28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0678 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0678  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 197 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  37.04 
 
 		 142 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  37.04 
 
 		 146 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  40.74 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2138  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 88 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0287483  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01480  hypothetical protein  32.2 
 
 		 88 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2149  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.2 
 
 		 88 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.17084  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01470  DNA-binding transcriptional regulator  32.2 
 
 		 88 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1709  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.2 
 
 		 94 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1591  DNA-binding transcriptional regulator HipB  32.2 
 
 		 94 aa  45.1  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 118 aa  45.1  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  37.25 
 
 		 205 aa  44.7  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 		 364 aa  44.3  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  34.62 
 
 		 114 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 145 aa  43.9  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  36 
 
 		 186 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3774  transcriptional regulator, XRE family  44.74 
 
 		 94 aa  43.5  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0502189  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 96 aa  42.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 268 aa  43.1  0.003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 208 aa  42.7  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 194 aa  42.4  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  36.73 
 
 		 235 aa  42.7  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 328 aa  42  0.006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 229 aa  41.6  0.007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  36 
 
 		 134 aa  41.6  0.008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 189 aa  41.6  0.008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 197 aa  41.6  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>