
 
 		 577 aa  502  1e-141  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1650  malate dehydrogenase  45.1 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1615  malate dehydrogenase  45.1 
 
 		 577 aa  504  1e-141  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1922  malate dehydrogenase  45.1 
 
 		 570 aa  504  1e-141  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1848  malate dehydrogenase  45.1 
 
 		 570 aa  504  1e-141  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000107878 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0888  malate dehydrogenase  43.43 
 
 		 565 aa  490  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.950644  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1242  malate dehydrogenase  46.91 
 
 		 569 aa  488  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1127  malate dehydrogenase  43.25 
 
 		 565 aa  487  1e-136  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2155  malate dehydrogenase  43.14 
 
 		 582 aa  482  1e-135  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3529  malate dehydrogenase  48.72 
 
 		 568 aa  476  1e-133  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0979  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  44.07 
 
 		 577 aa  478  1e-133  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4404  malate dehydrogenase  43.51 
 
 		 570 aa  471  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3293  malate dehydrogenase  45.78 
 
 		 555 aa  465  9.999999999999999e-131  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.62653 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2964  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating)  43.25 
 
 		 572 aa  463  1e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.10034  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00620  malate dehydrogenase  47.25 
 
 		 609 aa  462  1e-129  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0767  malate dehydrogenase  43.82 
 
 		 556 aa  464  1e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5810  malate dehydrogenase  45.49 
 
 		 543 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.414547  normal  0.345135 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2079  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))  43.76 
 
 		 579 aa  461  9.999999999999999e-129  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.128788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_89732  mitochondrial malate dehydrogenase  43.06 
 
 		 638 aa  456  1e-127  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0661  malate dehydrogenase  43.28 
 
 		 535 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.245423 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_56501  predicted protein  44.32 
 
 		 638 aa  450  1e-125  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.511026  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1005  malate dehydrogenase  41.28 
 
 		 542 aa  450  1e-125  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06933  conserved hypothetical protein similar to yeast mitochondrial NAD-dependent malic enzyme (Eurofung)  42.38 
 
 		 581 aa  446  1.0000000000000001e-124  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2154  malate dehydrogenase  43.01 
 
 		 578 aa  447  1.0000000000000001e-124  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1744  malate dehydrogenase  41.06 
 
 		 571 aa  445  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.945317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26919  predicted protein  41.88 
 
 		 565 aa  442  9.999999999999999e-123  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4139  malate dehydrogenase  45.59 
 
 		 571 aa  435  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000025754  hitchhiker  0.000138599 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1302  malate dehydrogenase  45.59 
 
 		 571 aa  435  1e-120  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0218032  normal  0.203099 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0486  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))  40.38 
 
 		 596 aa  429  1e-119  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.3149 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06168  Malic enzyme [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8J260]  41.56 
 
 		 648 aa  426  1e-118  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0801811  normal  0.142996 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1191  malate dehydrogenase  40.15 
 
 		 544 aa  429  1e-118  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.16614  normal  0.0761619 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12356  malate dehydrogenase  40.96 
 
 		 548 aa  419  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1833  malate dehydrogenase  41.44 
 
 		 544 aa  420  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.381517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1564  malate dehydrogenase  37.71 
 
 		 541 aa  416  9.999999999999999e-116  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1532  malate dehydrogenase  38.94 
 
 		 542 aa  413  1e-114  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000122059  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>